Protein Folding Properties from Molecular Dynamics Simulations

Van Der Spoel, DavidUppsala universitet,Institutionen för cell- och molekylärbiologi,Van der Spoel (author)

Protein folding simulations have contributed significantly to our understanding of the problem, since it is difficult to study individual molecules during the folding process. We have recently performed folding simulations of Chignolin, a decapeptide (Seibert et al., J. Mol. Biol. 354 (2006) p. 173) and introduced a new algorithm for deriving kinetics information as well as thermodynamics from the trajectories (Van der Spoel & Seibert, Phys. Rev. Lett. 96 (2006), p. 238102). Here we investigate the algorithm further and show that the folding reaction for Chignolin is a two-state folding reaction, in accord with experimental data.

Patriksson, AlexandraUppsala universitet,Institutionen för cell- och molekylärbiologi,Van der Spoel(Swepub:uu)paale172 (author)
Seibert, MarvinUppsala universitet,Institutionen för cell- och molekylärbiologi,Van der Spoel(Swepub:uu)masei255 (author)
Uppsala universitetInstitutionen för cell- och molekylärbiologi (creator_code:org_t)

By the author/editor: Van Der Spoel, D ...; Patriksson, Alex ...; Seibert, Marvin

About the subject

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.