Sökning: id:"swepub:oai:DiVA.org:uu-396775" >
A chromosome-level ...
-
Pettersson, MatsUppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
(författare)
A chromosome-level assembly of the Atlantic herring : detection of a supergene and other signals of selection
- Artikel/kapitelEngelska2019
Förlag, utgivningsår, omfång ...
-
2019-10-24
-
Cold Spring Harbor Laboratory Press (CSHL),2019
-
electronicrdacarrier
Nummerbeteckningar
-
LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:uu-396775
-
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-396775URI
-
https://doi.org/10.1101/gr.253435.119DOI
Kompletterande språkuppgifter
-
Språk:engelska
-
Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
Klassifikation
-
Ämneskategori:ref swepub-contenttype
-
Ämneskategori:art swepub-publicationtype
Anmärkningar
-
The Atlantic herring is a model species for exploring the genetic basis for ecological adaptation, due to its huge population size and extremely low genetic differentiation at selectively neutral loci. However, such studies have so far been hampered because of a highly fragmented genome assembly. Here, we deliver a chromosome-level genome assembly based on a hybrid approach combining a de novo Pacific Biosciences (PacBio) assembly with Hi-C-supported scaffolding. The assembly comprises 26 autosomes with sizes ranging from 12.4 to 33.1 Mb and a total size, in chromosomes, of 726 Mb, which has been corroborated by a high-resolution linkage map. A comparison between the herring genome assembly with other high-quality assemblies from bony fishes revealed few inter-chromosomal but frequent intra-chromosomal rearrangements. The improved assembly facilitates analysis of previously intractable large-scale structural variation, allowing, for example, the detection of a 7.8-Mb inversion on Chromosome 12 underlying ecological adaptation. This supergene shows strong genetic differentiation between populations. The chromosome-based assembly also markedly improves the interpretation of previously detected signals of selection, allowing us to reveal hundreds of independent loci associated with ecological adaptation.
Ämnesord och genrebeteckningar
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
-
Rochus, Christina MarieUppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi
(författare)
-
Han, FanUppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:uu)fanha853
(författare)
-
Chen, JunfengUppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:uu)junch222
(författare)
-
Hill, JasonUppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:uu)jashi759
(författare)
-
Wallerman, OlaUppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:uu)olwal516
(författare)
-
Fan, GuangyiBGI-Qingdao, BGI-Shenzhen, Qingdao 266555, China; State Key Laboratory of Quality Research in Chinese Medicine, Institute of Chinese Medical Sciences, University of Macau, Macao, China
(författare)
-
Hong, XiaoningBGI-Qingdao, BGI-Shenzhen, Qingdao 266555, China; BGI Education Center, University of Chinese Academy of Sciences, Shenzhen 518083, China
(författare)
-
Xu, QiwuBGI-Qingdao, BGI-Shenzhen, Qingdao 266555, China
(författare)
-
Zhang, HeBGI-Qingdao, BGI-Shenzhen, Qingdao 266555, China
(författare)
-
Liu, ShanshanBGI-Qingdao, BGI-Shenzhen, Qingdao 266555, China
(författare)
-
Liu, XinBGI-Qingdao, BGI-Shenzhen, Qingdao 266555, China; BGI-Shenzhen, Shenzhen 518083, China; China National GeneBank, BGI-Shenzhen, Shenzhen 518120, China
(författare)
-
Haggerty, LeanneEuropean Molecular Biology Laboratory, European Bioinformatics Institute, Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge CB10 1SD, United Kingdom
(författare)
-
Hunt, TobyEuropean Molecular Biology Laboratory, European Bioinformatics Institute, Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge CB10 1SD, United Kingdom
(författare)
-
Martin, FergalEuropean Molecular Biology Laboratory, European Bioinformatics Institute, Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge CB10 1SD, United Kingdom
(författare)
-
Flicek, PaulEuropean Molecular Biology Laboratory, European Bioinformatics Institute, Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge CB10 1SD, United Kingdom
(författare)
-
Bunikis, IgnasUppsala universitet,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Institutionen för immunologi, genetik och patologi(Swepub:uu)ignbu776
(författare)
-
Folkvord, ArildDepartment of Biological Sciences, University of Bergen, 5020 Bergen, Norway; Institute of Marine Research, 5018 Bergen, Norway
(författare)
-
Andersson, LeifUppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Department of Animal Breeding and Genetics, Swedish University of Agricultural Sciences, SE-75007 Uppsala, Sweden;Department of Veterinary Integrative Biosciences, Texas A&M University, College Station, Texas 77843, USA(Swepub:uu)leand227
(författare)
-
Uppsala universitetInstitutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi
(creator_code:org_t)
Sammanhörande titlar
-
Ingår i:Genome Research: Cold Spring Harbor Laboratory Press (CSHL)29:11, s. 1919-19281088-90511549-5469
Internetlänk
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Pettersson, Mats
-
Rochus, Christin ...
-
Han, Fan
-
Chen, Junfeng
-
Hill, Jason
-
Wallerman, Ola
-
visa fler...
-
Fan, Guangyi
-
Hong, Xiaoning
-
Xu, Qiwu
-
Zhang, He
-
Liu, Shanshan
-
Liu, Xin
-
Haggerty, Leanne
-
Hunt, Toby
-
Martin, Fergal
-
Flicek, Paul
-
Bunikis, Ignas
-
Folkvord, Arild
-
Andersson, Leif
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Genetik
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Evolutionsbiolog ...
- Artiklar i publikationen
-
Genome Research
- Av lärosätet
-
Uppsala universitet