Nuclear ribosomal internal transcribed spacer (ITS) region as a universal DNA barcode marker for Fungi

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Sökning: WFRF:(Eberhardt U) > (2010-2014) > Nuclear ribosomal i...

1 av 22
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Schoch, CL (författare)

Nuclear ribosomal internal transcribed spacer (ITS) region as a universal DNA barcode marker for Fungi

Artikel/kapitelEngelska2012

Förlag, utgivningsår, omfång ...

2012-03-27
Proceedings of the National Academy of Sciences,2012

Nummerbeteckningar

LIBRIS-ID:oai:gup.ub.gu.se/156845
https://gup.ub.gu.se/publication/156845URI
https://doi.org/10.1073/pnas.1117018109DOI

Kompletterande språkuppgifter

Språk:engelska

Ingår i deldatabas

SwePubSwePub

Klassifikation

Ämneskategori:ref swepub-contenttype
Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

Six DNA regions were evaluated as potential DNA barcodes for Fungi, the second largest kingdom of eukaryotic life, by a multinational, multilaboratory consortium. The region of the mitochondrial cytochrome c oxidase subunit 1 used as the animal barcode was excluded as a potential marker, because it is difficult to amplify in fungi, often includes large introns, and can be insufficiently variable. Three subunits from the nuclear ribosomal RNA cistron were compared together with regions of three representative protein-coding genes (largest subunit of RNA polymerase II, second largest subunit of RNA polymerase II, and minichromosome maintenance protein). Although the protein-coding gene regions often had a higher percent of correct identification compared with ribosomal markers, low PCR amplification and sequencing success eliminated them as candidates for a universal fungal barcode. Among the regions of the ribosomal cistron, the internal transcribed spacer (ITS) region has the highest probability of successful identification for the broadest range of fungi, with the most clearly defined barcode gap between inter- and intraspecific variation. The nuclear ribosomal large subunit, a popular phylogenetic marker in certain groups, had superior species resolution in some taxonomic groups, such as the early diverging lineages and the ascomycete yeasts, but was otherwise slightly inferior to the ITS. The nuclear ribosomal small subunit has poor species-level resolution in fungi. ITS will be formally proposed for adoption as the primary fungal barcode marker to the Consortium for the Barcode of Life, with the possibility that supplementary barcodes may be developed for particular narrowly circumscribed taxonomic groups.

Ämnesord och genrebeteckningar

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper Mikrobiologi inom det medicinska området hsv//swe
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES Basic Medicine Microbiology in the medical area hsv//eng
NATURVETENSKAP Biologi Biologisk systematik hsv//swe
NATURAL SCIENCES Biological Sciences Biological Systematics hsv//eng
NATURVETENSKAP Biologi Mikrobiologi hsv//swe
NATURAL SCIENCES Biological Sciences Microbiology hsv//eng
NATURVETENSKAP Biologi Bioinformatik och systembiologi hsv//swe
NATURAL SCIENCES Biological Sciences Bioinformatics and Systems Biology hsv//eng
NATURVETENSKAP Biologi Zoologi hsv//swe
NATURAL SCIENCES Biological Sciences Zoology hsv//eng
Fungi ; barcoding ; ITS

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

Seifert, KA (författare)
Huhndorf, S (författare)
Robert, Vincent (författare)
Spouge, JL (författare)
Levesque, CA (författare)
Chen, W (författare)
Bolchacova, E (författare)
Voigt, K (författare)
Crous, PW (författare)
Miller, AN (författare)
Wingfield, MJ (författare)
Aime, MC (författare)
An, KD (författare)
Bai, FY (författare)
Barreto, RW (författare)
Begerow, D (författare)
Bergeron, MJ (författare)
Blackwell, M (författare)
Boekhout, T (författare)
Bogale, M (författare)
Boonyuen, N (författare)
Burgaz, AR (författare)
Buyck, B (författare)
Cai, L (författare)
Cai, Q (författare)
Cardinali, G (författare)
Chaverri, P (författare)
Coppins, BJ (författare)
Crespo, A (författare)
Cubas, P (författare)
Cummings, C (författare)
Damm, U (författare)
de Beer, ZW (författare)
de Hoog, GS (författare)
Del-Prado, R (författare)
Dentinger, B (författare)
Diéguez-Uribeondo, J (författare)
Divakar, PK (författare)
Douglas, B (författare)
Dueñas, M (författare)
Duong, TA (författare)
Eberhardt, U (författare)
Edwards, JE (författare)
Elshahed, MS (författare)
Fliegerova, K (författare)
Furtado, M (författare)
García, M (författare)
Ge, ZW (författare)
Griffith, GW (författare)
Griffiths, K (författare)
Groenewald, JZ (författare)
Groenewald, M (författare)
Grube, M (författare)
Gryzenhout, M (författare)
Guo, LD (författare)
Hagen, F (författare)
Hambleton, S (författare)
Hamelin, RC (författare)
Hansen, K (författare)
Harrold, P (författare)
Heller, G (författare)
Herrera, C (författare)
Hirayama, K (författare)
Hirooka, Y (författare)
Ho, HM (författare)
Hoffmann, K (författare)
Hofstetter, V (författare)
Högnabba, F (författare)
Hollingsworth, PM (författare)
Hong, SB (författare)
Hosaka, K (författare)
Houbraken, J (författare)
Hughes, K (författare)
Huhtinen, S (författare)
Hyde, KD (författare)
James, T (författare)
Johnson, EM (författare)
Johnson, JE (författare)
Johnston, PR (författare)
Jones, EB (författare)
Kelly, LJ (författare)
Kirk, PM (författare)
Knapp, DG (författare)
Kõljalg, U (författare)
Kovács, GM (författare)
Kurtzman, CP (författare)
Landvik, S (författare)
Leavitt, SD (författare)
Liggenstoffer, AS (författare)
Liimatainen, K (författare)
Lombard, L (författare)
Luangsa-Ard, JJ (författare)
Lumbsch, HT (författare)
Maganti, H (författare)
Maharachchikumbura, SS (författare)
Martin, MP (författare)
May, TW (författare)
McTaggart, AR (författare)
Methven, AS (författare)
Meyer, W (författare)
Moncalvo, J-M (författare)
Mongkolsamrit, S (författare)
Nagy, LG (författare)
Nilsson, R. Henrik,1976Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biologi och miljövetenskap,Department of Biological and Environmental Sciences(Swepub:gu)xnihen (författare)
Niskanen, T (författare)
Nyilasi, I (författare)
Okada, G (författare)
Okane, I (författare)
Olariaga, I (författare)
Otte, J (författare)
Papp, T (författare)
Park, D (författare)
Petkovits, T (författare)
Pino-Bodas, R (författare)
Quaedvlieg, W (författare)
Raja, HA (författare)
Redecker, D (författare)
Rintoul, TL (författare)
Ruibal, C (författare)
Sarmiento-Ramírez, JM (författare)
Schmitt, I (författare)
Schüßler, A (författare)
Shearer, C (författare)
Sotome, K (författare)
Stefani, FO (författare)
Stenroos, S (författare)
Stielow, B (författare)
Stockinger, H (författare)
Suetrong, S (författare)
Suh, SO (författare)
Sung, GH (författare)
Suzuki, M (författare)
Tanaka, K (författare)
Tedersoo, L (författare)
Telleria, MT (författare)
Tretter, E (författare)
Untereiner, WA (författare)
Urbina, H (författare)
Vágvölgyi, C (författare)
Vialle, A (författare)
Vu, TD (författare)
Walther, G (författare)
Wang, QM (författare)
Wang, Y (författare)
Weir, BS (författare)
Weiß, M (författare)
White, MM (författare)
Xu, J (författare)
Yahr, R (författare)
Yang, ZL (författare)
Yurkov, A (författare)
Zamora, JC (författare)
Zhang, N (författare)
Zhuang, WY (författare)
Schindel, D (författare)
Göteborgs universitetInstitutionen för biologi och miljövetenskap (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

Ingår i:Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America: Proceedings of the National Academy of Sciences109:16, s. 6241-62461091-6490
Ingår i:Proceedings of the National Academy of Sciences: Proceedings of the National Academy of Sciences109:16, s. 6241-62460027-8424

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

1 av 22
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Schoch, CL; Seifert, KA; Huhndorf, S; Robert, Vincent; Spouge, JL; Levesque, CA; visa fler...; Chen, W; Bolchacova, E; Voigt, K; Crous, PW; Miller, AN; Wingfield, MJ; Aime, MC; An, KD; Bai, FY; Barreto, RW; Begerow, D; Bergeron, MJ; Blackwell, M; Boekhout, T; Bogale, M; Boonyuen, N; Burgaz, AR; Buyck, B; Cai, L; Cai, Q; Cardinali, G; Chaverri, P; Coppins, BJ; Crespo, A; Cubas, P; Cummings, C; Damm, U; de Beer, ZW; de Hoog, GS; Del-Prado, R; Dentinger, B; Diéguez-Uribeond ...; Divakar, PK; Douglas, B; Dueñas, M; Duong, TA; Eberhardt, U; Edwards, JE; Elshahed, MS; Fliegerova, K; Furtado, M; García, M; Ge, ZW; Griffith, GW; Griffiths, K; Groenewald, JZ; Groenewald, M; Grube, M; Gryzenhout, M; Guo, LD; Hagen, F; Hambleton, S; Hamelin, RC; Hansen, K; Harrold, P; Heller, G; Herrera, C; Hirayama, K; Hirooka, Y; Ho, HM; Hoffmann, K; Hofstetter, V; Högnabba, F; Hollingsworth, P ...; Hong, SB; Hosaka, K; Houbraken, J; Hughes, K; Huhtinen, S; Hyde, KD; James, T; Johnson, EM; Johnson, JE; Johnston, PR; Jones, EB; Kelly, LJ; Kirk, PM; Knapp, DG; Kõljalg, U; Kovács, GM; Kurtzman, CP; Landvik, S; Leavitt, SD; Liggenstoffer, A ...; Liimatainen, K; Lombard, L; Luangsa-Ard, JJ; Lumbsch, HT; Maganti, H; Maharachchikumbu ...; Martin, MP; May, TW; McTaggart, AR; Methven, AS; Meyer, W; Moncalvo, J-M; Mongkolsamrit, S; Nagy, LG; Nilsson, R. Henr ...; Niskanen, T; Nyilasi, I; Okada, G; Okane, I; Olariaga, I; Otte, J; Papp, T; Park, D; Petkovits, T; Pino-Bodas, R; Quaedvlieg, W; Raja, HA; Redecker, D; Rintoul, TL; Ruibal, C; Sarmiento-Ramíre ...; Schmitt, I; Schüßler, A; Shearer, C; Sotome, K; Stefani, FO; Stenroos, S; Stielow, B; Stockinger, H; Suetrong, S; Suh, SO; Sung, GH; Suzuki, M; Tanaka, K; Tedersoo, L; Telleria, MT; Tretter, E; Untereiner, WA; Urbina, H; Vágvölgyi, C; Vialle, A; Vu, TD; Walther, G; Wang, QM; Wang, Y; Weir, BS; Weiß, M; White, MM; Xu, J; Yahr, R; Yang, ZL; Yurkov, A; Zamora, JC; Zhang, N; Zhuang, WY; Schindel, D; visa färre...

Om ämnet

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP: MEDICIN OCH HÄLS ...; och Medicinska och f ...; och Mikrobiologi ino ...

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Biologisk system ...

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Mikrobiologi

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Bioinformatik oc ...

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Zoologi

Artiklar i publikationen: Proceedings of t ...; Proceedings of t ...

Av lärosätet: Göteborgs universitet

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se