id:"swepub:oai:DiVA.org:uu-228451"
Sökning: id:"swepub:oai:DiVA.org:uu-228451" > Impact of deep coal...
- 1 av 1
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
- Jesus Garcia-Pereira, Maria (författare)
Impact of deep coalescence and recombination on the estimation of phylogenetic relationships among species using AFLP markers
- Artikel/kapitelEngelska2014
Förlag, utgivningsår, omfång ...
- Elsevier BV,2014
- printrdacarrier
Nummerbeteckningar
- LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:uu-228451
- https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-228451URI
- https://doi.org/10.1016/j.ympev.2014.03.001DOI
Kompletterande språkuppgifter
- Språk:engelska
- Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
- SwePubSwePub
Klassifikation
Anmärkningar
- Deep coalescence and the nongenealogical pattern of descent caused by recombination have emerged as a common problem for phylogenetic inference at the species level. Here we use computer simulations to assess whether AFLP-based phylogenies are robust to the uncertainties introduced by these factors. Our results indicate that phylogenetic signal can prevail even in the face of extensive deep coalescence allowing recovering the correct species tree topology. The impact of recombination on tree accuracy was related to total tree depth and species effective population size. The correct tree topology could be recovered upon many simulation settings due to a trade-off between the conflicting signals resulting from intra-locus recombination and the benefits of the joint consideration of unlinked loci that better matched overall the true species tree. Errors in tree topology were not only determined by deep coalescence, but also by the timing of divergence and the tree-building errors arising from an insufficient number of characters. DNA sequences generally outperformed AFLPs upon any simulated scenario, but this difference in performance was nearly negligible when a sufficient number of AFLP characters were sampled. Our simulations suggest that the impact of deep coalescence and intra-locus recombination on the reliability of AFLP trees could be minimal for effective population sizes equal to or lower than 10,000 (typical of many vertebrates and tree plants) given tree depths above 0.02 substitutions per site.
Ämnesord och genrebeteckningar
- NATURVETENSKAP Biologi Evolutionsbiologi hsv//swe
- NATURAL SCIENCES Biological Sciences Evolutionary Biology hsv//eng
- NATURVETENSKAP Biologi Genetik hsv//swe
- NATURAL SCIENCES Biological Sciences Genetics hsv//eng
- AFLP
- Phylogenetic inference
- Deep coalescence
- Computer simulation
- Recombination
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
- Carvajal-Rodriguez, Antonio (författare)
- Whelan, SimonUppsala universitet,Evolutionsbiologi(Swepub:uu)simwh294 (författare)
- Caballero, Armando (författare)
- Quesada, Humberto (författare)
- Uppsala universitetEvolutionsbiologi (creator_code:org_t)
Sammanhörande titlar
- Ingår i:Molecular Phylogenetics and Evolution: Elsevier BV76, s. 102-1091055-79031095-9513
Internetlänk
Hitta via bibliotek
- Molecular Phylogenetics and Evolution (Sök värdpublikationen i LIBRIS)
Till lärosätets databas
- 1 av 1
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
Hitta mer i SwePub
- Av författaren/redakt...
- Jesus Garcia-Per ...
- Carvajal-Rodrigu ...
- Whelan, Simon
- Caballero, Arman ...
- Quesada, Humbert ...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
- NATURVETENSKAP
- och Biologi
- och Evolutionsbiolog ...
-
- NATURVETENSKAP
- NATURVETENSKAP
- och Biologi
- och Genetik
- Artiklar i publikationen
- Molecular Phylog ...
- Av lärosätet
- Uppsala universitet
Sök utanför SwePub
- Sök vidare i:
- Google Book Search
- Google Scholar
Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.
- Copyright © LIBRIS - Nationella bibliotekssystem
- LIBRIS.kb.se
