Family-assisted inference of the genetic architecture of major histocompatibility complex variation

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Sökning: WFRF:(Gharib H) > Family-assisted inf...

Gaigher, A.Univ Lausanne, Dept Ecol & Evolut, Lab Conservat Biol, CH-1015 Lausanne, Switzerland. (författare)

Family-assisted inference of the genetic architecture of major histocompatibility complex variation

Artikel/kapitelEngelska2016

Förlag, utgivningsår, omfång ...

2016-06-04
Wiley,2016
printrdacarrier

Nummerbeteckningar

LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:uu-308630
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-308630URI
https://doi.org/10.1111/1755-0998.12537DOI

Kompletterande språkuppgifter

Språk:engelska
Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

SwePubSwePub

Klassifikation

Ämneskategori:ref swepub-contenttype
Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

With their direct link to individual fitness, genes of the major histocompatibility complex (MHC) are a popular system to study the evolution of adaptive genetic diversity. However, owing to the highly dynamic evolution of the MHC region, the isolation, characterization and genotyping of MHC genes remain a major challenge. While high-throughput sequencing technologies now provide unprecedented resolution of the high allelic diversity observed at the MHC, in many species, it remains unclear (i) how alleles are distributed among MHC loci, (ii) whether MHC loci are linked or segregate independently and (iii) how much copy number variation (CNV) can be observed for MHC genes in natural populations. Here, we show that the study of allele segregation patterns within families can provide significant insights in this context. We sequenced two MHC class I (MHC-I) loci in 1267 European barn owls (Tyto alba), including 590 offspring from 130 families using Illumina MiSeq technology. Coupled with a high per-individual sequencing coverage (similar to 3000x), the study of allele segregation patterns within families provided information on three aspects of the architecture of MHC-I variation in barn owls: (i) extensive sharing of alleles among loci, (ii) strong linkage of MHC-I loci indicating tandem architecture and (iii) the presence of CNV in the barn owl MHC-I. We conclude that the additional information that can be gained from high-coverage amplicon sequencing by investigating allele segregation patterns in families not only helps improving the accuracy of MHC genotyping, but also contributes towards enhanced analyses in the context of MHC evolutionary ecology.

Ämnesord och genrebeteckningar

NATURVETENSKAP Biologi Biokemi och molekylärbiologi hsv//swe
NATURAL SCIENCES Biological Sciences Biochemistry and Molecular Biology hsv//eng
NATURVETENSKAP Biologi Evolutionsbiologi hsv//swe
NATURAL SCIENCES Biological Sciences Evolutionary Biology hsv//eng
adaptive genetic diversity
birds
copy number variation
gene duplication
immunogenetics
major histocompatibility complex

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

Burri, RetoUppsala universitet,Evolutionsbiologi(Swepub:uu)retbu994 (författare)
Gharib, W. H.Univ Bern, Interfac Bioinformat Unit, CH-3012 Bern, Switzerland. (författare)
Taberlet, P.CNRS, Lab dEcol Alpine LECA, F-38000 Grenoble, France.;Univ Grenoble Alpes, Lab dEcol Alpine LECA, F-38000 Grenoble, France. (författare)
Roulin, A.Univ Lausanne, Dept Ecol & Evolut, Lab Conservat Biol, CH-1015 Lausanne, Switzerland. (författare)
Fumagalli, L.Univ Lausanne, Dept Ecol & Evolut, Lab Conservat Biol, CH-1015 Lausanne, Switzerland. (författare)
Univ Lausanne, Dept Ecol & Evolut, Lab Conservat Biol, CH-1015 Lausanne, Switzerland.Evolutionsbiologi (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

Ingår i:Molecular Ecology Resources: Wiley16:6, s. 1353-13641755-098X1755-0998

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Molecular Ecology Resources (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Gaigher, A.; Burri, Reto; Gharib, W. H.; Taberlet, P.; Roulin, A.; Fumagalli, L.

Om ämnet

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Biokemi och mole ...

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Evolutionsbiolog ...

Artiklar i publikationen: Molecular Ecolog ...

Av lärosätet: Uppsala universitet

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se