SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

WFRF:(Lindquist Kajsa Ericson)
 

Sökning: WFRF:(Lindquist Kajsa Ericson) > (2015-2019) > A combined gene exp...

A combined gene expression tool for parallel histological prediction and gene fusion detection in non-small cell lung cancer

Karlsson, Anna (författare)
Lund University,Lunds universitet,Forskningsgrupp Lungcancer,Forskargrupper vid Lunds universitet,Research Group Lung Cancer,Lund University Research Groups
Cirenajwis, Helena (författare)
Lund University,Lunds universitet,Melanoma Genomics,Forskargrupper vid Lunds universitet,Lund University Research Groups
Ericson-Lindquist, Kajsa (författare)
Lund University,Lunds universitet,Tumörmikromiljö,Sektion I,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,Tumor microenvironment,Section I,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine,Regional Laboratories Region Skåne
visa fler...
Brunnström, Hans (författare)
Lund University,Lunds universitet,Förbättrad diagnostik och prognostik vid lungcancer och metastaser till lunga,Forskargrupper vid Lunds universitet,Improved diagnostics and prognostics of lung cancer and metastases to the lungs,Lund University Research Groups,Regional Laboratories Region Skåne
Reuterswärd, Christel (författare)
Lund University,Lunds universitet,Forskningsgrupp Lungcancer,Forskargrupper vid Lunds universitet,Research Group Lung Cancer,Lund University Research Groups
Jönsson, Mats (författare)
Lund University,Lunds universitet,Forskningsgrupp Lungcancer,Forskargrupper vid Lunds universitet,Research Group Lung Cancer,Lund University Research Groups
Ortiz-Villalon, Cristian (författare)
Karolinska Institutet,Karolinska Univ Hosp, Dept Pathol, Stockholm, Sweden,Karolinska University Hospital
Hussein, Aziz (författare)
Sahlgrens Univ Hosp, Dept Pathol & Cytol, Gothenburg, Sweden,Department of Pathology and cytology, Sahlgrenska university hospital, Gothenburg, Sweden
Bergman, Bengt (författare)
Sahlgrens Univ Hosp, Dept Resp Med, Gothenburg, Sweden,Department of Respiratory Medicine, Sahlgrenska University Hospital, Gothenburg, Sweden
Vikström, Anders, 1955- (författare)
Linköpings universitet,Institutionen för klinisk och experimentell medicin,Medicinska fakulteten,Region Östergötland, Lungmedicinska kliniken US,Univ Hosp Linkoping, Dept Pulm Med, Linkoping, Sweden,Linköping University Hospital
Monsef, Nastaran, 1973- (författare)
Linköping University,Linköpings universitet,Avdelning för neurobiologi,Medicinska fakulteten,Region Östergötland, Klinisk patologi,Linkoping Univ, Dept Pathol, Linkoping, Sweden;Linkoping Univ, Dept Clin & Expt Med, Linkoping, Sweden
Brandén, Eva (författare)
Uppsala University,Karolinska Institute,Uppsala universitet,Centrum för klinisk forskning, Gävleborg,Karolinska Inst, Dept Med Solna & CMM, Resp Med Unit, Stockholm, Sweden;Karolinska Univ Hosp Solna, Stockholm, Sweden,Respiratory Medicine Unit, Department of Medicine Solna and CMM, Karolinska Institutet and Karolinska University Hospital Solna, Stockholm, Sweden; Centre for Research and Development, Uppsala University; Region Gävleborg, Gävle, Sweden
Koyi, Hirsh (författare)
Uppsala University,Karolinska Institute,Karolinska Institutet,Uppsala universitet,Centrum för klinisk forskning, Gävleborg,Karolinska Inst, Dept Med Solna & CMM, Resp Med Unit, Stockholm, Sweden;Karolinska Univ Hosp Solna, Stockholm, Sweden,Respiratory Medicine Unit, Department of Medicine Solna and CMM, Karolinska Institutet and Karolinska University Hospital Solna, Stockholm, Sweden; Centre for Research and Development, Uppsala University; Region Gävleborg, Gävle, Sweden
de Petris, Luigi (författare)
Karolinska Institute,Karolinska Institutet,Karolinska Univ Hosp, Thorac Oncol Unit, Stockholm, Sweden;Karolinska Inst, Dept Oncol Pathol, Stockholm, Sweden,Karolinska University Hospital
Micke, Patrick (författare)
Uppsala University,Uppsala universitet,Klinisk och experimentell patologi,Patrick Micke,Department of Immunology, Genetics and Pathology, Uppsala University, Uppsala, Sweden
Patthey, Annika (författare)
Umea Univ Hosp, Dept Pathol, SE-90185 Umea, Sweden,Department of Pathology, Umeå University Hospital, Umeå, Sweden,Norrland University Hospital
Behndig, Annelie F., 1963- (författare)
Umeå University,Umeå universitet,Avdelningen för medicin,Department of Public Health and Clinical Medicine, Division of Medicine, Umeå University, Umeå, Sweden,Umea Univ, Div Med, Dept Publ Hlth & Clin Med, SE-90185 Umea, Sweden
Johansson, Mikael (författare)
Umeå University,Umeå universitet,Onkologi,Department of Radiation Sciences, Oncology, Umeå University, Umeå, Sweden,Umea Univ, Dept Radiat Sci, Oncol, SE-90185 Umea, Sweden
Planck, Maria (författare)
Lund University,Lunds universitet,Forskningsgrupp Lungcancer,Forskargrupper vid Lunds universitet,Research Group Lung Cancer,Lund University Research Groups,Skåne University Hospital
Staaf, Johan (författare)
Lund University,Lunds universitet,Forskningsgrupp Lungcancer,Forskargrupper vid Lunds universitet,Research Group Lung Cancer,Lund University Research Groups
visa färre...
 (creator_code:org_t)
2019-03-26
2019
Engelska.
Ingår i: Scientific Reports. - : NATURE PUBLISHING GROUP. - 2045-2322. ; 9
Relaterad länk:
https://doi.org/10.1...
visa fler...
https://uu.diva-port... (primary) (Raw object)
https://doi.org/10.1...
https://umu.diva-por... (primary) (Raw object)
https://liu.diva-por... (primary) (Raw object)
http://dx.doi.org/10... (free)
https://urn.kb.se/re...
https://doi.org/10.1...
https://urn.kb.se/re...
https://urn.kb.se/re...
http://kipublication...
https://lup.lub.lu.s...
visa färre...
  • Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract Ämnesord
Stäng  
  • Accurate histological classification and identification of fusion genes represent two cornerstones of clinical diagnostics in non-small cell lung cancer (NSCLC). Here, we present a NanoString gene expression platform and a novel platform-independent, single sample predictor (SSP) of NSCLC histology for combined, simultaneous, histological classification and fusion gene detection in minimal formalin fixed paraffin embedded (FFPE) tissue. The SSP was developed in 68 NSCLC tumors of adenocarcinoma (AC), squamous cell carcinoma (SqCC) and large-cell neuroendocrine carcinoma (LCNEC) histology, based on NanoString expression of 11 (CHGA, SYP, CD56, SFTPG, NAPSA, TTF-1, TP73L, KRT6A, KRT5, KRT40, KRT16) relevant genes for IHC-based NSCLC histology classification. The SSP was combined with a gene fusion detection module (analyzing ALK, RET, ROS1, MET, NRG1, and NTRK1) into a multicomponent NanoString assay. The histological SSP was validated in six cohorts varying in size (n = 11-199), tissue origin (early or advanced disease), histological composition (including undifferentiated cancer), and gene expression platform. Fusion gene detection revealed five EML4-ALK fusions, four KIF5B-RET fusions, two CD74-NRG1 fusion and three MET exon 14 skipping events among 131 tested cases. The histological SSP was successfully trained and tested in the development cohort (mean AUC = 0.96 in iterated test sets). The SSP proved successful in predicting histology of NSCLC tumors of well-defined subgroups and difficult undifferentiated morphology irrespective of gene expression data platform. Discrepancies between gene expression prediction and histologic diagnosis included cases with mixed histologies, true large cell carcinomas, or poorly differentiated adenocarcinomas with mucin expression. In summary, we present a proof-of-concept multicomponent assay for parallel histological classification and multiplexed fusion gene detection in archival tissue, including a novel platform-independent histological SSP classifier. The assay and SSP could serve as a promising complement in the routine evaluation of diagnostic lung cancer biopsies.

Ämnesord

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP  -- Klinisk medicin -- Cancer och onkologi (hsv//swe)
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES  -- Clinical Medicine -- Cancer and Oncology (hsv//eng)
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP  -- Klinisk medicin -- Klinisk laboratoriemedicin (hsv//swe)
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES  -- Clinical Medicine -- Clinical Laboratory Medicine (hsv//eng)
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP  -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Medicinsk genetik (hsv//swe)
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES  -- Basic Medicine -- Medical Genetics (hsv//eng)

Nyckelord

Pathology
Patologi

Publikations- och innehållstyp

ref (ämneskategori)
art (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy