A Swedish Genome-Wide Haplotype Association Analysis Identifies a Novel Breast Cancer Susceptibility Locus in 8p21.2 and Characterizes Three Loci on Chromosomes 10, 11 and 16

De två första författarna delar förstaförfattarskapet.
Background: The heritability of breast cancer is partly explained but much of the genetic contribution remains to be identified. Haplotypes are often used as markers of ethnicity as they are preserved through generations. We have previously demonstrated that haplotype analysis, in addition to standard SNP association studies, could give novel and more detailed information on genetic cancer susceptibility.Methods: In order to examine the association of a SNP or a haplotype to breast cancer risk, we performed a genome wide haplotype association study, using sliding window analysis of window sizes 1-25 and 50 SNPs, in 3200 Swedish breast cancer cases and 5021 controls.Results: We identified a novel breast cancer susceptibility locus in 8p21.1 (OR 2.08; p 3.92 x 10(-8)), confirmed three known loci in 10q26.13, 11q13.3, 16q12.1-2 and further identified novel subloci within these three loci. Altogether 76 risk SNPs, 3302 risk haplotypes of window size 2-25 and 113 risk haplotypes of window size 50 at p < 5 x 10(-8) on chromosomes 8, 10, 11 and 16 were identified. In the known loci haplotype analysis reached an OR of 1.48 in overall breast cancer and in familial cases OR 1.68.Conclusions: Analyzing haplotypes, rather than single variants, could detect novel susceptibility loci even in small study populations but the method requires a fairly homogenous study population.

Liu, WenUppsala universitet,Schiöth: Funktionell farmakologi,Karolinska Inst, Dept Mol Med & Surg, Stockholm, Sweden.(Swepub:uu)wenli676 (författare)
Helgadottir, Hafdis T.Karolinska Institutet (författare)
Michailidou, KyriakiCyprus Sch Mol Med, Cyprus Inst Neurol & Genet, Nicosia, Cyprus. (författare)
Dennis, JoeUniv Cambridge, Ctr Canc Genet Epidemiol, Cambridge, England. (författare)
Bryant, PatrickStockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik,Science for Life Laboratory (SciLifeLab),Karolinska Institutet, Sweden,Karolinska Inst, Dept Mol Med & Surg, Stockholm, Sweden.;Stockholm Univ, Dept Biochem & Biophys, Stockholm, Sweden.;Sci Life Lab, Stockholm, Sweden.(Swepub:su)pabr4631 (författare)
Thutkawkorapin, JessadaKarolinska Inst, Dept Mol Med & Surg, Stockholm, Sweden.;Chulalongkorn Univ, Fac Engn, Dept Comp Engn, Bangkok, Thailand. (författare)
Wendt, CamillaKarolinska Institutet (författare)
Czene, KamilaKarolinska Institutet (författare)
Hall, PerKarolinska Institutet (författare)
Margolin, SaraKarolinska Institutet (författare)
Lindblom, AnnikaKarolinska Institutet (författare)
Karolinska InstitutetSchiöth: Funktionell farmakologi (creator_code:org_t)

Av författaren/redakt...: Barnekow, Elin; Liu, Wen; Helgadottir, Haf ...; Michailidou, Kyr ...; Dennis, Joe; Bryant, Patrick; visa fler...; Thutkawkorapin, ...; Wendt, Camilla; Czene, Kamila; Hall, Per; Margolin, Sara; Lindblom, Annika; visa färre...

Om ämnet

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP: MEDICIN OCH HÄLS ...; och Klinisk medicin; och Cancer och onkol ...

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP: MEDICIN OCH HÄLS ...; och Medicinska och f ...; och Medicinsk geneti ...

Av lärosätet: Uppsala universitet; Stockholms universitet; Karolinska Institutet

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.