Sökning: (WFRF:(Schmutzler Rita)) pers:(Chenevix Trench Georgia) >
A Transcriptome-Wid...
-
Lu, YingchangVanderbilt University
(författare)
A Transcriptome-Wide Association Study Among 97,898 Women to Identify Candidate Susceptibility Genes for Epithelial Ovarian Cancer Risk.
- Artikel/kapitelEngelska2018
Förlag, utgivningsår, omfång ...
Nummerbeteckningar
-
LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:uu-368161
-
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-368161URI
-
https://doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-18-0951DOI
-
http://kipublications.ki.se/Default.aspx?queryparsed=id:139155293URI
-
https://lup.lub.lu.se/record/f5ad9bbb-4e84-4d66-b5a5-fa964353cbb6URI
Kompletterande språkuppgifter
-
Språk:engelska
-
Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
Klassifikation
-
Ämneskategori:ref swepub-contenttype
-
Ämneskategori:art swepub-publicationtype
Anmärkningar
-
.AbstractLarge-scale genome-wide association studies (GWAS) have identified approximately 35 loci associated with epithelial ovarian cancer (EOC) risk. The majority of GWAS-identified disease susceptibility variants are located in noncoding regions, and causal genes underlying these associations remain largely unknown. Here, we performed a transcriptome-wide association study to search for novel genetic loci and plausible causal genes at known GWAS loci. We used RNA sequencing data (68 normal ovarian tissue samples from 68 individuals and 6,124 cross-tissue samples from 369 individuals) and high-density genotyping data from European descendants of the Genotype-Tissue Expression (GTEx V6) project to build ovarian and cross-tissue models of genetically regulated expression using elastic net methods. We evaluated 17,121 genes for their cis-predicted gene expression in relation to EOC risk using summary statistics data from GWAS of 97,898 women, including 29,396 EOC cases. With a Bonferroni-corrected significance level of P < 2.2 × 10−6, we identified 35 genes, including FZD4 at 11q14.2 (Z = 5.08, P = 3.83 × 10−7, the cross-tissue model; 1 Mb away from any GWAS-identified EOC risk variant), a potential novel locus for EOC risk. All other 34 significantly associated genes were located within 1 Mb of known GWAS-identified loci, including 23 genes at 6 loci not previously linked to EOC risk. Upon conditioning on nearby known EOC GWAS-identified variants, the associations for 31 genes disappeared and three genes remained (P < 1.47 × 10−3). These data identify one novel locus (FZD4) and 34 genes at 13 known EOC risk loci associated with EOC risk, providing new insights into EOC carcinogenesis.Significance: Transcriptomic analysis of a large cohort confirms earlier GWAS loci and reveals FZD4 as a novel locus associated with EOC risk. Cancer Res; 78(18); 5419–30. ©2018 AACR.
Ämnesord och genrebeteckningar
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
-
Beeghly-Fadiel, Alicia
(författare)
-
Wu, Lang
(författare)
-
Guo, Xingyi
(författare)
-
Li, Bingshan
(författare)
-
Schildkraut, Joellen M
(författare)
-
Im, Hae Kyung
(författare)
-
Chen, Yian A
(författare)
-
Permuth, Jennifer B
(författare)
-
Reid, Brett M
(författare)
-
Teer, Jamie K
(författare)
-
Moysich, Kirsten B
(författare)
-
Andrulis, Irene L
(författare)
-
Anton-Culver, Hoda
(författare)
-
Arun, Banu K
(författare)
-
Bandera, Elisa V
(författare)
-
Barkardottir, Rosa B
(författare)
-
Barnes, Daniel R
(författare)
-
Benitez, Javier
(författare)
-
Bjorge, Line
(författare)
-
Brenton, James
(författare)
-
Butzow, Ralf
(författare)
-
Caldes, Trinidad
(författare)
-
Caligo, Maria A
(författare)
-
Campbell, Ian
(författare)
-
Chang-Claude, Jenny
(författare)
-
Claes, Kathleen B M
(författare)
-
Couch, Fergus J
(författare)
-
Cramer, Daniel W
(författare)
-
Daly, Mary B
(författare)
-
deFazio, Anna
(författare)
-
Dennis, Joe
(författare)
-
Diez, Orland
(författare)
-
Domchek, Susan M
(författare)
-
Dörk, Thilo
(författare)
-
Easton, Douglas F
(författare)
-
Eccles, Diana M
(författare)
-
Fasching, Peter A
(författare)
-
Fortner, Renée T
(författare)
-
Fountzilas, George
(författare)
-
Friedman, Eitan
(författare)
-
Ganz, Patricia A
(författare)
-
Garber, Judy
(författare)
-
Giles, Graham G
(författare)
-
Godwin, Andrew K
(författare)
-
Goldgar, David E
(författare)
-
Goodman, Marc T
(författare)
-
Greene, Mark H
(författare)
-
Gronwald, Jacek
(författare)
-
Hamann, Ute
(författare)
-
Heitz, Florian
(författare)
-
Hildebrandt, Michelle A T
(författare)
-
Høgdall, Claus K
(författare)
-
Hollestelle, Antoinette
(författare)
-
Hulick, Peter J
(författare)
-
Huntsman, David G
(författare)
-
Imyanitov, Evgeny N
(författare)
-
Isaacs, Claudine
(författare)
-
Jakubowska, Anna
(författare)
-
James, Paul
(författare)
-
Karlan, Beth Y
(författare)
-
Kelemen, Linda E
(författare)
-
Kiemeney, Lambertus A
(författare)
-
Kjaer, Susanne K
(författare)
-
Kwong, Ava
(författare)
-
Le, Nhu D
(författare)
-
Leslie, Goska
(författare)
-
Lesueur, Fabienne
(författare)
-
Levine, Douglas A
(författare)
-
Mattiello, Amalia
(författare)
-
May, Taymaa
(författare)
-
McGuffog, Lesley
(författare)
-
McNeish, Iain A
(författare)
-
Merritt, Melissa A
(författare)
-
Modugno, Francesmary
(författare)
-
Montagna, Marco
(författare)
-
Neuhausen, Susan L
(författare)
-
Nevanlinna, Heli
(författare)
-
Nielsen, Finn C
(författare)
-
Nikitina-Zake, Liene
(författare)
-
Nussbaum, Robert L
(författare)
-
Offit, Kenneth
(författare)
-
Olah, Edith
(författare)
-
Olopade, Olufunmilayo I
(författare)
-
Olsson, HåkanLund University,Lunds universitet,Lunds Melanomstudiegrupp,Forskargrupper vid Lunds universitet,Lund Melanoma Study Group,Lund University Research Groups(Swepub:lu)onk-hol
(författare)
-
Olsson, Håkan
(författare)
-
Osorio, Ana
(författare)
-
Park, Sue K
(författare)
-
Parsons, Michael T
(författare)
-
Peeters, Petra H M
(författare)
-
Pejovic, Tanja
(författare)
-
Peterlongo, Paolo
(författare)
-
Phelan, Catherine M
(författare)
-
Pujana, Miquel Angel
(författare)
-
Ramus, Susan J
(författare)
-
Rennert, Gad
(författare)
-
Risch, Harvey
(författare)
-
Rodriguez, Gustavo C
(författare)
-
Rodríguez-Antona, Cristina
(författare)
-
Romieu, Isabelle
(författare)
-
Rookus, Matti A
(författare)
-
Rossing, Mary Anne
(författare)
-
Rzepecka, Iwona K
(författare)
-
Sandler, Dale P
(författare)
-
Schmutzler, Rita K
(författare)
-
Setiawan, Veronica W
(författare)
-
Sharma, Priyanka
(författare)
-
Sieh, Weiva
(författare)
-
Simard, Jacques
(författare)
-
Singer, Christian F
(författare)
-
Song, Honglin
(författare)
-
Southey, Melissa C
(författare)
-
Spurdle, Amanda B
(författare)
-
Sutphen, Rebecca
(författare)
-
Swerdlow, Anthony J
(författare)
-
Teixeira, Manuel R
(författare)
-
Teo, Soo H
(författare)
-
Thomassen, Mads
(författare)
-
Tischkowitz, Marc
(författare)
-
Toland, Amanda E
(författare)
-
Trichopoulou, Antonia
(författare)
-
Tung, Nadine
(författare)
-
Tworoger, Shelley S
(författare)
-
van Rensburg, Elizabeth J
(författare)
-
Vanderstichele, Adriaan
(författare)
-
Vega, Ana
(författare)
-
Edwards, Digna Velez
(författare)
-
Webb, Penelope M
(författare)
-
Weitzel, Jeffrey N
(författare)
-
Wentzensen, Nicolas
(författare)
-
White, Emily
(författare)
-
Wolk, AlicjaKarolinska Institutet,Uppsala universitet,Ortopedi(Swepub:uu)alwol516
(författare)
-
Wu, Anna H
(författare)
-
Yannoukakos, Drakoulis
(författare)
-
Zorn, Kristin K
(författare)
-
Gayther, Simon A
(författare)
-
Antoniou, Antonis C
(författare)
-
Berchuck, Andrew
(författare)
-
Goode, Ellen L
(författare)
-
Chenevix-Trench, Georgia
(författare)
-
Sellers, Thomas A
(författare)
-
Pharoah, Paul D P
(författare)
-
Zheng, Wei
(författare)
-
Long, JirongVanderbilt University
(författare)
-
Vanderbilt UniversityLunds Melanomstudiegrupp
(creator_code:org_t)
-
et al.
Sammanhörande titlar
-
Ingår i:Cancer Research78:18, s. 5419-54300008-54721538-7445
Internetlänk
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Lu, Yingchang
-
Beeghly-Fadiel, ...
-
Wu, Lang
-
Guo, Xingyi
-
Li, Bingshan
-
Schildkraut, Joe ...
-
visa fler...
-
Im, Hae Kyung
-
Chen, Yian A
-
Permuth, Jennife ...
-
Reid, Brett M
-
Teer, Jamie K
-
Moysich, Kirsten ...
-
Andrulis, Irene ...
-
Anton-Culver, Ho ...
-
Arun, Banu K
-
Bandera, Elisa V
-
Barkardottir, Ro ...
-
Barnes, Daniel R
-
Benitez, Javier
-
Bjorge, Line
-
Brenton, James
-
Butzow, Ralf
-
Caldes, Trinidad
-
Caligo, Maria A
-
Campbell, Ian
-
Chang-Claude, Je ...
-
Claes, Kathleen ...
-
Couch, Fergus J
-
Cramer, Daniel W
-
Daly, Mary B
-
deFazio, Anna
-
Dennis, Joe
-
Diez, Orland
-
Domchek, Susan M
-
Dörk, Thilo
-
Easton, Douglas ...
-
Eccles, Diana M
-
Fasching, Peter ...
-
Fortner, Renée T
-
Fountzilas, Geor ...
-
Friedman, Eitan
-
Ganz, Patricia A
-
Garber, Judy
-
Giles, Graham G
-
Godwin, Andrew K
-
Goldgar, David E
-
Goodman, Marc T
-
Greene, Mark H
-
Gronwald, Jacek
-
Hamann, Ute
-
Heitz, Florian
-
Hildebrandt, Mic ...
-
Høgdall, Claus K
-
Hollestelle, Ant ...
-
Hulick, Peter J
-
Huntsman, David ...
-
Imyanitov, Evgen ...
-
Isaacs, Claudine
-
Jakubowska, Anna
-
James, Paul
-
Karlan, Beth Y
-
Kelemen, Linda E
-
Kiemeney, Lamber ...
-
Kjaer, Susanne K
-
Kwong, Ava
-
Le, Nhu D
-
Leslie, Goska
-
Lesueur, Fabienn ...
-
Levine, Douglas ...
-
Mattiello, Amali ...
-
May, Taymaa
-
McGuffog, Lesley
-
McNeish, Iain A
-
Merritt, Melissa ...
-
Modugno, Frances ...
-
Montagna, Marco
-
Neuhausen, Susan ...
-
Nevanlinna, Heli
-
Nielsen, Finn C
-
Nikitina-Zake, L ...
-
Nussbaum, Robert ...
-
Offit, Kenneth
-
Olah, Edith
-
Olopade, Olufunm ...
-
Olsson, Håkan
-
Osorio, Ana
-
Park, Sue K
-
Parsons, Michael ...
-
Peeters, Petra H ...
-
Pejovic, Tanja
-
Peterlongo, Paol ...
-
Phelan, Catherin ...
-
Pujana, Miquel A ...
-
Ramus, Susan J
-
Rennert, Gad
-
Risch, Harvey
-
Rodriguez, Gusta ...
-
Rodríguez-Antona ...
-
Romieu, Isabelle
-
Rookus, Matti A
-
Rossing, Mary An ...
-
Rzepecka, Iwona ...
-
Sandler, Dale P
-
Schmutzler, Rita ...
-
Setiawan, Veroni ...
-
Sharma, Priyanka
-
Sieh, Weiva
-
Simard, Jacques
-
Singer, Christia ...
-
Song, Honglin
-
Southey, Melissa ...
-
Spurdle, Amanda ...
-
Sutphen, Rebecca
-
Swerdlow, Anthon ...
-
Teixeira, Manuel ...
-
Teo, Soo H
-
Thomassen, Mads
-
Tischkowitz, Mar ...
-
Toland, Amanda E
-
Trichopoulou, An ...
-
Tung, Nadine
-
Tworoger, Shelle ...
-
van Rensburg, El ...
-
Vanderstichele, ...
-
Vega, Ana
-
Edwards, Digna V ...
-
Webb, Penelope M
-
Weitzel, Jeffrey ...
-
Wentzensen, Nico ...
-
White, Emily
-
Wolk, Alicja
-
Wu, Anna H
-
Yannoukakos, Dra ...
-
Zorn, Kristin K
-
Gayther, Simon A
-
Antoniou, Antoni ...
-
Berchuck, Andrew
-
Goode, Ellen L
-
Chenevix-Trench, ...
-
Sellers, Thomas ...
-
Pharoah, Paul D ...
-
Zheng, Wei
-
Long, Jirong
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Klinisk medicin
-
och Cancer och onkol ...
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Klinisk medicin
-
och Kirurgi
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Medicinska och f ...
-
och Medicinsk geneti ...
- Artiklar i publikationen
-
Cancer Research
- Av lärosätet
-
Uppsala universitet
-
Karolinska Institutet
-
Lunds universitet