SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

WFRF:(Waterhouse L.)
 

Sökning: WFRF:(Waterhouse L.) > (2020-2023) > RADSex :

RADSex : A computational workflow to study sex determination using restriction site-associated DNA sequencing data

Feron, Romain (författare)
IINRAE, LPGP, Rennes, France.;Univ Lausanne, Dept Ecol & Evolut, Lausanne, Switzerland.;Swiss Inst Bioinformat, Lausanne, Switzerland.
Pan, Qiaowei (författare)
IINRAE, LPGP, Rennes, France.;Univ Lausanne, Dept Ecol & Evolut, Lausanne, Switzerland.
Wen, Ming (författare)
IINRAE, LPGP, Rennes, France.;Hunan Normal Univ, Coll Life Sci, State Key Lab Dev Biol Freshwater Fish, Changsha, Peoples R China.
visa fler...
Imarazene, Boudjema (författare)
IINRAE, LPGP, Rennes, France.
Jouanno, Elodie (författare)
IINRAE, LPGP, Rennes, France.
Anderson, Jennifer L (författare)
Uppsala universitet,Systematisk biologi,IINRAE, LPGP, Rennes, France.
Herpin, Amaury (författare)
IINRAE, LPGP, Rennes, France.
Journot, Laurent (författare)
Univ Montpellier, Inst Genom Fonct, INSERM, IGF,CNRS, Montpellier, France.
Parrinello, Hugues (författare)
Univ Montpellier, Inst Genom Fonct, INSERM, IGF,CNRS, Montpellier, France.
Klopp, Christophe (författare)
INRAE, Math & Informat Appl Toulouse, SIGENAE, Castanet Tolosan, France.
Kottler, Verena A. (författare)
Univ Wurzburg, Physiol Chem, Bioctr, Wurzburg, Germany.
Roco, Alvaro S. (författare)
Univ Wurzburg, Physiol Chem, Bioctr, Wurzburg, Germany.
Du, Kang (författare)
Texas State Univ, Xiphophorus Genet Stock Ctr, Dept Chem & Biochem, San Marcos, TX USA.;Univ Wurzburg, Dev Biochem, Bioctr, Wurzburg, Germany.
Kneitz, Susanne (författare)
Univ Wurzburg, Physiol Chem, Bioctr, Wurzburg, Germany.
Adolfi, Mateus (författare)
Univ Wurzburg, Dev Biochem, Bioctr, Wurzburg, Germany.
Wilson, Catherine A. (författare)
Univ Oregon, Inst Neurosci, Eugene, OR USA.
McCluskey, Braedan (författare)
Univ Oregon, Inst Neurosci, Eugene, OR USA.
Amores, Angel (författare)
Univ Oregon, Inst Neurosci, Eugene, OR USA.
Desvignes, Thomas (författare)
Univ Oregon, Inst Neurosci, Eugene, OR USA.
Goetz, Frederick W. (författare)
NOAA, Environm & Fisheries Sci Div, Northwest Fisheries Sci Ctr, Natl Marine Fisheries Serv, Seattle, WA USA.
Takanashi, Ato (författare)
Sophia Univ, Fac Sci & Technol, Dept Mat & Life Sci, Tokyo, Japan.
Kawaguchi, Mari (författare)
Sophia Univ, Fac Sci & Technol, Dept Mat & Life Sci, Tokyo, Japan.
Detrich, Harry William, III (författare)
Northeastern Univ, Ctr Marine Sci, Dept Marine & Environm Sci, Nahant, MA 01908 USA.
Oliveira, Marcos A. (författare)
Sao Paulo State Univ, Inst Biosci, Dept Struct & Funct Biol, Reprod & Mol Biol Grp, Botucatu, SP, Brazil.
Nobrega, Rafael H. (författare)
Sakamoto, Takashi (författare)
Tokyo Univ Marine Sci & Technol, Dept Aquat Marine Biosci, Tokyo, Japan.
Nakamoto, Masatoshi (författare)
Tokyo Univ Marine Sci & Technol, Dept Aquat Marine Biosci, Tokyo, Japan.
Wargelius, Anna (författare)
Inst Marine Res, Bergen, Norway.
Karlsen, Orjan (författare)
Inst Marine Res, Bergen, Norway.
Wang, Zhongwei (författare)
Univ Wurzburg, Physiol Chem, Bioctr, Wurzburg, Germany.;Chinese Acad Sci, Inst Hydrobiol, Beijing, Peoples R China.
Stoeck, Matthias (författare)
IGB, Leibniz Inst Freshwater Ecol & Inland Fishe, Berlin, Germany.
Waterhouse, Robert M. (författare)
Univ Lausanne, Dept Ecol & Evolut, Lausanne, Switzerland.;Swiss Inst Bioinformat, Lausanne, Switzerland.
Braasch, Ingo (författare)
Michigan State Univ, Dept Integrat Biol, Ecol Evolut & Behav Program, E Lansing, MI 48824 USA.
Postlethwait, John H. (författare)
Univ Oregon, Inst Neurosci, Eugene, OR USA.
Schartl, Manfred (författare)
Texas State Univ, Xiphophorus Genet Stock Ctr, Dept Chem & Biochem, San Marcos, TX USA.;Univ Wurzburg, Dev Biochem, Bioctr, Wurzburg, Germany.
Guiguen, Yann (författare)
IINRAE, LPGP, Rennes, France.
visa färre...
IINRAE, LPGP, Rennes, France;Univ Lausanne, Dept Ecol & Evolut, Lausanne, Switzerland.;Swiss Inst Bioinformat, Lausanne, Switzerland. IINRAE, LPGP, Rennes, France.;Univ Lausanne, Dept Ecol & Evolut, Lausanne, Switzerland. (creator_code:org_t)
2021-03-09
2021
Engelska.
Ingår i: Molecular Ecology Resources. - : John Wiley & Sons. - 1755-098X .- 1755-0998. ; 21:5, s. 1715-1731
Relaterad länk:
https://serval.unil....
visa fler...
https://urn.kb.se/re...
https://doi.org/10.1...
visa färre...
  • Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract Ämnesord
Stäng  
  • The study of sex determination and sex chromosome organization in nonmodel species has long been technically challenging, but new sequencing methodologies now enable precise and high-throughput identification of sex-specific genomic sequences. In particular, restriction site-associated DNA sequencing (RAD-Seq) is being extensively applied to explore sex determination systems in many plant and animal species. However, software specifically designed to search for and visualize sex-biased markers using RAD-Seq data is lacking. Here, we present RADSex, a computational analysis workflow designed to study the genetic basis of sex determination using RAD-Seq data. RADSex is simple to use, requires few computational resources, makes no prior assumptions about the type of sex-determination system or structure of the sex locus, and offers convenient visualization through a dedicated R package. To demonstrate the functionality of RADSex, we re-analysed a published data set of Japanese medaka, Oryzias latipes, where we uncovered a previously unknown Y chromosome polymorphism. We then used RADSex to analyse new RAD-Seq data sets from 15 fish species spanning multiple taxonomic orders. We identified the sex determination system and sex-specific markers in six of these species, five of which had no known sex-markers prior to this study. We show that RADSex greatly facilitates the study of sex determination systems in nonmodel species thanks to its speed of analyses, low resource usage, ease of application and visualization options. Furthermore, our analysis of new data sets from 15 species provides new insights on sex determination in fish.

Ämnesord

NATURVETENSKAP  -- Biologi -- Evolutionsbiologi (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES  -- Biological Sciences -- Evolutionary Biology (hsv//eng)
NATURVETENSKAP  -- Biologi -- Genetik (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES  -- Biological Sciences -- Genetics (hsv//eng)

Nyckelord

computational workflow
fish
RAD&#8208
Sequencing
sex determination
visualization

Publikations- och innehållstyp

ref (ämneskategori)
art (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy