SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

WFRF:(Shen Huei Yi)
 

Sökning: WFRF:(Shen Huei Yi) > Harmonising and lin...

  • Spjuth, Ola,1977-Uppsala universitet,Institutionen för farmaceutisk biovetenskap,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Spjuth (författare)

Harmonising and linking biomedical and clinical data across disparate data archives to enable integrative cross-biobank research

  • Artikel/kapitelEngelska2016

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • 2015-08-26
  • Springer Science and Business Media LLC,2016
  • electronicrdacarrier

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:uu-261092
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-261092URI
  • https://doi.org/10.1038/ejhg.2015.165DOI
  • https://lup.lub.lu.se/record/7834515URI
  • http://kipublications.ki.se/Default.aspx?queryparsed=id:133341473URI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska
  • Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype
  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

  • De två första författarna delar förstaförfattarskapet.
  • A wealth of biospecimen samples are stored in modern globally distributed biobanks. Biomedical researchers worldwide need to be able to combine the available resources to improve the power of large-scale studies. A prerequisite for this effort is to be able to search and access phenotypic, clinical and other information about samples that are currently stored at biobanks in an integrated manner. However, privacy issues together with heterogeneous information systems and the lack of agreed-upon vocabularies have made specimen searching across multiple biobanks extremely challenging. We describe three case studies where we have linked samples and sample descriptions in order to facilitate global searching of available samples for research. The use cases include the ENGAGE (European Network for Genetic and Genomic Epidemiology) consortium comprising at least 39 cohorts, the SUMMIT (surrogate markers for micro- and macro-vascular hard endpoints for innovative diabetes tools) consortium and a pilot for data integration between a Swedish clinical health registry and a biobank. We used the Sample avAILability (SAIL) method for data linking: first, created harmonised variables and then annotated and made searchable information on the number of specimens available in individual biobanks for various phenotypic categories. By operating on this categorised availability data we sidestep many obstacles related to privacy that arise when handling real values and show that harmonised and annotated records about data availability across disparate biomedical archives provide a key methodological advance in pre-analysis exchange of information between biobanks, that is, during the project planning phase.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Krestyaninova, Maria (författare)
  • Hastings, Janna (författare)
  • Shen, Huei-Yi (författare)
  • Heikkinen, Jani (författare)
  • Waldenberger, Melanie (författare)
  • Langhammer, Arnulf (författare)
  • Ladenvall, ClaesLund University,Lunds universitet,Genomik, diabetes och endokrinologi,Forskargrupper vid Lunds universitet,Genomics, Diabetes and Endocrinology,Lund University Research Groups(Swepub:lu)med-cll (författare)
  • Esko, Tõnu (författare)
  • Persson, Mats-ÅkeLund University,Lunds universitet,Genomik, diabetes och endokrinologi,Forskargrupper vid Lunds universitet,Genomics, Diabetes and Endocrinology,Lund University Research Groups(Swepub:lu)med-m-p (författare)
  • Heggland, Jon (författare)
  • Dietrich, Joern (författare)
  • Ose, Sandra (författare)
  • Gieger, Christian (författare)
  • Ried, Janina S (författare)
  • Peters, Annette (författare)
  • Fortier, Isabel (författare)
  • de Geus, Eco Jc (författare)
  • Klovins, Janis (författare)
  • Zaharenko, Linda (författare)
  • Willemsen, Gonneke (författare)
  • Hottenga, Jouke-Jan (författare)
  • Litton, Jan-EricKarolinska Institutet (författare)
  • Karvanen, Juha (författare)
  • Boomsma, Dorret I (författare)
  • Groop, LeifLund University,Lunds universitet,Genomik, diabetes och endokrinologi,Forskargrupper vid Lunds universitet,Genomics, Diabetes and Endocrinology,Lund University Research Groups(Swepub:lu)endo-lgr (författare)
  • Rung, JohanUppsala universitet,Institutionen för immunologi, genetik och patologi(Swepub:uu)jru17122 (författare)
  • Palmgren, JuniKarolinska Institutet (författare)
  • Pedersen, Nancy LKarolinska Institutet (författare)
  • McCarthy, Mark I (författare)
  • van Duijn, Cornelia M (författare)
  • Hveem, Kristian (författare)
  • Metspalu, Andres (författare)
  • Ripatti, Samuli (författare)
  • Prokopenko, Inga (författare)
  • Harris, Jennifer R (författare)
  • Uppsala universitetInstitutionen för farmaceutisk biovetenskap (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:European Journal of Human Genetics: Springer Science and Business Media LLC24:4, s. 521-5281018-48131476-5438

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy