id:"swepub:oai:DiVA.org:uu-396099"
Sökning: id:"swepub:oai:DiVA.org:uu-396099" > Optimization of a f...
- 1 av 1
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
- Kim, ChangilUppsala universitet,Institutionen för cell- och molekylärbiologi (författare)
Optimization of a fluorescent-mRNA based real-time assay for precise kinetic measurements of ribosomal translocation
- Artikel/kapitelEngelska2021
Förlag, utgivningsår, omfång ...
- 2021-05-03
- Informa UK Limited,2021
- electronicrdacarrier
Nummerbeteckningar
- LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:uu-396099
- https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-396099URI
- https://doi.org/10.1080/15476286.2021.1913312DOI
Kompletterande språkuppgifter
- Språk:engelska
- Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
- SwePubSwePub
Klassifikation
Anmärkningar
- Authors in thesis list of papers: Kim, C., Holm, M., Sanyal, S.
- Kinetic characterization of ribosomal translocation is important for understanding the mechanism of elongation in protein synthesis. Here we have optimized a popular fluorescent-mRNA based translocation assay conducted in stopped-flow, by calibrating it with the functional tripeptide formation assay in quench-flow. We found that a fluorescently labelled mRNA, ten bases long from position +1 (mRNA+10), is best suited for both assays as it forms tripeptide at a fast rate equivalent to the longer mRNAs, and yet produces a large fluorescence change upon mRNA movement. Next, we compared the commonly used peptidyl tRNA analog, N-acetyl-Phe-tRNAPhe, with the natural dipeptidyl fMet-Phe-tRNAPhe in the stopped-flow assay. This analog translocates about two times slower than the natural dipeptidyl tRNA and produces biphasic kinetics. The rates reduce further at lower temperatures and with higher Mg2+ concentration, but improve with higher elongation factor G (EF-G) concentration, which increase both rate and amplitude of the fast phase significantly. In summary, we present here an improved real time assay for monitoring mRNA-translocation with the natural- and an N-Ac-analog of dipeptidyl tRNA.
Ämnesord och genrebeteckningar
- NATURVETENSKAP Biologi Biokemi och molekylärbiologi hsv//swe
- NATURAL SCIENCES Biological Sciences Biochemistry and Molecular Biology hsv//eng
- Ribosome
- protein synthesis
- translocation
- pyrene mRNA
- N-acetyl Phe-tRNA
- EF-G
- GTP hydrolysis
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
- Holm, Mikael,1984-Uppsala universitet,Institutionen för cell- och molekylärbiologi(Swepub:uu)mikho346 (författare)
- Mandava, Chandra Sekhar,1978-Uppsala universitet,Molekylärbiologi(Swepub:uu)chsma839 (författare)
- Sanyal, SuparnaUppsala universitet,Molekylärbiologi(Swepub:uu)sucsa102 (författare)
- Uppsala universitetInstitutionen för cell- och molekylärbiologi (creator_code:org_t)
Sammanhörande titlar
- Ingår i:RNA Biology: Informa UK Limited18:12, s. 2363-23751547-62861555-8584
Internetlänk
- https://doi.org/10.1080/15476286.2021.1913312Fulltext
- https://uu.diva-portal.org/smash/get/diva2:1366675/FULLTEXT01.pdffulltext:print
- https://www.tandfonline.com/doi/pdf/10.1080/15476286.2021.1913312?needAccess=true
- https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-396099
- https://doi.org/10.1080/15476286.2021.1913312
- 1 av 1
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
Hitta mer i SwePub
- Av författaren/redakt...
- Kim, Changil
- Holm, Mikael, 19 ...
- Mandava, Chandra ...
- Sanyal, Suparna
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
- NATURVETENSKAP
- och Biologi
- och Biokemi och mole ...
- Artiklar i publikationen
- RNA Biology
- Av lärosätet
- Uppsala universitet
Sök utanför SwePub
- Sök vidare i:
- Google Book Search
- Google Scholar
Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.
- Copyright © LIBRIS - Nationella bibliotekssystem
- LIBRIS.kb.se
