Reliability assessment of null allele detection: inconsistencies between and within different methods

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Sökning: id:"swepub:oai:DiVA.org:uu-220981" > Reliability assessm...

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Dabrowski, MichalUppsala universitet,Beräknings- och systembiologi (författare)

Reliability assessment of null allele detection : inconsistencies between and within different methods

Artikel/kapitelEngelska2014

Förlag, utgivningsår, omfång ...

2013-10-28
Wiley,2014
printrdacarrier

Nummerbeteckningar

LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:uu-220981
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-220981URI
https://doi.org/10.1111/1755-0998.12177DOI

Kompletterande språkuppgifter

Språk:engelska
Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

SwePubSwePub

Klassifikation

Ämneskategori:ref swepub-contenttype
Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

Microsatellite loci are widely used in population genetic studies, but the presence of null alleles may lead to biased results. Here, we assessed five methods that indirectly detect null alleles and found large inconsistencies among them. Our analysis was based on 20 microsatellite loci genotyped in a natural population of Microtus oeconomus sampled during 8years, together with 1200 simulated populations without null alleles, but experiencing bottlenecks of varying duration and intensity, and 120 simulated populations with known null alleles. In the natural population, 29% of positive results were consistent between the methods in pairwise comparisons, and in the simulated data set, this proportion was 14%. The positive results were also inconsistent between different years in the natural population. In the null-allele-free simulated data set, the number of false positives increased with increased bottleneck intensity and duration. We also found a low concordance in null allele detection between the original simulated populations and their 20% random subsets. In the populations simulated to include null alleles, between 22% and 42% of true null alleles remained undetected, which highlighted that detection errors are not restricted to false positives. None of the evaluated methods clearly outperformed the others when both false-positive and false-negative rates were considered. Accepting only the positive results consistent between at least two methods should considerably reduce the false-positive rate, but this approach may increase the false-negative rate. Our study demonstrates the need for novel null allele detection methods that could be reliably applied to natural populations.

Ämnesord och genrebeteckningar

heterozygosity
bottleneck
microsatellite loci
genotyping errors
null alleles
Microtus oeconomus

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

Pilot, M. (författare)
Kruczyk, M.Uppsala universitet,Institutionen för cell- och molekylärbiologi (författare)
Zmihorski, M. (författare)
Umer, Husen MuhammadUppsala universitet,Beräknings- och systembiologi(Swepub:uu)husum982 (författare)
Gliwicz, J. (författare)
Uppsala universitetBeräknings- och systembiologi (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

Ingår i:Molecular Ecology Resources: Wiley14:2, s. 361-3731755-098X1755-0998

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Molecular Ecology Resources (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Dabrowski, Micha ...; Pilot, M.; Kruczyk, M.; Zmihorski, M.; Umer, Husen Muha ...; Gliwicz, J.

Artiklar i publikationen: Molecular Ecolog ...

Av lärosätet: Uppsala universitet

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se