In silico analysis of promoter regions from cold-induced genes in rice (Oryza sativa L.) and Arabidopsis thaliana reveals the importance of combinatorial control

Lindlöf, AngelicaHögskolan i Skövde,Forskningscentrum för Systembiologi,Institutionen för vård och natur (författare)

Motivation: Cold acclimation involves a number of different cellular processes that together increase the freezing tolerance of an organism. The DREB1/CBFs are transcription factors (TFs) that are prominent in the regulation of cold responses in Arabidopsis thaliana, rice and many other crops. We investigated if the expression of DREB1/CBFs and co-expressed genes relies on combinatorial control by several TFs. Our results support this notion and indicate that methods for studying the regulation of complex cellular processes should include identification of combinations of motifs, in addition to searching for individual overrepresented binding sites.

NATURVETENSKAP Biologi hsv//swe
NATURAL SCIENCES Biological Sciences hsv//eng
DNA-BINDING ACTIVITY; TRANSCRIPTION FACTORS; REGULATORY ELEMENTS; LOW-TEMPERATURE; EXPRESSION; DROUGHT; ACTIVATORS; DISCOVERY; SEQUENCES; NETWORKS
Natural sciences

Bräutigam, Marcus,1968Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för cell- och molekylärbiologi,Department of Cell and Molecular Biology,Department of Cell and Molecular Biology, Medicinaregatan 9C, Box 462, SE405 30 Göteborg, Sweden(Swepub:gu)xbraum (författare)
Chawade, Aakash,1980Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för växt- och miljövetenskaper,Department of Plant and Environmental Sciences,Department of Plant and Environmental Sciences, Gothenburg University, Box 461, SE405 30 Göteborg, Sweden(Swepub:gu)xchaaa (författare)
Olsson, Olof,1950Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för växt- och miljövetenskaper,Department of Plant and Environmental Sciences,Department of Plant and Environmental Sciences, Gothenburg University, Box 461, SE405 30 Göteborg, Sweden(Swepub:gu)xoolov (författare)
Olsson, BjörnHögskolan i Skövde,Forskningscentrum för Systembiologi,Institutionen för vård och natur(Swepub:his)olsb (författare)
Högskolan i SkövdeForskningscentrum för Systembiologi (creator_code:org_t)

Ingår i:Bioinformatics: Oxford University Press (OUP)25:11, s. 1345-13481367-48031367-4811

Av författaren/redakt...: Lindlöf, Angelic ...; Bräutigam, Marcu ...; Chawade, Aakash, ...; Olsson, Olof, 19 ...; Olsson, Björn

Om ämnet

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.