SwePub
Tyck till om SwePub Sök här!
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

WFRF:(Shiina Takashi)
 

Sökning: WFRF:(Shiina Takashi) > Quality control pro...

Quality control project of NGS HLA genotyping for the 17th International HLA and Immunogenetics Workshop

Osoegawa, Kazutoyo (författare)
Stanford Blood Ctr, Histocompatibil Immunogenet & Dis Profiling Lab, 3155 Porter Dr, Palo Alto, CA 94304 USA
Vayntrub, Tamara A. (författare)
Stanford Blood Ctr, Histocompatibil Immunogenet & Dis Profiling Lab, 3155 Porter Dr, Palo Alto, CA 94304 USA
Wenda, Sabine (författare)
Med Univ Vienna, Dept Blood Grp Serol & Transfus Med, Vienna, Austria
visa fler...
De Santis, Dianne (författare)
Fiona Stanley Hosp, PathWest, Murdoch, WA, Australia
Barsakis, Konstantinos (författare)
Univ Crete, Biol Dept, Iraklion, Greece;Stanford Univ, Dept Pathol, Sch Med, Stanford, CA 94305 USA
Ivanova, Milena (författare)
Alexandrovska Hosp, Sofia, Bulgaria
Hsu, Susan (författare)
Amer Red Cross, Histocompatibil Mol Genet, Philadelphia, PA USA
Barone, Jonathan g (författare)
Amer Red Cross, Histocompatibil Mol Genet, Philadelphia, PA USA
Holdsworth, Rhonda (författare)
Australian Red Cross Blood Serv, Melbourne, Vic, Australia
Diviney, Mary (författare)
Australian Red Cross Blood Serv, Melbourne, Vic, Australia
Askar, Medhat (författare)
Baylor Univ, Med Ctr, Dallas, TX USA
Willis, Amanda (författare)
Baylor Univ, Med Ctr, Dallas, TX USA
Railton, Dawn (författare)
Cambridge Univ Hosp NHS Fdn Trust, Cambridge, England
Laflin, Sophie (författare)
Cambridge Univ Hosp NHS Fdn Trust, Cambridge, England
Gendzekhadze, Ketevan (författare)
City Hope Natl Med Ctr, 1500 E Duarte Rd, Duarte, CA 91010 USA
Oki, Arisa (författare)
City Hope Natl Med Ctr, 1500 E Duarte Rd, Duarte, CA 91010 USA
Sacchi, Nicoletta (författare)
Ente Osped Osped Galliera, Genoa, Italy
Mazzocco, Michela (författare)
Ente Osped Osped Galliera, Genoa, Italy
Andreani, Marco (författare)
Ist Mediterraneo Ematol, Fdn IME, Rome, Italy
Ameen, Reem (författare)
Kuwait Univ, Hlth Sci Ctr, Jabriya, Kuwait
Stavropoulos-Giokas, Catherine (författare)
Dinou, Amalia (författare)
Hellen Cord Blood Bank, Athens, Greece
Torres, Margareth (författare)
Hosp Albert Einstein, Sao Paulo, Brazil
Francisco, Rodrigo dos Santos (författare)
Hosp Albert Einstein, Sao Paulo, Brazil
Serra-Pages, Caries (författare)
Hosp Clin Barcelona, Ctr Diagonost Biomed, Barcelona, Spain
Goodridge, Damian (författare)
Hosp Clin Barcelona, Ctr Diagonost Biomed, Barcelona, Spain
Balladares, Sandra (författare)
Illumina Inc, San Diego, CA USA
Bettinotti, Maria P. (författare)
Illumina Inc, San Diego, CA USA
Iglehart, Brian (författare)
Johns Hopkins Univ, Sch Med, Baltimore, MD USA
Kashi, Zahra (författare)
Johns Hopkins Univ, Sch Med, Baltimore, MD USA
Martin, Russell (författare)
Kashi Clin Labs Inc, Portland, OR USA
Saw, Chee Loong (författare)
Kashi Clin Labs Inc, Portland, OR USA
Ragoussis, Jiannis (författare)
McGill Univ, Hlth Ctr, Montreal, PQ, Canada
Downing, Jonathan (författare)
McGill Univ, Hlth Ctr, Montreal, PQ, Canada
Navarrete, Cristina (författare)
Epsom, New Zealand Blood Serv, Auckland, New Zealand
Chong, Winnie (författare)
Natl H&I Serv Dev Lab NHS Blood & Transplant, London, England
Saito, Katsuyuki (författare)
Thermo Fisher Sci, One Lambda, Canoga Pk, CA USA
Petrek, Martin (författare)
Tokic, Stana (författare)
Palacky Univ, Fac Med & Dent, Olomouc, Czech Republic
Padros, Karin (författare)
CABA, Fd Favaloro, Primer Ctr Argentina Immunogenet PRICAI, Mexico City, DF, Mexico
Rodriguez, Ma Beatriz (författare)
CABA, Fd Favaloro, Primer Ctr Argentina Immunogenet PRICAI, Mexico City, DF, Mexico
Zakharovaa, Viktoria (författare)
Rogachev Fed Res Ctr Pediat Hematol Oncol & Immun, Moscow, Russia
Shragina, Olga (författare)
Rogachev Fed Res Ctr Pediat Hematol Oncol & Immun, Moscow, Russia
Marino, Susana R. (författare)
Univ Chicago Med, Chicago, IL USA
Brown, Nicholas K. (författare)
Univ Chicago Med, Chicago, IL USA
Shiina, Takashi (författare)
Tokai Univ, Sch Med, Kanagawa, Japan
Suzuki, Shingo (författare)
Tokai Univ, Sch Med, Kanagawa, Japan
Spierings, Eric (författare)
Univ Med Ctr Utrecht, Utrecht, Netherlands
Zhang, Qiuheng (författare)
Univ Calif Los Angeles, Immunogenet Ctr, Los Angeles, CA USA
Yin, Yuxin (författare)
Univ Calif Los Angeles, Immunogenet Ctr, Los Angeles, CA USA
Morris, Gerald P. (författare)
Univ Calif San Diego, La Jolla, CA 92093 USA
Hernandez, Ana (författare)
Univ Miami, Miller Sch Med, Coral Gables, FL 33124 USA
Ruiz, Phillip (författare)
Univ Miami, Miller Sch Med, Coral Gables, FL 33124 USA
Khor, Seik-Soon (författare)
Univ Tokyo, Tokyo, Japan
Tokunaga, Katsushi (författare)
Univ Tokyo, Tokyo, Japan
Geretz, Aviva (författare)
Walter Reed Army Inst Res, Silver Spring, MD USA;Henry M Jackson Fdn Adv Mil Med, Bethesda, MD USA
Thomas, Rasmi (författare)
Walter Reed Army Inst Res, Silver Spring, MD USA;Henry M Jackson Fdn Adv Mil Med, Bethesda, MD USA
Yamamoto, Fumiko (författare)
Stanford Blood Ctr, Histocompatibil Immunogenet & Dis Profiling Lab, 3155 Porter Dr, Palo Alto, CA 94304 USA
Mallempati, Kalyan C. (författare)
Stanford Blood Ctr, Histocompatibil Immunogenet & Dis Profiling Lab, 3155 Porter Dr, Palo Alto, CA 94304 USA
Gangavarapu, Sridevi (författare)
Stanford Blood Ctr, Histocompatibil Immunogenet & Dis Profiling Lab, 3155 Porter Dr, Palo Alto, CA 94304 USA
Kanga, Uma (författare)
All India Inst Med Sci, New Delhi, India
Tyagi, Shweta (författare)
All India Inst Med Sci, New Delhi, India
Marsh, Steven G. E. (författare)
Anthony Nolan Res Inst, Royal Free Campus, London, England;UCL, Canc Inst, Royal Free Campus, London, England
Bultitude, Will P. (författare)
Anthony Nolan Res Inst, Royal Free Campus, London, England;UCL, Canc Inst, Royal Free Campus, London, England
Liu, Xiangjun (författare)
Bo Fu Rui BFR Transplant Diagnost, Beijing, Peoples R China
Cao, Dajiang (författare)
Bo Fu Rui BFR Transplant Diagnost, Beijing, Peoples R China
Penning, Maarten (författare)
GenDx, Utrecht, Netherlands
Hurley, Carolyn K. (författare)
Georgetown Univ, Med Ctr, Washington, DC 20007 USA
Cesbron, Anne (författare)
Histocompatibil & Immunogenet Lab, Nantes, France
Mueller, Claudia (författare)
Univ Tubingen, Transplantat & Immunol, Tubingen, Germany
Mytilineos, Joannis (författare)
Transplantat Immunol, Ulm, Germany
Weimer, Eric T. (författare)
Univ N Carolina, Sch Med, Dept Pathol & Lab Med, Chapel Hill, NC 27515 USA
Bengtsson, Mats (författare)
Uppsala universitet,Klinisk immunologi
Fischer, Gottfried (författare)
Med Univ Vienna, Dept Blood Grp Serol & Transfus Med, Vienna, Austria
Hansen, John A. (författare)
Fred Hutchinson Canc Res Ctr, Div Clin Res, Seattle, WA USA;Univ Washington, Dept Pediat, Sch Med, Seattle, WA 98195 USA
Chang, Chia-Jung (författare)
Stanford Genome Technol Ctr, Palo Alto, CA USA
Mack, Steven J. (författare)
Childrens Hosp Oakland Res Inst, Ctr Genet, Oakland, CA USA
Creary, Lisa E. (författare)
Fernandez-Vina, Marcelo A. (författare)
McGill Univ, Dept Human Genet, Montreal, PQ, Canada
visa färre...
 (creator_code:org_t)
ELSEVIER SCIENCE INC, 2019
2019
Engelska.
Ingår i: Human Immunology. - : ELSEVIER SCIENCE INC. - 0198-8859 .- 1879-1166. ; 80:4, s. 228-236
  • Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract Ämnesord
Stäng  
  • The 17th International HLA and Immunogenetics Workshop (IHIW) organizers conducted a Pilot Study (PS) in which 13 laboratories (15 groups) participated to assess the performance of the various sequencing library preparation protocols, NGS platforms and software in use prior to the workshop. The organizers sent 50 cell lines to each of the 15 groups, scored the 15 independently generated sets of NGS HLA genotyping data, and generated "consensus" HLA genotypes for each of the 50 cell lines. Proficiency Testing (PT) was subsequently organized using four sets of 24 cell lines, selected from 48 of 50 PS cell lines, to validate the quality of NGS HLA typing data from the 34 participating IHIW laboratories. Completion of the PT program with a minimum score of 95% concordance at the HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-DRB1 and HLA-DQB1 loci satisfied the requirements to submit NGS HLA typing data for the 17th IHIW projects. Together, these PS and PT efforts constituted the 17th IHIW Quality Control project. Overall PT concordance rates for HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-DPA1, HLA-DPB1, HLA-DQA1, HLA-DQB1, HLA-DRB1, HLA-DRB3, HLA-DRB4 and HLA-DRB5 were 98.1%, 97.0% and 98.1%, 99.0%, 98.6%, 98.8%, 97.6%, 96.0%, 99.1%, 90.0% and 91.7%, respectively. Across all loci, the majority of the discordance was due to allele dropout. The high cost of NGS HLA genotyping per experiment likely prevented the retyping of initially failed HLA loci. Despite the high HLA genotype concordance rates of the software, there remains room for improvement in the assembly of more accurate consensus DNA sequences by NGS HLA genotyping software.

Ämnesord

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP  -- Klinisk medicin -- Endokrinologi och diabetes (hsv//swe)
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES  -- Clinical Medicine -- Endocrinology and Diabetes (hsv//eng)

Nyckelord

NGS HLA typing
Proficiency testing
Reference cell panel
Quality control

Publikations- och innehållstyp

ref (ämneskategori)
art (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...
Osoegawa, Kazuto ...
Vayntrub, Tamara ...
Wenda, Sabine
De Santis, Diann ...
Barsakis, Konsta ...
Ivanova, Milena
visa fler...
Hsu, Susan
Barone, Jonathan ...
Holdsworth, Rhon ...
Diviney, Mary
Askar, Medhat
Willis, Amanda
Railton, Dawn
Laflin, Sophie
Gendzekhadze, Ke ...
Oki, Arisa
Sacchi, Nicolett ...
Mazzocco, Michel ...
Andreani, Marco
Ameen, Reem
Stavropoulos-Gio ...
Dinou, Amalia
Torres, Margaret ...
Francisco, Rodri ...
Serra-Pages, Car ...
Goodridge, Damia ...
Balladares, Sand ...
Bettinotti, Mari ...
Iglehart, Brian
Kashi, Zahra
Martin, Russell
Saw, Chee Loong
Ragoussis, Jiann ...
Downing, Jonatha ...
Navarrete, Crist ...
Chong, Winnie
Saito, Katsuyuki
Petrek, Martin
Tokic, Stana
Padros, Karin
Rodriguez, Ma Be ...
Zakharovaa, Vikt ...
Shragina, Olga
Marino, Susana R ...
Brown, Nicholas ...
Shiina, Takashi
Suzuki, Shingo
Spierings, Eric
Zhang, Qiuheng
Yin, Yuxin
Morris, Gerald P ...
Hernandez, Ana
Ruiz, Phillip
Khor, Seik-Soon
Tokunaga, Katsus ...
Geretz, Aviva
Thomas, Rasmi
Yamamoto, Fumiko
Mallempati, Kaly ...
Gangavarapu, Sri ...
Kanga, Uma
Tyagi, Shweta
Marsh, Steven G. ...
Bultitude, Will ...
Liu, Xiangjun
Cao, Dajiang
Penning, Maarten
Hurley, Carolyn ...
Cesbron, Anne
Mueller, Claudia
Mytilineos, Joan ...
Weimer, Eric T.
Bengtsson, Mats
Fischer, Gottfri ...
Hansen, John A.
Chang, Chia-Jung
Mack, Steven J.
Creary, Lisa E.
Fernandez-Vina, ...
visa färre...
Om ämnet
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
MEDICIN OCH HÄLS ...
och Klinisk medicin
och Endokrinologi oc ...
Artiklar i publikationen
Human Immunology
Av lärosätet
Uppsala universitet

Sök utanför SwePub

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy