SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

WFRF:(Ovaskainen Otso)
 

Sökning: WFRF:(Ovaskainen Otso) > (2012-2014) > Five simple guideli...

  • Nilsson, R. Henrik,1976Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biologi och miljövetenskap,Department of Biological and Environmental Sciences,University of Gothenburg (författare)

Five simple guidelines for establishing basic authenticity and reliability of newly generated fungal ITS sequences

  • Artikel/kapitelEngelska2012

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • 2012-09-05
  • Pensoft Publishers,2012
  • electronicrdacarrier

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:gup.ub.gu.se/162962
  • https://gup.ub.gu.se/publication/162962URI
  • https://doi.org/10.3897/mycokeys.4.3606DOI
  • https://research.chalmers.se/publication/162962URI
  • https://gup.ub.gu.se/publication/336227URI
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-239223URI
  • https://gup.ub.gu.se/publication/261764URI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype
  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

  • Molecular data form an important research tool in most branches of mycology. A non-trivial proportion of the public fungal DNA sequences are, however, compromised in terms of quality and reliability, contributing noise and bias to sequence-borne inferences such as phylogenetic analysis, diversity assessment, and barcoding. In this paper we discuss various aspects and pitfalls of sequence quality assessment. Based on our observations, we provide a set of guidelines to assist in manual quality management of newly generated, near-full-length (Sanger-derived) fungal ITS sequences and to some extent also sequences of shorter read lengths, other genes or markers, and groups of organisms. The guidelines are intentionally non-technical and do not require substantial bioinformatics skills or significant computational power. Despite their simple nature, we feel they would have caught the vast majority of the severely compromised ITS sequences in the public corpus. Our guidelines are nevertheless not infallible, and common sense and intuition remain important elements in the pursuit of compromised sequence data. The guidelines focus on basic sequence authenticity and reliability of the newly generated sequences, and the user may want to consider additional resources and steps to accomplish the best possible quality control. A discussion on the technical resources for further sequence quality management is therefore provided in the supplementary material.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Tedersoo, Leho (författare)
  • Abarenkov, Kessy (författare)
  • Ryberg, Martin,1976 (författare)
  • Kristiansson, Erik,1978Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för matematiska vetenskaper, matematisk statistik,Department of Mathematical Sciences, Mathematical Statistics,University of Gothenburg,Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology(Swepub:cth)erikkr (författare)
  • Hartmann, Martin (författare)
  • Schoch, Conrad L. (författare)
  • Nylander, Johan A. A. (författare)
  • Bergsten, Johannes (författare)
  • Porter, Teresita M. (författare)
  • Jumpponen, Ari (författare)
  • Vaishampayan, Parag (författare)
  • Ovaskainen, Otso (författare)
  • Hallenberg, Nils,1947Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biologi och miljövetenskap,Department of Biological and Environmental Sciences,University of Gothenburg(Swepub:gu)xhalln (författare)
  • Bengtsson-Palme, Johan,1985Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för neurovetenskap och fysiologi, sektionen för fysiologi,Institute of Neuroscience and Physiology, Department of Physiology,University of Gothenburg(Swepub:gu)xbengg (författare)
  • Eriksson, Martin,1970Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biologi och miljövetenskap,Department of Biological and Environmental Sciences,University of Gothenburg(Swepub:gu)xemarp (författare)
  • Larsson, Karl-Henrik,1948 (författare)
  • Larsson, Ellen,1961Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biologi och miljövetenskap,Department of Biological and Environmental Sciences,University of Gothenburg(Swepub:gu)xlaell (författare)
  • Kõljalg, Urmas (författare)
  • Schoch, G. (författare)
  • Göteborgs universitetInstitutionen för biologi och miljövetenskap (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:MycoKeys: Pensoft Publishers4, s. 37-631314-40571314-4049

Internetlänk

Hitta via bibliotek

  • MycoKeys (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy