SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

WFRF:(Xiao Shi)
 

Sökning: WFRF:(Xiao Shi) > (2020-2024) > Establishing commun...

Establishing community reference samples, data and call sets for benchmarking cancer mutation detection using whole-genome sequencing

Fang, Li Tai (författare)
Roche Sequencing Solut Inc, Bioinformat Res & Early Dev, Belmont, CA USA.
Zhu, Bin (författare)
NCI, Div Canc Epidemiol & Genet, NIH, Bethesda, MD 20892 USA.
Zhao, Yongmei (författare)
Frederick Natl Lab Canc Res, Adv Biomed & Computat Sci, Biomed Informat & Data Sci Directorate, Frederick, MD USA.
visa fler...
Chen, Wanqiu (författare)
Loma Linda Univ, Sch Med, Ctr Genom, Loma Linda, CA 92350 USA.
Yang, Zhaowei (författare)
Loma Linda Univ, Sch Med, Ctr Genom, Loma Linda, CA 92350 USA.;Guangzhou Med Univ, Affiliated Hosp 1, Guangzhou Inst Resp Hlth,Dept Allergy & Clin Immu, Natl Clin Res Ctr Resp Dis,State Key Lab Resp Dis, Guangzhou, Peoples R China.
Kerrigan, Liz (författare)
ATCC Amer Type Culture Collect, Manassas, VA USA.
Langenbach, Kurt (författare)
ATCC Amer Type Culture Collect, Manassas, VA USA.
de Mars, Maryellen (författare)
ATCC Amer Type Culture Collect, Manassas, VA USA.
Lu, Charles (författare)
AbbVie, Genom Res Ctr GRC, Computat Genom, N Chicago, IL 60064 USA.
Idler, Kenneth (författare)
AbbVie, Genom Res Ctr GRC, Computat Genom, N Chicago, IL 60064 USA.
Jacob, Howard (författare)
AbbVie, Genom Res Ctr GRC, Computat Genom, N Chicago, IL 60064 USA.
Zheng, Yuanting (författare)
Fudan Univ, Sch Life Sci, Human Phenome Inst, State Key Lab Genet Engn, Shanghai, Peoples R China.;Fudan Univ, Shanghai Canc Ctr, Shanghai, Peoples R China.
Ren, Luyao (författare)
Fudan Univ, Sch Life Sci, Human Phenome Inst, State Key Lab Genet Engn, Shanghai, Peoples R China.;Fudan Univ, Shanghai Canc Ctr, Shanghai, Peoples R China.
Yu, Ying (författare)
Fudan Univ, Sch Life Sci, Human Phenome Inst, State Key Lab Genet Engn, Shanghai, Peoples R China.;Fudan Univ, Shanghai Canc Ctr, Shanghai, Peoples R China.
Jaeger, Erich (författare)
Illumina Inc, Foster City, CA USA.
Schroth, Gary P. (författare)
Illumina Inc, Foster City, CA USA.
Abaan, Ogan D. (författare)
Illumina Inc, Foster City, CA USA.
Talsania, Keyur (författare)
Frederick Natl Lab Canc Res, Adv Biomed & Computat Sci, Biomed Informat & Data Sci Directorate, Frederick, MD USA.
Lack, Justin (författare)
Frederick Natl Lab Canc Res, Adv Biomed & Computat Sci, Biomed Informat & Data Sci Directorate, Frederick, MD USA.
Shen, Tsai-Wei (författare)
Frederick Natl Lab Canc Res, Adv Biomed & Computat Sci, Biomed Informat & Data Sci Directorate, Frederick, MD USA.
Chen, Zhong (författare)
Loma Linda Univ, Sch Med, Ctr Genom, Loma Linda, CA 92350 USA.
Stanbouly, Seta (författare)
Loma Linda Univ, Sch Med, Ctr Genom, Loma Linda, CA 92350 USA.
Tran, Bao (författare)
Frederick Natl Lab Canc Res, Canc Res Technol Program, Sequencing Facil, Frederick, MD USA.
Shetty, Jyoti (författare)
Frederick Natl Lab Canc Res, Canc Res Technol Program, Sequencing Facil, Frederick, MD USA.
Kriga, Yuliya (författare)
Frederick Natl Lab Canc Res, Canc Res Technol Program, Sequencing Facil, Frederick, MD USA.
Meerzaman, Daoud (författare)
NCI, Computat Genom & Bioinformat Branch, Ctr Biomed Informat & Informat Technol CBIIT, Rockville, MD USA.
Nguyen, Cu (författare)
NCI, Computat Genom & Bioinformat Branch, Ctr Biomed Informat & Informat Technol CBIIT, Rockville, MD USA.
Petitjean, Virginie (författare)
Novartis Inst Biomed Res, Biomarker Dev, Basel, Switzerland.
Sultan, Marc (författare)
Novartis Inst Biomed Res, Biomarker Dev, Basel, Switzerland.
Cam, Margaret (författare)
Ctr Canc Res, Off Sci & Technol Resources, CCR Collaborat Bioinformat Resource CCBR, Bethesda, MD USA.
Mehta, Monika (författare)
Frederick Natl Lab Canc Res, Canc Res Technol Program, Sequencing Facil, Frederick, MD USA.
Hung, Tiffany (författare)
Genentech Inc, San Francisco, CA 94080 USA.
Peters, Eric (författare)
Genentech Inc, San Francisco, CA 94080 USA.
Kalamegham, Rasika (författare)
Genentech Inc, San Francisco, CA 94080 USA.
Sahraeian, Sayed Mohammad Ebrahim (författare)
Roche Sequencing Solut Inc, Bioinformat Res & Early Dev, Belmont, CA USA.
Mohiyuddin, Marghoob (författare)
Roche Sequencing Solut Inc, Bioinformat Res & Early Dev, Belmont, CA USA.
Guo, Yunfei (författare)
Roche Sequencing Solut Inc, Bioinformat Res & Early Dev, Belmont, CA USA.
Yao, Lijing (författare)
Roche Sequencing Solut Inc, Bioinformat Res & Early Dev, Belmont, CA USA.
Song, Lei (författare)
NCI, Div Canc Epidemiol & Genet, NIH, Bethesda, MD 20892 USA.
Lam, Hugo Y. K. (författare)
Roche Sequencing Solut Inc, Bioinformat Res & Early Dev, Belmont, CA USA.
Drabek, Jiri (författare)
Palacky Univ, Fac Med & Dent, IMTM, Olomouc, Czech Republic.;European Infrastruct Translat Med, Amsterdam, Netherlands.
Vojta, Petr (författare)
European Infrastruct Translat Med, Amsterdam, Netherlands.;NCI, Ctr Riferimento Oncol Aviano CRO IRCCS, Unit Oncogenet & Funct Oncogen, Aviano, Italy.
Maestro, Roberta (författare)
European Infrastruct Translat Med, Amsterdam, Netherlands.;NCI, Ctr Riferimento Oncol Aviano CRO IRCCS, Unit Oncogenet & Funct Oncogen, Aviano, Italy.
Gasparotto, Daniela (författare)
European Infrastruct Translat Med, Amsterdam, Netherlands.;Perron Inst Neurol & Translat Sci, Nedlands, WA, Australia.;Univ Tartu, Estonian Genome Ctr, Inst Genom, Tartu, Estonia.
Koks, Sulev (författare)
European Infrastruct Translat Med, Amsterdam, Netherlands.;Univ Tartu, Estonian Genome Ctr, Inst Genom, Tartu, Estonia.
Reimann, Ene (författare)
European Infrastruct Translat Med, Amsterdam, Netherlands.;Univ Helsinki, Inst Mol Med Finland FIMM, Helsinki, Finland.
Scherer, Andreas (författare)
European Infrastruct Translat Med, Amsterdam, Netherlands.;Uppsala Univ, Dept Med Sci, Mol Med & Sci Life Lab, Uppsala, Sweden.
Nordlund, Jessica (författare)
Uppsala universitet,Molekylär medicin,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,European Infrastruct Translat Med, Amsterdam, Netherlands; Biomarker Development, Novartis Institutes for Biomedical Research, Basel, Switzerland
Liljedahl, Ulrika (författare)
Uppsala universitet,Molekylär medicin,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,European Infrastruct Translat Med, Amsterdam, Netherlands
Jensen, Roderick, V (författare)
Virginia Tech, Dept Biol Sci, Blacksburg, VA USA.
Pirooznia, Mehdi (författare)
NHLBI, Bioinformat & Computat Biol Core, NIH, Bldg 10, Bethesda, MD 20892 USA.
Li, Zhipan (författare)
Sentieon Inc, Mountain View, CA USA.
Xiao, Chunlin (författare)
NIH, Natl Ctr Biotechnol Informat, Natl Lib Med, Bldg 10, Bethesda, MD 20892 USA.
Sherry, Stephen T. (författare)
NIH, Natl Ctr Biotechnol Informat, Natl Lib Med, Bldg 10, Bethesda, MD 20892 USA.
Kusko, Rebecca (författare)
Immuneering Corp, Boston, MA USA.
Moos, Malcolm (författare)
US FDA, Ctr Biol Evaluat & Res, Silver Spring, MD USA.
Donaldson, Eric (författare)
US FDA, Ctr Drug Evaluat & Res, Silver Spring, MD USA.
Tezak, Zivana (författare)
US FDA, Ctr Devices & Radiol Hlth, Silver Spring, MD 20993 USA.
Ning, Baitang (författare)
US FDA, Natl Ctr Toxicol Res, Jefferson, AR 72079 USA.
Tong, Weida (författare)
US FDA, Natl Ctr Toxicol Res, Jefferson, AR 72079 USA.
Li, Jing (författare)
Guangzhou Med Univ, Affiliated Hosp 1, Guangzhou Inst Resp Hlth,Dept Allergy & Clin Immu, Natl Clin Res Ctr Resp Dis,State Key Lab Resp Dis, Guangzhou, Peoples R China.
Duerken-Hughes, Penelope (författare)
Loma Linda Univ, Sch Med, Dept Basic Sci, Loma Linda, CA 92350 USA.
Catalanotti, Claudia (författare)
10x Genom, Pleasanton, CA USA.
Maheshwari, Shamoni (författare)
10x Genom, Pleasanton, CA USA.
Shuga, Joe (författare)
10x Genom, Pleasanton, CA USA.
Liang, Winnie S. (författare)
Translat Genom Res Inst, Phoenix, AZ USA.
Keats, Jonathan (författare)
Translat Genom Res Inst, Phoenix, AZ USA.
Adkins, Jonathan (författare)
Translat Genom Res Inst, Phoenix, AZ USA.
Tassone, Erica (författare)
Translat Genom Res Inst, Phoenix, AZ USA.
Zismann, Victoria (författare)
Translat Genom Res Inst, Phoenix, AZ USA.
McDaniel, Timothy (författare)
Translat Genom Res Inst, Phoenix, AZ USA.
Trent, Jeffrey (författare)
Translat Genom Res Inst, Phoenix, AZ USA.
Foox, Jonathan (författare)
Weill Cornell Med, Dept Physiol & Biophys, New York, NY USA.
Butler, Daniel (författare)
Weill Cornell Med, Dept Physiol & Biophys, New York, NY USA.
Mason, Christopher E. (författare)
Weill Cornell Med, Dept Physiol & Biophys, New York, NY USA.
Hong, Huixiao (författare)
US FDA, Natl Ctr Toxicol Res, Jefferson, AR 72079 USA.
Shi, Leming (författare)
Fudan Univ, Sch Life Sci, Human Phenome Inst, State Key Lab Genet Engn, Shanghai, Peoples R China.;Fudan Univ, Shanghai Canc Ctr, Shanghai, Peoples R China.
Wang, Charles (författare)
Loma Linda Univ, Sch Med, Ctr Genom, Loma Linda, CA 92350 USA.;Loma Linda Univ, Sch Med, Dept Basic Sci, Loma Linda, CA 92350 USA.
Xiao, Wenming (författare)
US FDA, Ctr Devices & Radiol Hlth, Silver Spring, MD 20993 USA.
visa färre...
Roche Sequencing Solut Inc, Bioinformat Res & Early Dev, Belmont, CA USA NCI, Div Canc Epidemiol & Genet, NIH, Bethesda, MD 20892 USA. (creator_code:org_t)
2021-09-09
2021
Engelska.
Ingår i: Nature Biotechnology. - : Springer Nature. - 1087-0156 .- 1546-1696. ; 39:9, s. 1151-1160
  • Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract Ämnesord
Stäng  
  • Tumor-normal paired DNA samples from a breast cancer cell line and a matched lymphoblastoid cell line enable calibration of clinical sequencing pipelines and benchmarking 'tumor-only' or 'matched tumor-normal' analyses. The lack of samples for generating standardized DNA datasets for setting up a sequencing pipeline or benchmarking the performance of different algorithms limits the implementation and uptake of cancer genomics. Here, we describe reference call sets obtained from paired tumor-normal genomic DNA (gDNA) samples derived from a breast cancer cell line-which is highly heterogeneous, with an aneuploid genome, and enriched in somatic alterations-and a matched lymphoblastoid cell line. We partially validated both somatic mutations and germline variants in these call sets via whole-exome sequencing (WES) with different sequencing platforms and targeted sequencing with >2,000-fold coverage, spanning 82% of genomic regions with high confidence. Although the gDNA reference samples are not representative of primary cancer cells from a clinical sample, when setting up a sequencing pipeline, they not only minimize potential biases from technologies, assays and informatics but also provide a unique resource for benchmarking 'tumor-only' or 'matched tumor-normal' analyses.

Ämnesord

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP  -- Klinisk medicin -- Cancer och onkologi (hsv//swe)
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES  -- Clinical Medicine -- Cancer and Oncology (hsv//eng)

Publikations- och innehållstyp

ref (ämneskategori)
art (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Sök utanför SwePub

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy