WFRF:(Guy Lionel PhD Docent 1980 )
Sökning: WFRF:(Guy Lionel PhD Docent 1980 ) > miComplete :
- Hugoson, EricUppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Max Planck Institute for Evolutionary Biology, Germany (författare)
miComplete : weighted quality evaluation of assembled microbial genomes
- Artikel/kapitelEngelska2020
Förlag, utgivningsår, omfång ...
- 2019-08-22
- Oxford University Press (OUP),2020
- electronicrdacarrier
Nummerbeteckningar
- LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:uu-396617
- https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-396617URI
- https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz664DOI
Kompletterande språkuppgifter
- Språk:engelska
- Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
- SwePubSwePub
Klassifikation
Anmärkningar
- SUMMARY: Metagenomics and single-cell genomics have revolutionized the study of microorganisms, increasing our knowledge of microbial genomic diversity by orders of magnitude. A major issue pertaining to metagenome-assembled genomes (MAGs) and single-cell amplified genomes (SAGs) is to estimate their completeness and redundancy. Most approaches rely on counting conserved gene markers. In miComplete, we introduce a weighting strategy, where we normalize the presence/absence of markers by their median distance to the next marker in a set of complete reference genomes. This approach alleviates biases introduced by the presence/absence of shorter DNA pieces containing many markers, e.g. ribosomal protein operons.AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION: miComplete is written in Python 3 and released under GPLv3. Source code and documentation are available at https://bitbucket.org/evolegiolab/micomplete.SUPPLEMENTARY INFORMATION: Supplementary data are available at Bioinformatics online.
Ämnesord och genrebeteckningar
- NATURVETENSKAP Data- och informationsvetenskap Bioinformatik hsv//swe
- NATURAL SCIENCES Computer and Information Sciences Bioinformatics hsv//eng
- Biologi med inriktning mot molekylär evolution
- Biology with specialization in Molecular Evolution
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
- Lam, Wai TinMax Planck Institute for Evolutionary Biology, Germany (författare)
- Guy, Lionel,PhD, Docent,1980-Uppsala universitet,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi(Swepub:uu)liogu139 (författare)
- Uppsala universitetInstitutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi (creator_code:org_t)
Sammanhörande titlar
- Ingår i:Bioinformatics: Oxford University Press (OUP)36:3, s. 936-9371367-48031367-4811
Internetlänk
- https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz664Fulltext
- https://uu.diva-portal.org/smash/get/diva2:1368515/FULLTEXT01.pdffulltext:print
- https://academic.oup.com/bioinformatics/article-pdf/36/3/936/32369887/btz664.pdf
- https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-396617
- https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz664
Hitta mer i SwePub
- Av författaren/redakt...
- Hugoson, Eric
- Lam, Wai Tin
- Guy, Lionel, PhD ...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
- NATURVETENSKAP
- och Data och informa ...
- och Bioinformatik
- Artiklar i publikationen
- Bioinformatics
- Av lärosätet
- Uppsala universitet
Sök utanför SwePub
- Sök vidare i:
- Google Book Search
- Google Scholar
Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.
- Copyright © LIBRIS - Nationella bibliotekssystem
- LIBRIS.kb.se
