SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

WFRF:(Persson Fredrik)
 

Sökning: WFRF:(Persson Fredrik) > A single-step compe...

  • Nyberg, Lena,1979Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology (författare)

A single-step competitive binding assay for mapping of single DNA molecules

  • Artikel/kapitelEngelska2012

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • Elsevier BV,2012

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:gup.ub.gu.se/155388
  • https://gup.ub.gu.se/publication/155388URI
  • https://doi.org/10.1016/j.bbrc.2011.11.128DOI
  • https://research.chalmers.se/publication/155388URI
  • https://lup.lub.lu.se/record/2419426URI
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-169364URI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype
  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

  • Optical mapping of genomic DNA is of relevance for a plethora of applications such as scaffolding for sequencing and detection of structural variations as well as identification cif pathogens like bacteria and viruses. For future clinical applications it is desirable to have a fast and robust mapping method based on as few steps as possible. We here demonstrate a single-step method to obtain a DNA barcode that is directly visualized using nanofluidic devices and fluorescence microscopy. Using a mixture of YOYO-1, a bright DNA dye, and netropsin, a natural antibiotic with very high AT specificity, we obtain a DNA map with a fluorescence intensity profile along the DNA that reflects the underlying sequence. The netropsin binds to AT-tetrads and blocks these binding sites from YOYO-1 binding which results in lower fluorescence intensity from AT-rich regions of the DNA. We thus obtain a DNA barcode that is dark in AT-rich regions and bright in GC-rich regions with kilobasepair resolution. We demonstrate the versatility of the method by obtaining a barcode on DNA from the phage T4 that captures its circular permutation and agrees well with its known sequence.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Persson, Fredrik,1979Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för fysik (GU),Department of Physics (GU),Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology,Uppsala universitet,Uppsala University,Beräknings- och systembiologi(Swepub:uu)frepe558 (författare)
  • Berg, J.Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology (författare)
  • Bergström, Johanna,1988Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology(Swepub:cth)johbergs (författare)
  • Fransson, EmelieChalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology(Swepub:cth)femelie (författare)
  • Olsson, Lisbeth,1963Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology(Swepub:cth)lisbetho (författare)
  • Persson, M.Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology (författare)
  • Stålnacke, Antti,1988Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology(Swepub:cth)anttis (författare)
  • Wigenius, Jens,1975Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology(Swepub:cth)gu98jean (författare)
  • Tegenfeldt, Jonas O.Lund University,Lunds universitet,Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för fysik (GU),Department of Physics (GU),University of Gothenburg,Fasta tillståndets fysik,Fysiska institutionen,Institutioner vid LTH,Lunds Tekniska Högskola,Solid State Physics,Department of Physics,Departments at LTH,Faculty of Engineering, LTH(Swepub:lu)ftf-jte (författare)
  • Westerlund, Fredrik,1978Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology(Swepub:cth)fredrikw (författare)
  • Olsson, Linnea (författare)
  • Chalmers tekniska högskolaInstitutionen för fysik (GU) (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:Biochemical and Biophysical Research Communications - BBRC: Elsevier BV417:1, s. 404-4080006-291X1090-2104

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy