Sökning: WFRF:(Ali Muhammad 1990 ) >
Proteome-scale mapp...
Proteome-scale mapping of binding sites in the unstructured regions of the human proteome
-
- Benz, Caroline (författare)
- Uppsala universitet,Biokemi
-
- Ali, Muhammad, 1990- (författare)
- Uppsala universitet,Biokemi
-
- Krystkowiak, Izabella (författare)
- Inst Canc Res, Div Canc Biol, London, England.
-
visa fler...
-
- Simonetti, Leandro (författare)
- Uppsala universitet,Biokemi
-
- Sayadi, Ahmed (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för kemi - BMC
-
- Mihalic, Filip (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi
-
- Kliche, Johanna (författare)
- Uppsala universitet,Biokemi
-
- Andersson, Eva (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi
-
- Jemth, Per (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi
-
- Davey, Norman E. (författare)
- Inst Canc Res, Div Canc Biol, London, England.
-
- Ivarsson, Ylva (författare)
- Uppsala universitet,Biokemi
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- 2022-01-19
- 2022
- Engelska.
-
Ingår i: Molecular Systems Biology. - : EMBO Press. - 1744-4292 .- 1744-4292. ; 18:1
- Relaterad länk:
-
https://doi.org/10.1...
-
visa fler...
-
https://uu.diva-port... (primary) (Raw object)
-
https://doi.org/10.1...
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://doi.org/10.1...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Specific protein-protein interactions are central to all processes that underlie cell physiology. Numerous studies have together identified hundreds of thousands of human protein-protein interactions. However, many interactions remain to be discovered, and low affinity, conditional, and cell type-specific interactions are likely to be disproportionately underrepresented. Here, we describe an optimized proteomic peptide-phage display library that tiles all disordered regions of the human proteome and allows the screening of similar to 1,000,000 overlapping peptides in a single binding assay. We define guidelines for processing, filtering, and ranking the results and provide PepTools, a toolkit to annotate the identified hits. We uncovered >2,000 interaction pairs for 35 known short linear motif (SLiM)-binding domains and confirmed the quality of the produced data by complementary biophysical or cell-based assays. Finally, we show how the amino acid resolution-binding site information can be used to pinpoint functionally important disease mutations and phosphorylation events in intrinsically disordered regions of the proteome. The optimized human disorderome library paired with PepTools represents a powerful pipeline for unbiased proteomewide discovery of SLiM-based interactions.
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Biokemi och molekylärbiologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Biochemistry and Molecular Biology (hsv//eng)
Nyckelord
- intrinsically disordered regions
- peptides
- phage display
- protein-protein interactions
- short linear motifs
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Benz, Caroline
-
Ali, Muhammad, 1 ...
-
Krystkowiak, Iza ...
-
Simonetti, Leand ...
-
Sayadi, Ahmed
-
Mihalic, Filip
-
visa fler...
-
Kliche, Johanna
-
Andersson, Eva
-
Jemth, Per
-
Davey, Norman E.
-
Ivarsson, Ylva
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Biokemi och mole ...
- Artiklar i publikationen
-
Molecular System ...
- Av lärosätet
-
Uppsala universitet