SwePub
Tyck till om SwePub Sök här!
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

WFRF:(Lindahl Johanna)
 

Sökning: WFRF:(Lindahl Johanna) > Sharing Data from M...

Sharing Data from Molecular Simulations

Abraham, Mark James (författare)
KTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
Apostolov, Rossen (författare)
KTH,Parallelldatorcentrum, PDC
Barnoud, Jonathan (författare)
Univ Groningen, NL-9712 CP Groningen, Netherlands.;Univ Bristol, Intangible Real Lab, Bristol, Avon, England.
visa fler...
Bauer, Paul (författare)
KTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
Blau, Christian (författare)
KTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
Bonvin, Alexandre M. J. J. (författare)
Univ Utrecht, Bijvoet Ctr, Fac Sci, Utrecht, Netherlands.
Chavent, Matthieu (författare)
Univ Paul Sabatier, IPBS, F-31062 Toulouse, France.
Chodera, John (författare)
Mem Sloan Kettering Canc Ctr, Sloan Kettering Inst, Computat & Syst Biol Program, New York, NY 10065 USA.
Condic-Jurkic, Karmen (författare)
Mem Sloan Kettering Canc Ctr, Sloan Kettering Inst, Computat & Syst Biol Program, New York, NY 10065 USA.;Open Force Field Consortium, La Jolla, CA USA.
Delemotte, Lucie (författare)
KTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
Grubmueller, Helmut (författare)
Max Planck Inst Biophys Chem, D-37077 Gottingen, Germany.
Howard, Rebecca (författare)
Stockholms universitet,KTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Institutionen för biokemi och biofysik,Science for Life Laboratory (SciLifeLab)
Jordan, E. Joseph (författare)
Stockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik,Science for Life Laboratory (SciLifeLab)
Lindahl, Erik, 1972- (författare)
Stockholms universitet,KTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Institutionen för biokemi och biofysik,Science for Life Laboratory (SciLifeLab),KTH Royal Institute of Technology, Sweden
Ollila, O. H. Samuli (författare)
Univ Helsinki, Inst Biotechnol, SF-00100 Helsinki, Finland.
Selent, Jana (författare)
Pompeu Fabra Univ, Hosp del Mar Med Res Inst IMIM, Res Programme Biomed Informat, Barcelona 08002, Spain.;Pompeu Fabra Univ, Dept Expt & Hlth Sci, Barcelona 08002, Spain.
Smith, Daniel G. A. (författare)
Mol Sci Software Inst, Blacksburg, VA 24060 USA.
Stansfeld, Phillip J. (författare)
Univ Oxford, Dept Biochem, Oxford OX1 2JD, England.;Univ Warwick, Sch Life Sci, Coventry CV4 7AL, W Midlands, England.;Univ Warwick, Dept Chem, Coventry CV4 7AL, W Midlands, England.
Tiemann, Johanna K. S. (författare)
Univ Leipzig, Fac Med, Inst Med Phys & Biophys, D-04107 Leipzig, Germany.
Trellet, Mikael (författare)
Univ Utrecht, Bijvoet Ctr, Fac Sci, Utrecht, Netherlands.
Woods, Christopher (författare)
Univ Bristol, Bristol BS8 1TH, Avon, England.
Zhmurov, Artem (författare)
KTH,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
visa färre...
 (creator_code:org_t)
2019-09-17
2019
Engelska.
Ingår i: Journal of Chemical Information and Modeling. - : AMER CHEMICAL SOC. - 1549-9596 .- 1549-960X. ; 59:10, s. 4093-4099
Relaterad länk:
http://dspace.librar...
visa fler...
https://urn.kb.se/re...
https://doi.org/10.1...
https://urn.kb.se/re...
visa färre...
  • Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract Ämnesord
Stäng  
  • Given the need for modern researchers to produce open, reproducible scientific output, the lack of standards and best practices for sharing data and workflows used to produce and analyze molecular dynamics (MD) simulations has become an important issue in the field. There are now multiple well-established packages to perform molecular dynamics simulations, often highly tuned for exploiting specific classes of hardware, each with strong communities surrounding them, but with very limited interoperability/transferability options. Thus, the choice of the software package often dictates the workflow for both simulation production and analysis. The level of detail in documenting the workflows and analysis code varies greatly in published work, hindering reproducibility of the reported results and the ability for other researchers to build on these studies. An increasing number of researchers are motivated to make their data available, but many challenges remain in order to effectively share and reuse simulation data. To discuss these and other issues related to best practices in the field in general, we organized a workshop in November 2018 (https://bioexcel.eu/events/workshop-on-sharing-data-from-molecular-simulations/). Here, we present a brief overview of this workshop and topics discussed. We hope this effort will spark further conversation in the MD community to pave the way toward more open, interoperable, and reproducible outputs coming from research studies using MD simulations.

Ämnesord

NATURVETENSKAP  -- Data- och informationsvetenskap -- Programvaruteknik (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES  -- Computer and Information Sciences -- Software Engineering (hsv//eng)
NATURVETENSKAP  -- Data- och informationsvetenskap (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES  -- Computer and Information Sciences (hsv//eng)
NATURVETENSKAP  -- Biologi -- Bioinformatik och systembiologi (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES  -- Biological Sciences -- Bioinformatics and Systems Biology (hsv//eng)

Publikations- och innehållstyp

ref (ämneskategori)
art (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy