Sökning: id:"swepub:oai:DiVA.org:uu-308904" >
Genome-wide repress...
-
Teppo, SusannaUniv Tampere, Tampere Ctr Child Hlth Res, Tampere 33520, Finland.;Tampere Univ Hosp, Tampere 33520, Finland.
(författare)
Genome-wide repression of eRNA and target gene loci by the ETV6-RUNX1 fusion in acute leukemia
- Artikel/kapitelEngelska2016
Förlag, utgivningsår, omfång ...
-
2016-09-12
-
Cold Spring Harbor Laboratory,2016
-
electronicrdacarrier
Nummerbeteckningar
-
LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:uu-308904
-
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-308904URI
-
https://doi.org/10.1101/gr.193649.115DOI
Kompletterande språkuppgifter
-
Språk:engelska
-
Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
Klassifikation
-
Ämneskategori:ref swepub-contenttype
-
Ämneskategori:art swepub-publicationtype
Anmärkningar
-
De två sista författarna delar sistaförfattarskapet.
-
Approximately 20%-25% of childhood acute lymphoblastic leukemias carry the ETV6-RUNX1 (E/R) fusion gene, a fusion of two central hematopoietic transcription factors, ETV6 (TEL) and RUNX1 (AML1). Despite its prevalence, the exact genomic targets of E/R have remained elusive. We evaluated gene loci and enhancers targeted by E/R genome-wide in precursor B acute leukemia cells using global run-on sequencing (GRO-seq). We show that expression of the E/R fusion leads to widespread repression of RUNX1 motif-containing enhancers at its target gene loci. Moreover, multiple super-enhancers from the CD19(+)/CD20(+)-lineage were repressed, implicating a role in impediment of lineage commitment. In effect, the expression of several genes involved in B cell signaling and adhesion was down-regulated, and the repression depended on the wild-type DNA-binding Runt domain of RUNX1. We also identified a number of E/R-regulated annotated and de novo noncoding genes. The results provide a comprehensive genome-wide mapping between E/R-regulated key regulatory elements and genes in precursor B cell leukemia that disrupt normal B lymphopoiesis.
Ämnesord och genrebeteckningar
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
-
Laukkanen, SaaraUniv Tampere, Tampere Ctr Child Hlth Res, Tampere 33520, Finland.;Tampere Univ Hosp, Tampere 33520, Finland.
(författare)
-
Liuksiala, ThomasUniv Tampere, Tampere Ctr Child Hlth Res, Tampere 33520, Finland.;Tampere Univ Hosp, Tampere 33520, Finland.;Univ Tampere, Inst Biosci & Med Technol, Tampere 33520, Finland.
(författare)
-
Nordlund, JessicaUppsala Univ, Dept Med Sci, Mol Med & Sci Life Lab, S-75105 Uppsala, Sweden.
(författare)
-
Oittinen, MikkoUniv Tampere, Tampere Ctr Child Hlth Res, Tampere 33520, Finland.;Tampere Univ Hosp, Tampere 33520, Finland.
(författare)
-
Teittinen, KaisaUniv Tampere, Tampere Ctr Child Hlth Res, Tampere 33520, Finland.;Tampere Univ Hosp, Tampere 33520, Finland.
(författare)
-
Gronroos, ToniUniv Tampere, Tampere Ctr Child Hlth Res, Tampere 33520, Finland.;Tampere Univ Hosp, Tampere 33520, Finland.
(författare)
-
St-Onge, PascalUniv Montreal, CHU St Justine Res Ctr, Montreal, PQ H3T 1J4, Canada.
(författare)
-
Sinnett, DanielUniv Montreal, CHU St Justine Res Ctr, Montreal, PQ H3T 1J4, Canada.;Univ Montreal, Fac Med, Dept Pediat, Montreal, PQ H3T 1J4, Canada.
(författare)
-
Syvänen, Ann-ChristineUppsala universitet,Molekylär medicin,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:uu)anncsyva
(författare)
-
Nykter, MattiUniv Tampere, Inst Biosci & Med Technol, Tampere 33520, Finland.;Tampere Univ Technol, Dept Signal Proc, Tampere 33720, Finland.
(författare)
-
Viiri, KeijoUniv Tampere, Tampere Ctr Child Hlth Res, Tampere 33520, Finland.;Tampere Univ Hosp, Tampere 33520, Finland.
(författare)
-
Heinaniemi, MerjaUniv Eastern Finland, Inst Biomed, Sch Med, Kuopio 70211, Finland.
(författare)
-
Lohi, OlliUniv Tampere, Tampere Ctr Child Hlth Res, Tampere 33520, Finland.;Tampere Univ Hosp, Tampere 33520, Finland.
(författare)
-
Univ Tampere, Tampere Ctr Child Hlth Res, Tampere 33520, Finland.;Tampere Univ Hosp, Tampere 33520, Finland.Univ Tampere, Tampere Ctr Child Hlth Res, Tampere 33520, Finland.;Tampere Univ Hosp, Tampere 33520, Finland.;Univ Tampere, Inst Biosci & Med Technol, Tampere 33520, Finland.
(creator_code:org_t)
Sammanhörande titlar
-
Ingår i:Genome Research: Cold Spring Harbor Laboratory26:11, s. 1468-14771088-90511549-5469
Internetlänk
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Teppo, Susanna
-
Laukkanen, Saara
-
Liuksiala, Thoma ...
-
Nordlund, Jessic ...
-
Oittinen, Mikko
-
Teittinen, Kaisa
-
visa fler...
-
Gronroos, Toni
-
St-Onge, Pascal
-
Sinnett, Daniel
-
Syvänen, Ann-Chr ...
-
Nykter, Matti
-
Viiri, Keijo
-
Heinaniemi, Merj ...
-
Lohi, Olli
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Medicinsk biotek ...
-
och Medicinsk biotek ...
- Artiklar i publikationen
-
Genome Research
- Av lärosätet
-
Uppsala universitet