SwePub
Tyck till om SwePub Sök här!
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

WFRF:(Jarvis Erich D)
 

Sökning: WFRF:(Jarvis Erich D) > A high-quality geno...

  • Mueller, Ralf C.Max Planck Inst Anim Behavior, Dept Radolfzell, D-78315 Radolfzell am Bodensee, Germany.;Univ Konstanz, Dept Biol, D-78457 Constance, Germany. (författare)

A high-quality genome and comparison of short-versus long-read transcriptome of the palaearctic duck Aythya fuligula (tufted duck)

  • Artikel/kapitelEngelska2021

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • 2021-12-20
  • Oxford University Press,2021
  • electronicrdacarrier

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:uu-467415
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-467415URI
  • https://doi.org/10.1093/gigascience/giab081DOI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska
  • Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype
  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

  • Background: The tufted duck is a non-model organism that experiences high mortality in highly pathogenic avian influenza outbreaks. It belongs to the same bird family (Anatidae) as the mallard, one of the best-studied natural hosts of low-pathogenic avian influenza viruses. Studies in non-model bird species are crucial to disentangle the role of the host response in avian influenza virus infection in the natural reservoir. Such endeavour requires a high-quality genome assembly and transcriptome.Findings: This study presents the first high-quality, chromosome-level reference genome assembly of the tufted duck using the Vertebrate Genomes Project pipeline. We sequenced RNA (complementary DNA) from brain, ileum, lung, ovary, spleen, and testis using Illumina short-read and Pacific Biosciences long-read sequencing platforms, which were used for annotation. We found 34 autosomes plus Z and W sex chromosomes in the curated genome assembly, with 99.6% of the sequence assigned to chromosomes. Functional annotation revealed 14,099 protein-coding genes that generate 111,934 transcripts, which implies a mean of 7.9 isoforms per gene. We also identified 246 small RNA families.Conclusions: This annotated genome contributes to continuing research into the host response in avian influenza virus infections in a natural reservoir. Our findings from a comparison between short-read and long -read reference transcriptomics contribute to a deeper understanding of these competing options. In this study, both technologies complemented each other. We expect this annotation to be a foundation for further comparative and evolutionary genomic studies, including many waterfowl relatives with differing susceptibilities to avian influenza viruses.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Ellström, PatrikUppsala universitet,Infektionsmedicin(Swepub:uu)patel687 (författare)
  • Howe, KerstinWellcome Sanger Inst, Tree Life, Cambridge CB101SA, England. (författare)
  • Uliano-Silva, MarcelaWellcome Sanger Inst, Tree Life, Cambridge CB101SA, England. (författare)
  • Kuo, Richard I.Univ Edinburgh, Roslin Inst, Easter Bush, Roslin EH25 9RG, Midlothian, Scotland.;Univ Edinburgh, Royal Dick Sch Vet Studies, Easter Bush, Roslin EH25 9RG, Midlothian, Scotland. (författare)
  • Miedzinska, KatarzynaUniv Edinburgh, Roslin Inst, Easter Bush, Roslin EH25 9RG, Midlothian, Scotland.;Univ Edinburgh, Royal Dick Sch Vet Studies, Easter Bush, Roslin EH25 9RG, Midlothian, Scotland. (författare)
  • Warr, AmandaUniv Edinburgh, Roslin Inst, Easter Bush, Roslin EH25 9RG, Midlothian, Scotland.;Univ Edinburgh, Royal Dick Sch Vet Studies, Easter Bush, Roslin EH25 9RG, Midlothian, Scotland. (författare)
  • Fedrigo, OlivierRockefeller Univ, Vertebrate Genom Lab, New York, NY 10065 USA. (författare)
  • Haase, BettinaRockefeller Univ, Vertebrate Genom Lab, New York, NY 10065 USA. (författare)
  • Mountcastle, JacquelynRockefeller Univ, Vertebrate Genom Lab, New York, NY 10065 USA. (författare)
  • Chow, WilliamWellcome Sanger Inst, Tree Life, Cambridge CB101SA, England. (författare)
  • Torrance, JamesWellcome Sanger Inst, Tree Life, Cambridge CB101SA, England. (författare)
  • Wood, Jonathan M. D.Wellcome Sanger Inst, Tree Life, Cambridge CB101SA, England. (författare)
  • Järhult, Josef D.,1975-Uppsala universitet,Infektionsmedicin(Swepub:uu)josja939 (författare)
  • Naguib, MahmoudUppsala universitet,Infektionsmedicin(Swepub:uu)mahna768 (författare)
  • Olsen, BjörnUppsala universitet,Infektionsmedicin(Swepub:uu)bjool781 (författare)
  • Jarvis, Erich D. (författare)
  • Smith, JacquelineUniv Edinburgh, Roslin Inst, Easter Bush, Roslin EH25 9RG, Midlothian, Scotland.;Univ Edinburgh, Royal Dick Sch Vet Studies, Easter Bush, Roslin EH25 9RG, Midlothian, Scotland. (författare)
  • Eory, LelUniv Edinburgh, Roslin Inst, Easter Bush, Roslin EH25 9RG, Midlothian, Scotland.;Univ Edinburgh, Royal Dick Sch Vet Studies, Easter Bush, Roslin EH25 9RG, Midlothian, Scotland. (författare)
  • Kraus, Robert H. S.Max Planck Inst Anim Behavior, Dept Radolfzell, D-78315 Radolfzell am Bodensee, Germany.;Univ Konstanz, Dept Biol, D-78457 Constance, Germany. (författare)
  • Max Planck Inst Anim Behavior, Dept Radolfzell, D-78315 Radolfzell am Bodensee, Germany.;Univ Konstanz, Dept Biol, D-78457 Constance, Germany.Infektionsmedicin (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:GigaScience: Oxford University Press10:122047-217X

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy