Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-199737" >
Integration of clin...
Integration of clinical data with a genome-scale metabolic model of the human adipocyte
-
- Mardinoglu, Adil, 1982 (författare)
- Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology
-
- Ågren, Rasmus, 1982 (författare)
- Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology
-
- Kampf, Caroline (författare)
- Uppsala universitet,Molekylär och morfologisk patologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Uppsala University
-
visa fler...
-
- Asplund, Anna (författare)
- Uppsala universitet,Molekylär och morfologisk patologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Uppsala University,Hammersmith Hospital
-
- Nookaew, Intawat, 1977 (författare)
- Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology
-
- Jacobson, Peter, 1962 (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för medicin, avdelningen för molekylär och klinisk medicin,Institute of Medicine, Department of Molecular and Clinical Medicine
-
Walley, Andrew J. (författare)
-
- Froguel, Philippe (författare)
- Hammersmith Hospital,Centre national de la recherche scientifique (CNRS)
-
- Carlsson, Lena M S, 1957 (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för medicin, avdelningen för molekylär och klinisk medicin,Institute of Medicine, Department of Molecular and Clinical Medicine
-
- Uhlén, Mathias (författare)
- KTH,Proteomik,Albanova VinnExcellence Center for Protein Technology, ProNova,Alba Nova Universitetscentrum,AlbaNova University Center. Stockholm Center for Physics, Astronomy and Biotechnology
-
- Nielsen, Jens B, 1962 (författare)
- Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- 2013-03-19
- 2013
- Engelska.
-
Ingår i: Molecular Systems Biology. - : EMBO. - 1744-4292 .- 1744-4292. ; 9, s. 649-
- Relaterad länk:
-
https://uu.diva-port... (primary) (Raw object)
-
visa fler...
-
https://doi.org/10.1...
-
https://doi.org/10.1...
-
http://publications.... (primary) (free)
-
https://gup.ub.gu.se... (primary) (free)
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://doi.org/10.1...
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://research.cha...
-
https://gup.ub.gu.se...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- We evaluated the presence/absence of proteins encoded by 14 077 genes in adipocytes obtained from different tissue samples using immunohistochemistry. By combining this with previously published adipocyte-specific proteome data, we identified proteins associated with 7340 genes in human adipocytes. This information was used to reconstruct a comprehensive and functional genome-scale metabolic model of adipocyte metabolism. The resulting metabolic model, iAdipocytes1809, enables mechanistic insights into adipocyte metabolism on a genome-wide level, and can serve as a scaffold for integration of omics data to understand the genotype-phenotype relationship in obese subjects. By integrating human transcriptome and fluxome data, we found an increase in the metabolic activity around androsterone, ganglioside GM2 and degradation products of heparan sulfate and keratan sulfate, and a decrease in mitochondrial metabolic activities in obese subjects compared with lean subjects. Our study hereby shows a path to identify new therapeutic targets for treating obesity through combination of high throughput patient data and metabolic modeling.
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Biologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Bioinformatik och systembiologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Bioinformatics and Systems Biology (hsv//eng)
Nyckelord
- adipocyte
- flux balance analysis
- genome-scale metabolic model
- obesity
- proteome
- adipocyte
- flux balance analysis
- genome-scale metabolic model
- obesity
- proteome
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Mardinoglu, Adil ...
-
Ågren, Rasmus, 1 ...
-
Kampf, Caroline
-
Asplund, Anna
-
Nookaew, Intawat ...
-
Jacobson, Peter, ...
-
visa fler...
-
Walley, Andrew J ...
-
Froguel, Philipp ...
-
Carlsson, Lena M ...
-
Uhlén, Mathias
-
Nielsen, Jens B, ...
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Bioinformatik oc ...
- Artiklar i publikationen
-
Molecular System ...
- Av lärosätet
-
Uppsala universitet
-
Kungliga Tekniska Högskolan
-
Chalmers tekniska högskola
-
Göteborgs universitet