Sökning: id:"swepub:oai:DiVA.org:uu-515481" >
Using evolutionary ...
-
Roy, AnanyaUppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
(författare)
Using evolutionary constraint to define novel candidate driver genes in medulloblastoma
- Artikel/kapitelEngelska2023
Förlag, utgivningsår, omfång ...
-
Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS),2023
-
electronicrdacarrier
Nummerbeteckningar
-
LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:uu-515481
-
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-515481URI
-
https://doi.org/10.1073/pnas.2300984120DOI
Kompletterande språkuppgifter
-
Språk:engelska
-
Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
Klassifikation
-
Ämneskategori:ref swepub-contenttype
-
Ämneskategori:art swepub-publicationtype
Anmärkningar
-
Current knowledge of cancer genomics remains biased against noncoding mutations. To systematically search for regulatory noncoding mutations, we assessed mutations in conserved positions in the genome under the assumption that these are more likely to be functional than mutations in positions with low conservation. To this end, we use whole-genome sequencing data from the International Cancer Genome Consortium and combined it with evolutionary constraint inferred from 240 mammals, to identify genes enriched in noncoding constraint mutations (NCCMs), mutations likely to be regulatory in nature. We compare medulloblastoma (MB), which is malignant, to pilocytic astrocytoma (PA), a primarily benign tumor, and find highly different NCCM frequencies between the two, in agreement with the fact that malignant cancers tend to have more mutations. In PA, a high NCCM frequency only affects the BRAF locus, which is the most commonly mutated gene in PA. In contrast, in MB, >500 genes have high levels of NCCMs. Intriguingly, several loci with NCCMs in MB are associated with different ages of onset, such as the HOXB cluster in young MB patients. In adult patients, NCCMs occurred in, e.g., the WASF-2/ AHDC1/FGR locus. One of these NCCMs led to increased expression of the SRC kinase FGR and augmented responsiveness of MB cells to dasatinib, a SRC kinase inhibitor. Our analysis thus points to different molecular pathways in different patient groups. These newly identified putative candidate driver mutations may aid in patient stratification in MB and could be valuable for future selection of personalized treatment options.
Ämnesord och genrebeteckningar
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
-
Sakthikumar, SharadhaUppsala universitet,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Broad Inst, Cambridge, MA 02142 USA.(Swepub:uu)shasa907
(författare)
-
Kozyrev, Sergey V.Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:uu)sekoz957
(författare)
-
Nordin, JessikaUppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Institutionen för immunologi, genetik och patologi(Swepub:uu)jesno731
(författare)
-
Pensch, RaphaelaUppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:uu)rappe860
(författare)
-
Mäkeläinen, SuviUppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:uu)suvma702
(författare)
-
Pettersson, MatsUppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:uu)mapet205
(författare)
-
Karlsson, Elinor K.Broad Inst, Cambridge, MA 02142 USA.;UMass Chan Med Sch, Program Mol Med, Worcester, MA 01605 USA.;UMass Chan Med Sch, Program Bioinformat & Integrat Biol, Worcester, MA 01605 USA.
(författare)
-
Lindblad-Toh, KerstinUppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Broad Inst, Cambridge, MA 02142 USA.(Swepub:uu)kerli865
(författare)
-
Forsberg Nilsson, Karin,1963-Uppsala universitet,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Institutionen för immunologi, genetik och patologi,Univ Nottingham, Div Canc & Stem Cells, Biodiscovery Inst, Nottingham NG7 2RD, England.(Swepub:uu)karifors
(författare)
-
Uppsala universitetInstitutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi
(creator_code:org_t)
Sammanhörande titlar
-
Ingår i:Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America: Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS)120:330027-84241091-6490
Internetlänk
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas