SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

WFRF:(McMahon Jeffrey)
 

Sökning: WFRF:(McMahon Jeffrey) > (2012-2014) > Comparative single-...

Comparative single-cell genomics reveals potential ecological niches for the freshwater acI Actinobacteria lineage

Ghylin, Trevor W (författare)
Garcia, Sarahi L (författare)
Moya, Francisco (författare)
visa fler...
Oyserman, Ben O (författare)
Schwientek, Patrick (författare)
Forest, Katrina T (författare)
Mutschler, James (författare)
Dwulit-Smith, Jeffrey (författare)
Chan, Leong-Keat (författare)
Martinez-Garcia, Manuel (författare)
Sczyrba, Alexander (författare)
Stepanauskas, Ramunas (författare)
Grossart, Hans-Peter (författare)
Woyke, Tanja (författare)
Warnecke, Falk (författare)
Malmstrom, Rex (författare)
Bertilsson, Stefan (författare)
Uppsala universitet,Limnologi
McMahon, Katherine D (författare)
visa färre...
 (creator_code:org_t)
2014-08-05
2014
Engelska.
Ingår i: The ISME Journal. - : Springer Science and Business Media LLC. - 1751-7362 .- 1751-7370. ; 8:12, s. 2503-2516
  • Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract Ämnesord
Stäng  
  • Members of the acI lineage of Actinobacteria are the most abundant microorganisms in most freshwater lakes; however, our understanding of the keys to their success and their role in carbon and nutrient cycling in freshwater systems has been hampered by the lack of pure cultures and genomes. We obtained draft genome assemblies from 11 single cells representing three acI tribes (acI-A1, acI-A7, acI-B1) from four temperate lakes in the United States and Europe. Comparative analysis of acI SAGs and other available freshwater bacterial genomes showed that acI has more gene content directed toward carbohydrate acquisition as compared to Polynucleobacter and LD12 Alphaproteobacteria, which seem to specialize more on carboxylic acids. The acI genomes contain actinorhodopsin as well as some genes involved in anaplerotic carbon fixation indicating the capacity to supplement their known heterotrophic lifestyle. Genome-level differences between the acI-A and acI-B clades suggest specialization at the clade level for carbon substrate acquisition. Overall, the acI genomes appear to be highly streamlined versions of Actinobacteria that include some genes allowing it to take advantage of sunlight and N-rich organic compounds such as polyamines, di- and oligopeptides, branched-chain amino acids and cyanophycin. This work significantly expands the known metabolic potential of the cosmopolitan freshwater acI lineage and its ecological and genetic traits.

Ämnesord

NATURVETENSKAP  -- Biologi -- Ekologi (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES  -- Biological Sciences -- Ecology (hsv//eng)

Publikations- och innehållstyp

ref (ämneskategori)
art (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy