Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-310039" >
Profiling cancer te...
-
Djureinovic, DijanaUppsala universitet,Klinisk och experimentell patologi,Fredrik Pontén, Patrick Micke
(författare)
Profiling cancer testis antigens in non-small-cell lung cancer
- Artikel/kapitelEngelska2016
Förlag, utgivningsår, omfång ...
-
American Society for Clinical Investigation,2016
-
printrdacarrier
Nummerbeteckningar
-
LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:uu-310039
-
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-310039URI
-
https://doi.org/10.1172/jci.insight.86837DOI
-
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:kth:diva-198991URI
-
http://kipublications.ki.se/Default.aspx?queryparsed=id:139942031URI
Kompletterande språkuppgifter
-
Språk:engelska
-
Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
Klassifikation
-
Ämneskategori:ref swepub-contenttype
-
Ämneskategori:art swepub-publicationtype
Anmärkningar
-
QC 20170116
-
Cancer testis antigens (CTAs) are of clinical interest as biomarkers and present valuable targets for immunotherapy. To comprehensively characterize the CTA landscape of non-small-cell lung cancer (NSCLC), we compared RNAseq data from 199 NSCLC tissues to the normal transcriptome of 142 samples from 32 different normal organs. Of 232 CTAs currently annotated in the Caner Testis Database (CTdatabase), 96 were confirmed in NSCLC. To obtain an unbiased CTA profile of NSCLC, we applied stringent criteria on our RNAseq data set and defined 90 genes as CTAs, of which 55 genes were not annotated in the CTdatabase, thus representing potential new CTAs. Cluster analysis revealed that CTA expression is histology dependent and concurrent expression is common. IHC confirmed tissue-specific protein expression of selected new CTAs (TKTL1, TGIF2LX, VCX, and CXORF67). Furthermore, methylation was identified as a regulatory mechanism of CTA expression based on independent data from The Cancer Genome Atlas. The proposed prognostic impact of CTAs in lung cancer was not confirmed, neither in our RNAseq cohort nor in an independent meta-analysis of 1,117 NSCLC cases. In summary, we defined a set of 90 reliable CTAs, including information on protein expression, methylation, and survival association. The detailed RNAseq catalog can guide biomarker studies and efforts to identify targets for immunotherapeutic strategies.
Ämnesord och genrebeteckningar
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
-
Hallström, Björn M.KTH,Proteomik och nanobioteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,KTH Royal Inst Technol, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden.(Swepub:kth)u1ih19oh
(författare)
-
Horie, MasafumiUniv Tokyo, Grad Sch Med, Dept Resp Med, Tokyo, Japan.
(författare)
-
Mattsson, Johanna Sofia Margareta,1985-Uppsala universitet,Klinisk och experimentell patologi,Patrick Micke(Swepub:uu)johma961
(författare)
-
La Fleur, LinneaUppsala universitet,Klinisk och experimentell patologi,Johan Botling(Swepub:uu)linla513
(författare)
-
Fagerberg, LinnKTH,Proteomik och nanobioteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,KTH Royal Inst Technol, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden.(Swepub:kth)u1dglfid
(författare)
-
Brunnström, HansReg Labs Reg Skane, Dept Pathol, Lund, Sweden.
(författare)
-
Lindskog, CeciliaUppsala universitet,Klinisk och experimentell patologi(Swepub:uu)cecli129
(författare)
-
Madjar, KatrinTech Univ Dortmund, Dept Stat, Dortmund, Germany.
(författare)
-
Rahnenfuehrer, JoergTech Univ Dortmund, Dept Stat, Dortmund, Germany.
(författare)
-
Ekman, SimonKarolinska Institutet,Uppsala universitet,Experimentell och klinisk onkologi(Swepub:uu)simoekma
(författare)
-
Ståhle, ElisabethUppsala universitet,Uppsala kliniska forskningscentrum (UCR)(Swepub:uu)elsta102
(författare)
-
Koyi, HirshKarolinska Institutet,Uppsala universitet,Centrum för klinisk forskning, Gävleborg(Swepub:uu)hirko843
(författare)
-
Brandén, EvaUppsala universitet,Centrum för klinisk forskning, Gävleborg(Swepub:uu)evabr789
(författare)
-
Edlund, KarolinaTech Univ Dortmund, Leibniz Res Ctr Working Environm & Human Factors, Dortmund, Germany.
(författare)
-
Hengstler, Jan G.Tech Univ Dortmund, Leibniz Res Ctr Working Environm & Human Factors, Dortmund, Germany.
(författare)
-
Lambe, MatsKarolinska Institutet
(författare)
-
Saito, AkiraUniv Tokyo, Grad Sch Med, Dept Resp Med, Tokyo, Japan.
(författare)
-
Botling, JohanUppsala universitet,Klinisk och experimentell patologi,Johan Botling(Swepub:uu)johanbot
(författare)
-
Ponten, FredrikUppsala universitet,Klinisk och experimentell patologi,Fredrik Pontén(Swepub:uu)fredpont
(författare)
-
Uhlén, MathiasKTH,Proteomik och nanobioteknologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,KTH Royal Inst Technol, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden.(Swepub:kth)u1dulvmw
(författare)
-
Micke, PatrickUppsala universitet,Klinisk och experimentell patologi,Patrick Micke(Swepub:uu)patmi676
(författare)
-
Uppsala universitetKlinisk och experimentell patologi
(creator_code:org_t)
Sammanhörande titlar
-
Ingår i:JCI INSIGHT: American Society for Clinical Investigation1:102379-3708
Internetlänk
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Djureinovic, Dij ...
-
Hallström, Björn ...
-
Horie, Masafumi
-
Mattsson, Johann ...
-
La Fleur, Linnea
-
Fagerberg, Linn
-
visa fler...
-
Brunnström, Hans
-
Lindskog, Cecili ...
-
Madjar, Katrin
-
Rahnenfuehrer, J ...
-
Ekman, Simon
-
Ståhle, Elisabet ...
-
Koyi, Hirsh
-
Brandén, Eva
-
Edlund, Karolina
-
Hengstler, Jan G ...
-
Lambe, Mats
-
Saito, Akira
-
Botling, Johan
-
Ponten, Fredrik
-
Uhlén, Mathias
-
Micke, Patrick
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Klinisk medicin
-
och Cancer och onkol ...
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Klinisk medicin
-
och Klinisk laborato ...
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Klinisk medicin
- Artiklar i publikationen
-
JCI INSIGHT
- Av lärosätet
-
Uppsala universitet
-
Kungliga Tekniska Högskolan
-
Karolinska Institutet