Sökning: WFRF:(Gudmundsson Sanna) >
Amplification-free ...
Amplification-free long-read sequencing reveals unforeseen CRISPR-Cas9 off-target activity
-
- Höijer, Ida (författare)
- Uppsala universitet,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Medicinsk genetik och genomik
-
- Johansson, Josefin (författare)
- Uppsala universitet,Medicinsk genetik och genomik,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
- Gudmundsson, Sanna, 1989- (författare)
- Uppsala universitet,Medicinsk genetik och genomik,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Program in Medical and Population Genetics, Broad Institute of Massachusetts Institute of Technology and Harvard, Cambridge, MA, USA; Division of Genetics and Genomics, Boston Children’s Hospital, Boston, MA, USA
-
visa fler...
-
Chin, Chen-Shan (författare)
-
- Bunikis, Ignas (författare)
- Uppsala universitet,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Institutionen för immunologi, genetik och patologi
-
- Häggqvist, Susana (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för immunologi, genetik och patologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
- Emmanouilidou, Anastasia (författare)
- Uppsala universitet,Medicinsk genetik och genomik,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
- Wilbe, Maria (författare)
- Uppsala universitet,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Medicinsk genetik och genomik
-
- den Hoed, Marcel, 1980- (författare)
- Uppsala universitet,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Medicinsk genetik och genomik
-
- Bondeson, Marie-Louise, 1960- (författare)
- Uppsala universitet,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Medicinsk genetik och genomik
-
- Feuk, Lars (författare)
- Uppsala universitet,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Medicinsk genetik och genomik
-
- Gyllensten, Ulf (författare)
- Uppsala universitet,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Medicinsk genetik och genomik
-
- Ameur, Adam (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för immunologi, genetik och patologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Department of Epidemiology and Preventive Medicine, Monash University, Melbourne, Australia
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- 2020-12-01
- 2020
- Engelska.
-
Ingår i: Genome Biology. - : Springer Science and Business Media LLC. - 1465-6906 .- 1474-760X. ; 21:1
- Relaterad länk:
-
https://doi.org/10.1...
-
visa fler...
-
https://uu.diva-port... (primary) (Raw object)
-
https://genomebiolog...
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://doi.org/10.1...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- BACKGROUND: One ongoing concern about CRISPR-Cas9 genome editing is that unspecific guide RNA (gRNA) binding may induce off-target mutations. However, accurate prediction of CRISPR-Cas9 off-target activity is challenging. Here, we present SMRT-OTS and Nano-OTS, two novel, amplification-free, long-read sequencing protocols for detection of gRNA-driven digestion of genomic DNA by Cas9 in vitro.RESULTS: The methods are assessed using the human cell line HEK293, re-sequenced at 18x coverage using highly accurate HiFi SMRT reads. SMRT-OTS and Nano-OTS are first applied to three different gRNAs targeting HEK293 genomic DNA, resulting in a set of 55 high-confidence gRNA cleavage sites identified by both methods. Twenty-five of these sites are not reported by off-target prediction software, either because they contain four or more single nucleotide mismatches or insertion/deletion mismatches, as compared with the human reference. Additional experiments reveal that 85% of Cas9 cleavage sites are also found by other in vitro-based methods and that on- and off-target sites are detectable in gene bodies where short-reads fail to uniquely align. Even though SMRT-OTS and Nano-OTS identify several sites with previously validated off-target editing activity in cells, our own CRISPR-Cas9 editing experiments in human fibroblasts do not give rise to detectable off-target mutations at the in vitro-predicted sites. However, indel and structural variation events are enriched at the on-target sites.CONCLUSIONS: Amplification-free long-read sequencing reveals Cas9 cleavage sites in vitro that would have been difficult to predict using computational tools, including in dark genomic regions inaccessible by short-read sequencing.
Ämnesord
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Cell- och molekylärbiologi (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Basic Medicine -- Cell and Molecular Biology (hsv//eng)
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Medicinsk genetik (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Basic Medicine -- Medical Genetics (hsv//eng)
Nyckelord
- CRISPR-Cas9
- Long-read sequencing
- Nano-OTS
- Nanopore sequencing
- Off-target
- On-target
- PacBio sequencing
- SMRT-OTS
- Single molecule sequencing
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Höijer, Ida
-
Johansson, Josef ...
-
Gudmundsson, San ...
-
Chin, Chen-Shan
-
Bunikis, Ignas
-
Häggqvist, Susan ...
-
visa fler...
-
Emmanouilidou, A ...
-
Wilbe, Maria
-
den Hoed, Marcel ...
-
Bondeson, Marie- ...
-
Feuk, Lars
-
Gyllensten, Ulf
-
Ameur, Adam
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Medicinska och f ...
-
och Cell och molekyl ...
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Medicinska och f ...
-
och Medicinsk geneti ...
- Artiklar i publikationen
-
Genome Biology
- Av lärosätet
-
Uppsala universitet