SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

id:"swepub:oai:DiVA.org:uu-526953"
 

Sökning: id:"swepub:oai:DiVA.org:uu-526953" > Gene-based associat...

  • Zhou, Wei (författare)

Gene-based association analysis of a large patient cohort identifies potential genecandidates for atypical femur fractures

  • BokEngelska

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • printrdacarrier

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:uu-526953
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-526953URI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska
  • Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:vet swepub-contenttype
  • Ämneskategori:ovr swepub-publicationtype

Anmärkningar

  • Background:Several small genetic association studies have been conducted for atypical femurfracture (AFF) without replication of results. We assessed previously implicated and novel genesassociated with AFFs in a larger set of unrelated AFF cases using whole exome sequencing (WES).Methods:We performed gene-based association analysis on 139 European AFF cases and 196 controlsmatched for bisphosphonate use. We tested all rare, protein-altering variants using both candidategene and hypothesis-free approaches. In the latter, genes suggestively associated with AFFs(uncorrected p-values < 0.01) were investigated in a Swedish whole-genome sequencing replicationstudy and assessed in 46 non-European cases.Results:In the candidate gene analysis, PLOD2 showed a suggestive signal. The hypothesis-freeapproach revealed 10 tentative associations, with XRN2, SORD, and PLOD2 being the most likelycandidates for AFF. XRN2 and PLOD2 showed consistent direction of effect estimates in thereplication analysis, albeit not statistically significant. Three SNPs associated with SORD expressionaccording to the GTEx portal, were in linkage disequilibrium (R2 ≥0.2) with a SNP previouslyreported in a genome-wide association study of AFF. The prevalence of carriers of variants for bothPLOD2 and SORD was higher in Asian versus European cases.Conclusions:While we did not identify genes enriched for damaging variants, we found suggestiveevidence of a role for XRN2, PLOD2 and SORD, which requires further investigation. Our findingsindicate that genetic factors responsible for AFFs are not widely shared among AFF cases. The studyprovides a stepping-stone for future larger genetic studies of AFF.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Ås, JoelUppsala universitet,Klinisk farmakogenomik och osteoporos,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:uu)joeas829 (författare)
  • Shore-Lorenti, Catherine (författare)
  • Nguyen, Hanh (författare)
  • van de Laarschot, Denise (författare)
  • Sztal-Mazer, Shoshana (författare)
  • Grill, Vivian (författare)
  • Girgis, Christian (författare)
  • Stricker, Bruno (författare)
  • van der Eerden, Bram (författare)
  • Thakker, Rajesh (författare)
  • Appelman-Dijkstra, Natasha (författare)
  • Wadelius, MiaUppsala universitet,Klinisk farmakogenomik och osteoporos,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:uu)miawadel (författare)
  • Clifton-Bligh, Roderick (författare)
  • Hallberg, Pär,1974-Uppsala universitet,Klinisk farmakogenomik och osteoporos,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:uu)pahal677 (författare)
  • Verkerk, Annemieke (författare)
  • van Rooij, Jeroen (författare)
  • Ebeling, Peter (författare)
  • Zillikens, Carola (författare)
  • Uppsala universitetKlinisk farmakogenomik och osteoporos (creator_code:org_t)

Internetlänk

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy