SwePub
Tyck till om SwePub Sök här!
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

WFRF:(Wong Gane Ka Shu)
 

Sökning: WFRF:(Wong Gane Ka Shu) > Larsson Anders > Gundlach Heidrun > The Physcomitrella ...

  • Lang, DanielUniv Freiburg, Plant Biotechnol, Fac Biol, Schaenzlestr 1, D-79104 Freiburg, Germany.;Helmholtz Ctr Munich, Plant Genome & Syst Biol, D-85764 Neuherberg, Germany. (författare)

The Physcomitrella patens chromosome-scale assembly reveals moss genome structure and evolution

  • Artikel/kapitelEngelska2018

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • 2018-01-19
  • Wiley,2018
  • printrdacarrier

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:uu-350545
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-350545URI
  • https://doi.org/10.1111/tpj.13801DOI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska
  • Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype
  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

  • De två första författarna delar förstaförfattarskapet.
  • The draft genome of the moss model, Physcomitrella patens, comprised approximately 2000 unordered scaffolds. In order to enable analyses of genome structure and evolution we generated a chromosome-scale genome assembly using genetic linkage as well as (end) sequencing of long DNA fragments. We find that 57% of the genome comprises transposable elements (TEs), some of which may be actively transposing during the life cycle. Unlike in flowering plant genomes, gene-and TE-rich regions show an overall even distribution along the chromosomes. However, the chromosomes are mono-centric with peaks of a class of Copia elements potentially coinciding with centromeres. Gene body methylation is evident in 5.7% of the protein-coding genes, typically coinciding with low GC and low expression. Some giant virus insertions are transcriptionally active and might protect gametes from viral infection via siRNA mediated silencing. Structure-based detection methods show that the genome evolved via two rounds of whole genome duplications (WGDs), apparently common in mosses but not in liverworts and hornworts. Several hundred genes are present in colinear regions conserved since the last common ancestor of plants. These syntenic regions are enriched for functions related to plant-specific cell growth and tissue organization. The P. patens genome lacks the TE-rich pericentromeric and gene-rich distal regions typical for most flowering plant genomes. More non-seed plant genomes are needed to unravel how plant genomes evolve, and to understand whether the P. patens genome structure is typical for mosses or bryophytes.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Ullrich, Kristian K.Univ Marburg, Plant Cell Biol, Fac Biol, Marburg, Germany.;Max Planck Inst Evolutionary Biol, August Thienemann Str 2, D-24306 Plon, Germany. (författare)
  • Murat, FlorentINRA, UMR Genet Divers & Ecophysiol Cereals GDEC 1095, 5 Chemin Beaulieu, F-63100 Clermont Ferrand, France. (författare)
  • Fuchs, JoergLeibniz Inst Plant Genet & Crop Plant Res IPK, Corrensstr 3, D-06466 Ot Gatersleben, Stadt Seeland, Germany. (författare)
  • Jenkins, JerryHudsonAlpha Inst Biotechnol, Huntsville, AL USA. (författare)
  • Haas, Fabian B.Univ Marburg, Plant Cell Biol, Fac Biol, Marburg, Germany. (författare)
  • Piednoel, MathieuMax Planck Inst Plant Breeding Res, Dept Plant Dev Biol, Carl von Linne Weg 10, D-50829 Cologne, Germany. (författare)
  • Gundlach, HeidrunHelmholtz Ctr Munich, Plant Genome & Syst Biol, D-85764 Neuherberg, Germany. (författare)
  • Van Bel, MichielVIB Ctr Plant Syst Biol, Technol Pk 927, B-9052 Ghent, Belgium.;Univ Ghent, Dept Plant Biotechnol & Bioinformat, Technol Pk 927, B-9052 Ghent, Belgium. (författare)
  • Meyberg, RabeaUniv Marburg, Plant Cell Biol, Fac Biol, Marburg, Germany. (författare)
  • Vives, CristinaUB, UAB, IRTA, CRAG,CSIC, Campus UAB, Barcelona 08193, Spain. (författare)
  • Morata, JordiUB, UAB, IRTA, CRAG,CSIC, Campus UAB, Barcelona 08193, Spain. (författare)
  • Symeonidi, AikateriniUniv Marburg, Plant Cell Biol, Fac Biol, Marburg, Germany.;Inst Res Biomed IRB Barcelona, Barcelona, Spain. (författare)
  • Hiss, ManuelUniv Marburg, Plant Cell Biol, Fac Biol, Marburg, Germany. (författare)
  • Muchero, WellingtonOak Ridge Natl Lab, Biosci Div, Oak Ridge, TN 37831 USA. (författare)
  • Kamisugi, YasukoUniv Leeds, Fac Biol Sci, Ctr Plant Sci, Leeds LS2 9JT, W Yorkshire, England. (författare)
  • Saleh, OmarUniv Freiburg, Plant Biotechnol, Fac Biol, Schaenzlestr 1, D-79104 Freiburg, Germany.;Humboldt Univ, Plant Mol Cell Biol, D-10115 Berlin, Germany. (författare)
  • Blanc, GuillaumeAix Marseille Univ, Struct & Genom Informat Lab IGS, IMM FR 3479, CNRS,UMR 7256, Marseille, France. (författare)
  • Decker, Eva L.Univ Freiburg, Plant Biotechnol, Fac Biol, Schaenzlestr 1, D-79104 Freiburg, Germany. (författare)
  • van Gessel, NicoUniv Freiburg, Plant Biotechnol, Fac Biol, Schaenzlestr 1, D-79104 Freiburg, Germany. (författare)
  • Grimwood, JaneHudsonAlpha Inst Biotechnol, Huntsville, AL USA.;US DOE, Joint Genome Inst, Walnut Creek, CA 94598 USA. (författare)
  • Hayes, Richard D.US DOE, Joint Genome Inst, Walnut Creek, CA 94598 USA. (författare)
  • Graham, Sean W.Univ British Columbia, Dept Bot, Vancouver, BC V6T 1Z4, Canada. (författare)
  • Gunter, Lee E.Oak Ridge Natl Lab, Biosci Div, Oak Ridge, TN 37831 USA. (författare)
  • McDaniel, Stuart F.Univ Florida, Dept Biol, Gainesville, FL 32611 USA. (författare)
  • Hoernstein, Sebastian N. W.Univ Freiburg, Plant Biotechnol, Fac Biol, Schaenzlestr 1, D-79104 Freiburg, Germany. (författare)
  • Larsson, AndersUppsala universitet,Systematisk biologi(Swepub:uu)andla958 (författare)
  • Li, Fay-WeiBoyce Thompson Inst Plant Res, Ithaca, NY 14853 USA. (författare)
  • Perroud, Pierre-FrancoisUniv Marburg, Plant Cell Biol, Fac Biol, Marburg, Germany. (författare)
  • Phillips, JeremyUS DOE, Joint Genome Inst, Walnut Creek, CA 94598 USA. (författare)
  • Ranjan, PriyaOak Ridge Natl Lab, Biosci Div, Oak Ridge, TN 37831 USA. (författare)
  • Rokshar, Daniel S.US DOE, Joint Genome Inst, Walnut Creek, CA 94598 USA.;Univ Calif Berkeley, Dept Mol & Cell Biol, 229 Stanley Hall, Berkeley, CA 94720 USA. (författare)
  • Rothfels, Carl J.Univ Calif Berkeley, Univ Herbarium, Berkeley, CA 94720 USA.;Univ Calif Berkeley, Dept Integrat Biol, Berkeley, CA 94720 USA. (författare)
  • Schneider, LucasUniv Marburg, Plant Cell Biol, Fac Biol, Marburg, Germany.;Goethe Univ Frankfurt, Inst Transfus Med & Immunohematol, Sandhofstr 1, D-60528 Frankfurt, Germany.;German Red Cross Blood Serv, Sandhofstr 1, D-60528 Frankfurt, Germany. (författare)
  • Shu, ShengqiangUS DOE, Joint Genome Inst, Walnut Creek, CA 94598 USA. (författare)
  • Stevenson, Dennis W.New York Bot Garden, Bronx, NY 10458 USA. (författare)
  • Thummler, FritzVertis Biotechnol AG, Lise Meitner Str 30, D-85354 Freising Weihenstephan, Germany. (författare)
  • Tillich, MichaelMax Planck Inst Mol Plant Physiol, Muehlenberg 1, D-14476 Potsdam, Germany. (författare)
  • Aguilar, Juan C. VillarrealUniv Laval, Dept Biol, Quebec City, PQ G1V 0A6, Canada. (författare)
  • Widiez, ThomasUniv Geneva, Dept Plant Biol, Sci 3, CH-1211 Geneva 4, Switzerland.;Rutgers State Univ, Dept Plant Biol & Pathol, New Brunswick, NJ 08901 USA.;UCB Lyon 1, Lab Reprod & Dev Plantes, Univ Lyon, ENS Lyon,CNRS,INRA, F-69342 Lyon, France. (författare)
  • Wong, Gane Ka-ShuUniv Alberta, Dept Biol Sci, Edmonton, AB T6G 2E9, Canada.;Univ Alberta, Dept Med, Edmonton, AB T6G 2E1, Canada.;BGI Shenzhen, Shenzhen 518083, Peoples R China. (författare)
  • Wymore, AnnOak Ridge Natl Lab, Biosci Div, Oak Ridge, TN 37831 USA. (författare)
  • Zhang, YongShenzhen Huahan Gene Life Technol Co Ltd, Shenzhen, Peoples R China. (författare)
  • Zimmer, Andreas D.Univ Freiburg, Plant Biotechnol, Fac Biol, Schaenzlestr 1, D-79104 Freiburg, Germany.;Univ Freiburg, Fac Med, Inst Human Genet, Med Ctr, Freiburg, Germany. (författare)
  • Quatrano, Ralph S.Washington Univ, Dept Biol, Campus Box 1137, St Louis, MO 63130 USA. (författare)
  • Mayer, Klaus F. X.Helmholtz Ctr Munich, Plant Genome & Syst Biol, D-85764 Neuherberg, Germany.;Tech Univ Munich, WZW, Munich, Germany. (författare)
  • Goodstein, DavidUS DOE, Joint Genome Inst, Walnut Creek, CA 94598 USA. (författare)
  • Casacuberta, Josep M.UB, UAB, IRTA, CRAG,CSIC, Campus UAB, Barcelona 08193, Spain. (författare)
  • Vandepoele, KlaasVIB Ctr Plant Syst Biol, Technol Pk 927, B-9052 Ghent, Belgium.;Univ Ghent, Dept Plant Biotechnol & Bioinformat, Technol Pk 927, B-9052 Ghent, Belgium. (författare)
  • Reski, RalfUniv Freiburg, Plant Biotechnol, Fac Biol, Schaenzlestr 1, D-79104 Freiburg, Germany.;Univ Freiburg, BIOSS Ctr Biol Signalling Studies, Schaenzlestr 18, D-79104 Freiburg, Germany. (författare)
  • Cuming, Andrew C.Univ Leeds, Fac Biol Sci, Ctr Plant Sci, Leeds LS2 9JT, W Yorkshire, England. (författare)
  • Tuskan, Gerald A.Oak Ridge Natl Lab, Biosci Div, Oak Ridge, TN 37831 USA. (författare)
  • Maumus, FlorianUniv Paris Saclay, INRA, URGI, F-78026 Versailles, France. (författare)
  • Salse, JeromeINRA, UMR Genet Divers & Ecophysiol Cereals GDEC 1095, 5 Chemin Beaulieu, F-63100 Clermont Ferrand, France. (författare)
  • Schmutz, JeremyHudsonAlpha Inst Biotechnol, Huntsville, AL USA.;US DOE, Joint Genome Inst, Walnut Creek, CA 94598 USA. (författare)
  • Rensing, Stefan A.Univ Marburg, Plant Cell Biol, Fac Biol, Marburg, Germany.;Univ Freiburg, BIOSS Ctr Biol Signalling Studies, Schaenzlestr 18, D-79104 Freiburg, Germany. (författare)
  • Univ Freiburg, Plant Biotechnol, Fac Biol, Schaenzlestr 1, D-79104 Freiburg, Germany.;Helmholtz Ctr Munich, Plant Genome & Syst Biol, D-85764 Neuherberg, Germany.Univ Marburg, Plant Cell Biol, Fac Biol, Marburg, Germany.;Max Planck Inst Evolutionary Biol, August Thienemann Str 2, D-24306 Plon, Germany. (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:The Plant Journal: Wiley93:3, s. 515-5330960-74121365-313X

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy