SwePub
Tyck till om SwePub Sök här!
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

WFRF:(Ekblom Robert)
 

Sökning: WFRF:(Ekblom Robert) > Höglund Jacob > Castoe Todd A. > Transcriptome seque...

  • Wang, BiaoUppsala universitet,Institutionen för ekologi och genetik,Populationsbiologi (författare)

Transcriptome sequencing of black grouse (Tetrao tetrix) for immune gene discovery and microsatellite development

  • Artikel/kapitelEngelska2012

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • 2012-04
  • The Royal Society,2012
  • electronicrdacarrier

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:uu-183642
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-183642URI
  • https://doi.org/10.1098/rsob.120054DOI
  • https://res.slu.se/id/publ/41606URI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska
  • Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype
  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

  • The black grouse (Tetrao tetrix) is a galliform bird species that is important forboth ecological studies and conservation genetics. Here, we report the sequencing of the spleen transcriptome of black grouse using 454 GS FLX Titanium sequencing. We performed a large-scale gene discovery analysis with a focus on genes that might be related to fitness in this species and also identified a large set of microsatellites. In total, we obtained 182 179 quality-filtered sequencing reads that we assembled into 9035 contigs. Using these contigs and 15 794 length-filtered (greater than 200 bp) singletons, we identified 7762 transcripts that appear to be homologues of chicken genes. A specific BLAST search with an emphasis on immune genes found 308 homologous chicken genes that have immune function, including ten major histocompatibility complex-related genes located on chicken chromosome 16. We also identified 1300 expressed sequence tag microsatellites and were able to design suitable flanking primers for 526 of these. A preliminary test of the polymorphism of the microsatellites found 10 polymorphic microsatellites of the 102 tested. Genomic resources generated in this study should greatly benefit future ecological, evolutionary and conservation genetic studies on this species.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Ekblom, RobertUppsala universitet,Evolutionsbiologi(Swepub:uu)roekb519 (författare)
  • Castoe, Todd A. (författare)
  • Jones, Eleanor P.Uppsala universitet,Institutionen för ekologi och genetik,Populationsbiologi(Swepub:uu)elejo153 (författare)
  • Kozma, RadoslavUppsala universitet,Institutionen för ekologi och genetik,Populationsbiologi(Swepub:uu)radko409 (författare)
  • Bongcam Rudloff, ErikSwedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för husdjursgenetik (HGEN),Department of Animal Breeding and Genetics(Swepub:slu)50410 (författare)
  • Pollock, David D. (författare)
  • Höglund, JacobUppsala universitet,Institutionen för ekologi och genetik,Populationsbiologi(Swepub:uu)jacohogl (författare)
  • Uppsala universitetInstitutionen för ekologi och genetik (creator_code:org_t)
  • Sveriges lantbruksuniversitet

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:Open Biology: The Royal Society2, s. 120054-2046-2441

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy