SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

WFRF:(Wales Nathan)
 

Sökning: WFRF:(Wales Nathan) > The genomic basis o...

  • Cerca, JoseNorwegian Univ Sci & Technol, NTNU Univ Museum, Dept Nat Hist, Trondheim, Norway. (författare)

The genomic basis of the plant island syndrome in Darwin's giant daisies

  • Artikel/kapitelEngelska2022

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • 2022-06-28
  • Springer Nature,2022
  • electronicrdacarrier

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:uu-481192
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-481192URI
  • https://doi.org/10.1038/s41467-022-31280-wDOI
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:su:diva-208640URI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska
  • Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype
  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

  • Many island plant species share a syndrome of characteristic phenotype and life history. Cerca et al. find the genomic basis of the plant island syndrome in one of Darwin's giant daisies, while separating ancestral genomes in a chromosome-resolved polyploid assembly. The repeated, rapid and often pronounced patterns of evolutionary divergence observed in insular plants, or the 'plant island syndrome', include changes in leaf phenotypes, growth, as well as the acquisition of a perennial lifestyle. Here, we sequence and describe the genome of the critically endangered, Galapagos-endemic species Scalesia atractyloides Arnot., obtaining a chromosome-resolved, 3.2-Gbp assembly containing 43,093 candidate gene models. Using a combination of fossil transposable elements, k-mer spectra analyses and orthologue assignment, we identify the two ancestral genomes, and date their divergence and the polyploidization event, concluding that the ancestor of all extant Scalesia species was an allotetraploid. There are a comparable number of genes and transposable elements across the two subgenomes, and while their synteny has been mostly conserved, we find multiple inversions that may have facilitated adaptation. We identify clear signatures of selection across genes associated with vascular development, growth, adaptation to salinity and flowering time, thus finding compelling evidence for a genomic basis of the island syndrome in one of Darwin's giant daisies.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Petersen, BentUniv Copenhagen, Fac Hlth & Med Sci, Ctr Evolutionary Hologen, GLOBE Inst, Oster Farimagsgade 5, DK-1353 Copenhagen, Denmark.;AIMST Univ, Fac Appl Sci, Ctr Excellence Omics Driven Computat Biodiscovery, Bedong, Kedah, Malaysia. (författare)
  • Lazaro-Guevara, Jose MiguelUniv British Columbia, Dept Bot & Biodivers Res Ctr, Vancouver, BC V6T 1Z4, Canada. (författare)
  • Rivera-Colon, AngelUniv Illinois, Dept Evolut Ecol & Behav, Champaign, IL USA. (författare)
  • Birkeland, SiriNorwegian Univ Life Sci, Dept Chem Biotechnol & Food Sci, As, Norway.;Univ Oslo, Nat Hist Museum, Oslo, Norway. (författare)
  • Vizueta, JoelUniv Copenhagen, Villum Ctr Biodivers Genom, Dept Biol, Sect Ecol & Evolut, Univ Pk 15, DK-2100 Copenhagen, Denmark. (författare)
  • Li, SiyuUniv Calif Davis, Dept Plant Biol, Davis, CA 95616 USA. (författare)
  • Li, QionghouUniv British Columbia, Dept Bot & Biodivers Res Ctr, Vancouver, BC V6T 1Z4, Canada. (författare)
  • Loureiro, JoaoUniv Coimbra, Ctr Funct Ecol, Dept Life Sci, P-3000095 Coimbra, Portugal. (författare)
  • Kosawang, ChatchaiUniv Copenhagen, Dept Geosci & Nat Resource Management, Rolighedsvej 23, DK-1958 Frederiksberg C, Denmark. (författare)
  • Diaz, Patricia JaramilloFdn Charles Darwin, Estn Cient Charles Darwin, Santa Cruz, Galapagos, Ecuador.;Univ Malaga, Dept Bot & Plant Physiol, Malaga, Spain. (författare)
  • Rivas-Torres, GonzaloUniv San Francisco Quito USFQ, Colegio Ciencias Biol & Ambientales COCIBA & Exte, Quito 170901, Ecuador.;Univ N Carolina, Galapagos Sci Ctr, USFQ, San Cristobal, Galapagos, Ecuador.;Univ San Francisco Quito USFQ, Colegio Ciencias Biol & Ambientales, Estn Biodiversidad Tiputini, Quito, Ecuador.;Univ Florida, Courtesy Fac, Dept Wildlife Ecol & Conservat, 110 Newins Ziegler Hall, Gainesville, FL 32611 USA. (författare)
  • Fernandez-Mazuecos, MarioUniv Autonoma Madrid, Dept Biol, Madrid 28049, Spain. (författare)
  • Vargas, PabloReal Jardin Bot RJB CSIC, Dept Biodiversidad & Conservac, Plaza Murillo 2, Madrid 28014, Spain. (författare)
  • McCauley, Ross A.Ft Lewis Coll, Dept Biol, Durango, CO 81301 USA. (författare)
  • Petersen, GitteStockholms universitet,Institutionen för ekologi, miljö och botanik,Stockholm Univ, Dept Ecol Environm & Plant Sci, SE-10691 Stockholm, Sweden.(Swepub:su)gipe0376 (författare)
  • Santos-Bay, LuisaUniv Copenhagen, Fac Hlth & Med Sci, Ctr Evolutionary Hologen, GLOBE Inst, Oster Farimagsgade 5, DK-1353 Copenhagen, Denmark. (författare)
  • Wales, NathanUniv York, Dept Archaeol, York, N Yorkshire, England. (författare)
  • Catchen, Julian M.Univ Illinois, Dept Evolut Ecol & Behav, Champaign, IL USA. (författare)
  • Machado, DanielNorwegian Univ Sci & Technol, Dept Biotechnol & Food Sci, N-7491 Trondheim, Norway. (författare)
  • Nowak, Michael D.Univ Oslo, Nat Hist Museum, Oslo, Norway. (författare)
  • Suh, AlexanderUppsala universitet,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Systematisk biologi,Univ East Anglia, Sch Biol Sci, Norwich Res Pk, Norwich NR4 7TU, Norfolk, England(Swepub:uu)alesu519 (författare)
  • Sinha, Neelima R.Univ Calif Davis, Dept Plant Biol, Davis, CA 95616 USA. (författare)
  • Nielsen, Lene R.Univ Copenhagen, Dept Geosci & Nat Resource Management, Rolighedsvej 23, DK-1958 Frederiksberg C, Denmark. (författare)
  • Seberg, OleUniv Copenhagen, Nat Hist Museum Denmark, Copenhagen, Denmark. (författare)
  • Gilbert, M. Thomas P.Norwegian Univ Sci & Technol, NTNU Univ Museum, Dept Nat Hist, Trondheim, Norway.;Univ Copenhagen, Fac Hlth & Med Sci, Ctr Evolutionary Hologen, GLOBE Inst, Oster Farimagsgade 5, DK-1353 Copenhagen, Denmark. (författare)
  • Leebens-Mack, James H.Univ Georgia, Dept Plant Biol, Athens, GA 30602 USA. (författare)
  • Rieseberg, Loren H.Univ British Columbia, Dept Bot & Biodivers Res Ctr, Vancouver, BC V6T 1Z4, Canada. (författare)
  • Martin, Michael D.Norwegian Univ Sci & Technol, NTNU Univ Museum, Dept Nat Hist, Trondheim, Norway. (författare)
  • Norwegian Univ Sci & Technol, NTNU Univ Museum, Dept Nat Hist, Trondheim, Norway.Univ Copenhagen, Fac Hlth & Med Sci, Ctr Evolutionary Hologen, GLOBE Inst, Oster Farimagsgade 5, DK-1353 Copenhagen, Denmark.;AIMST Univ, Fac Appl Sci, Ctr Excellence Omics Driven Computat Biodiscovery, Bedong, Kedah, Malaysia. (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:Nature Communications: Springer Nature13:12041-1723

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy