CopyNumber450kCancer: baseline correction for accurate copy number calling from the 450k methylation array

CopyNumber450kCancer : baseline correction for accurate copy number calling from the 450k methylation array

The Illumina Infinium HumanMethylation450 BeadChip (450k) is widely used for the evaluation of DNA methylation levels in large-scale datasets, particularly in cancer. The 450k design allows copy number variant (CNV) calling using existing bioinformatics tools. However, in cancer samples, numerous large-scale aberrations cause shifting in the probe intensities and thereby may result in erroneous CNV calling. Therefore, a baseline correction process is needed. We suggest the maximum peak of probe segment density to correct the shift in the intensities in cancer samples.

Nordlund, JessicaUppsala universitet,Molekylär medicin(Swepub:uu)jesno775 (författare)
Bäcklin, Christofer L.Uppsala universitet,Molekylär medicin,Cancerfarmakologi och beräkningsmedicin(Swepub:uu)chrba104 (författare)
Lönnerholm, GudmarUppsala universitet,Pediatrik(Swepub:uu)gudmarlh (författare)
Syvänen, Ann-ChristineUppsala universitet,Molekylär medicin(Swepub:uu)anncsyva (författare)
Almlöf, Jonas CarlssonUppsala universitet,Molekylär medicin(Swepub:uu)jonca820 (författare)
Uppsala universitetMolekylär medicin (creator_code:org_t)

Ingår i:Bioinformatics: Oxford University Press (OUP)32:7, s. 1080-10821367-48031367-4811

Av författaren/redakt...: Marzouka, Nour-a ...; Nordlund, Jessic ...; Bäcklin, Christo ...; Lönnerholm, Gudm ...; Syvänen, Ann-Chr ...; Almlöf, Jonas Ca ...

Om ämnet

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP: MEDICIN OCH HÄLS ...; och Medicinsk biotek ...; och Medicinsk biotek ...

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.