Community-wide evaluation of methods for predicting the effect of mutations on protein-protein interactions

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Sökning: WFRF:(Ji Xiaofeng) > Community-wide eval...

Moretti, Rocco (författare)

Community-wide evaluation of methods for predicting the effect of mutations on protein-protein interactions

Artikel/kapitelEngelska2013

Förlag, utgivningsår, omfång ...

2013-08-23
Wiley,2013
printrdacarrier

Nummerbeteckningar

LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:uu-211018
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-211018URI
https://doi.org/10.1002/prot.24356DOI

Kompletterande språkuppgifter

Språk:engelska
Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

SwePubSwePub

Klassifikation

Ämneskategori:ref swepub-contenttype
Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

Community-wide blind prediction experiments such as CAPRI and CASP provide an objective measure of the current state of predictive methodology. Here we describe a community-wide assessment of methods to predict the effects of mutations on protein-protein interactions. Twenty-two groups predicted the effects of comprehensive saturation mutagenesis for two designed influenza hemagglutinin binders and the results were compared with experimental yeast display enrichment data obtained using deep sequencing. The most successful methods explicitly considered the effects of mutation on monomer stability in addition to binding affinity, carried out explicit side-chain sampling and backbone relaxation, evaluated packing, electrostatic, and solvation effects, and correctly identified around a third of the beneficial mutations. Much room for improvement remains for even the best techniques, and large-scale fitness landscapes should continue to provide an excellent test bed for continued evaluation of both existing and new prediction methodologies. Proteins 2013; 81:1980-1987.

Ämnesord och genrebeteckningar

CAPRI
hemagglutinin
binding
deep mutational scanning
yeast display

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

Fleishman, Sarel J. (författare)
Agius, Rudi (författare)
Torchala, Mieczyslaw (författare)
Bates, Paul A. (författare)
Kastritis, Panagiotis L. (författare)
Rodrigues, Joao P. G. L. M. (författare)
Trellet, Mikael (författare)
Bonvin, Alexandre M. J. J. (författare)
Cui, Meng (författare)
Rooman, Marianne (författare)
Gillis, Dimitri (författare)
Dehouck, Yves (författare)
Moal, Iain (författare)
Romero-Durana, Miguel (författare)
Perez-Cano, Laura (författare)
Pallara, Chiara (författare)
Jimenez, Brian (författare)
Fernandez-Recio, Juan (författare)
Flores, SamuelUppsala universitet,Beräknings- och systembiologi(Swepub:uu)samfl674 (författare)
Pacella, Michael (författare)
Kilambi, Krishna Praneeth (författare)
Gray, Jeffrey J. (författare)
Popov, Petr (författare)
Grudinin, Sergei (författare)
Esquivel-Rodriguez, Juan (författare)
Kihara, Daisuke (författare)
Zhao, Nan (författare)
Korkin, Dmitry (författare)
Zhu, Xiaolei (författare)
Demerdash, Omar N. A. (författare)
Mitchell, Julie C. (författare)
Kanamori, Eiji (författare)
Tsuchiya, Yuko (författare)
Nakamura, Haruki (författare)
Lee, Hasup (författare)
Park, Hahnbeom (författare)
Seok, Chaok (författare)
Sarmiento, Jamica (författare)
Liang, Shide (författare)
Teraguchi, Shusuke (författare)
Standley, Daron M. (författare)
Shimoyama, Hiromitsu (författare)
Terashi, Genki (författare)
Takeda-Shitaka, Mayuko (författare)
Iwadate, Mitsuo (författare)
Umeyama, Hideaki (författare)
Beglov, Dmitri (författare)
Hall, David R. (författare)
Kozakov, Dima (författare)
Vajda, Sandor (författare)
Pierce, Brian G. (författare)
Hwang, Howook (författare)
Vreven, Thom (författare)
Weng, Zhiping (författare)
Huang, Yangyu (författare)
Li, Haotian (författare)
Yang, Xiufeng (författare)
Ji, Xiaofeng (författare)
Liu, Shiyong (författare)
Xiao, Yi (författare)
Zacharias, Martin (författare)
Qin, Sanbo (författare)
Zhou, Huan-Xiang (författare)
Huang, Sheng-You (författare)
Zou, Xiaoqin (författare)
Velankar, Sameer (författare)
Janin, Joel (författare)
Wodak, Shoshana J. (författare)
Baker, David (författare)
Uppsala universitetBeräknings- och systembiologi (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

Ingår i:Proteins: Wiley81:11, s. 1980-19870887-35851097-0134

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Proteins (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Moretti, Rocco; Fleishman, Sarel ...; Agius, Rudi; Torchala, Mieczy ...; Bates, Paul A.; Kastritis, Panag ...; visa fler...; Rodrigues, Joao ...; Trellet, Mikael; Bonvin, Alexandr ...; Cui, Meng; Rooman, Marianne; Gillis, Dimitri; Dehouck, Yves; Moal, Iain; Romero-Durana, M ...; Perez-Cano, Laur ...; Pallara, Chiara; Jimenez, Brian; Fernandez-Recio, ...; Flores, Samuel; Pacella, Michael; Kilambi, Krishna ...; Gray, Jeffrey J.; Popov, Petr; Grudinin, Sergei; Esquivel-Rodrigu ...; Kihara, Daisuke; Zhao, Nan; Korkin, Dmitry; Zhu, Xiaolei; Demerdash, Omar ...; Mitchell, Julie ...; Kanamori, Eiji; Tsuchiya, Yuko; Nakamura, Haruki; Lee, Hasup; Park, Hahnbeom; Seok, Chaok; Sarmiento, Jamic ...; Liang, Shide; Teraguchi, Shusu ...; Standley, Daron ...; Shimoyama, Hirom ...; Terashi, Genki; Takeda-Shitaka, ...; Iwadate, Mitsuo; Umeyama, Hideaki; Beglov, Dmitri; Hall, David R.; Kozakov, Dima; Vajda, Sandor; Pierce, Brian G.; Hwang, Howook; Vreven, Thom; Weng, Zhiping; Huang, Yangyu; Li, Haotian; Yang, Xiufeng; Ji, Xiaofeng; Liu, Shiyong; Xiao, Yi; Zacharias, Marti ...; Qin, Sanbo; Zhou, Huan-Xiang; Huang, Sheng-You; Zou, Xiaoqin; Velankar, Sameer; Janin, Joel; Wodak, Shoshana ...; Baker, David; visa färre...

Artiklar i publikationen: Proteins

Av lärosätet: Uppsala universitet

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se