SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

WFRF:(Schüßler Arthur)
 

Sökning: WFRF:(Schüßler Arthur) > (2011) > Tidying up internat...

  • Tedersoo, Leho (författare)

Tidying up international nucleotide sequence databases: ecological, geographical and sequence quality annotation of ITS sequences of mycorrhizal fungi

  • Artikel/kapitelEngelska2011

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • 2011-09-15
  • Public Library of Science (PLoS),2011

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:gup.ub.gu.se/146300
  • https://gup.ub.gu.se/publication/146300URI
  • https://doi.org/10.1371/journal.pone.0024940DOI
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-212971URI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype
  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

  • Sequence analysis of the ribosomal RNA operon, particularly the internal transcribed spacer (ITS) region, provides a powerful tool for identification of mycorrhizal fungi. The sequence data deposited in the International Nucleotide Sequence Databases (INSD) are, however, unfiltered for quality and are often poorly annotated with metadata. To detect chimeric and low-quality sequences and assign the ectomycorrhizal fungi to phylogenetic lineages, fungal ITS sequences were downloaded from INSD, aligned within family-level groups, and examined through phylogenetic analyses and BLAST searches. By combining the fungal sequence database UNITE and the annotation and search tool PlutoF, we also added metadata from the literature to these accessions. Altogether 35,632 sequences belonged to mycorrhizal fungi or originated from ericoid and orchid mycorrhizal roots. Of these sequences, 677 were considered chimeric and 2,174 of low read quality. Information detailing country of collection, geographical coordinates, interacting taxon and isolation source were supplemented to cover 78.0%, 33.0%, 41.7% and 96.4% of the sequences, respectively. These annotated sequences are publicly available via UNITE (http://unite.ut.ee/) for downstream biogeographic, ecological and taxonomic analyses. In European Nucleotide Archive (ENA; http://www.ebi.ac.uk/ena/), the annotated sequences have a special link-out to UNITE. We intend to expand the data annotation to additional genes and all taxonomic groups and functional guilds of fungi.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Abarenkov, Kessy (författare)
  • Nilsson, R. Henrik,1976Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för växt- och miljövetenskaper,Department of Plant and Environmental Sciences,Göteborgs Universitet(Swepub:gu)xnihen (författare)
  • Schüssler, Arthur (författare)
  • Grelet, Gwen-Aëlle (författare)
  • Kohout, Petr (författare)
  • Oja, Jane (författare)
  • Bonito, Gregory M. (författare)
  • Veldre, Vilmar (författare)
  • Jairus, Teele (författare)
  • Ryberg, Martin,1976University of Tennessee(Swepub:uu)marry118 (författare)
  • Larsson, Karl-Henrik,1948 (författare)
  • Kõljalg, Urmas (författare)
  • Göteborgs universitetInstitutionen för växt- och miljövetenskaper (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:PLoS ONE: Public Library of Science (PLoS)6:91932-6203

Internetlänk

Hitta via bibliotek

  • PLoS ONE (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy