SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

onr:"swepub:oai:gup.ub.gu.se/139229"
 

Sökning: onr:"swepub:oai:gup.ub.gu.se/139229" > Engineering BspQI n...

  • Zhang, Penghua (författare)

Engineering BspQI nicking enzymes and application of N.BspQI in DNA labeling and production of single-strand DNA

  • Artikel/kapitelEngelska2010

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • Elsevier BV,2010

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:gup.ub.gu.se/139229
  • https://gup.ub.gu.se/publication/139229URI
  • https://doi.org/10.1016/j.pep.2009.09.003DOI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype
  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

  • BspQI is a thermostable Type IIS restriction endonuclease (REase) with the recognition sequence 5′GCTCTTC N1/N4 3′. Here we report the cloning and expression of the bspQIR gene for the BspQI restriction enzyme in Escherichia coli. Alanine scanning of the BspQI charged residues identified a number of DNA nicking variants. After sampling combinations of different amino acid substitutions, an Nt.BspQI triple mutant (E172A/E248A/E255K) was constructed with predominantly top-strand DNA nicking activity. Furthermore, a triple mutant of BspQI (Nb.BspQI, N235A/K331A/R428A) was engineered to create a bottom-strand nicking enzyme. In addition, we demonstrated the application of Nt.BspQI in optical mapping of single DNA molecules. Nt or Nb.BspQI-nicked dsDNA can be further digested by E. coli exonuclease III to create ssDNA for downstream applications. BspQI contains two potential catalytic sites: a top-strand catalytic site (Ct) with a D-H-N-K motif found in the HNH endonuclease family and a bottom-strand catalytic site (Cb) with three scattered Glu residues. BlastP analysis of proteins in GenBank indicated a putative restriction enzyme with significant amino acid sequence identity to BspQI from the sequenced bacterial genome Croceibacter atlanticus HTCC2559. This restriction gene was amplified by PCR and cloned into a T7 expression vector. Restriction mapping and run-off DNA sequencing of digested products from the partially purified enzyme indicated that it is an EarI isoschizomer with 6-bp recognition, which we named CatHI (CTCTTC N1/N4).

Ämnesord och genrebeteckningar

  • iis restriction-endonucleases
  • escherichia-coli
  • homing endonuclease
  • modification system
  • crystal-structure
  • site
  • amplification
  • cloning
  • binding
  • expression

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Too, Priscilla Hiu-Mei (författare)
  • Samuelson, James C. (författare)
  • Chan, Siu-Hong (författare)
  • Vincze, Tamas (författare)
  • Doucette, Stephanie (författare)
  • Bäckström, Stefan,1969Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biomedicin, avdelningen för medicinsk kemi och cellbiologi,Institute of Biomedicine, Department of Medical Biochemistry and Cell Biology(Swepub:gu)xbacst (författare)
  • Potamousis, Konstantinos D. (författare)
  • Schramm, Timothy M. (författare)
  • Forrest, Dan (författare)
  • Schwartz, David C. (författare)
  • Xu, Shuang-yong (författare)
  • Göteborgs universitetInstitutionen för biomedicin, avdelningen för medicinsk kemi och cellbiologi (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:Protein Expression and Purification: Elsevier BV69:2, s. 226-2341046-5928

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy