Sökning: AMNE:(NATURAL SCIENCES) AMNE:(Biological Sciences) AMNE:(Microbiology) >
Fungal community an...
Fungal community analysis by high-throughput sequencing of amplified markers – a user's guide
-
- Lindahl, Björn (författare)
- Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för skoglig mykologi och patologi,Department of Forest Mycology and Pathology
-
- Nilsson, R. Henrik, 1976 (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biologi och miljövetenskap,Department of Biological and Environmental Sciences
-
Tedersoo, Leho (författare)
-
visa fler...
-
Abarenkov, Kessy (författare)
-
Carlsen, Tor (författare)
-
Kjøller, Rasmus (författare)
-
Kõljalg, Urmas (författare)
-
Pennanen, Taina (författare)
-
Rosendahl, Søren (författare)
-
- Stenlid, Jan (författare)
- Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Department of Forest Mycology and Plant Pathology
-
Kauserud, Håvard (författare)
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
-
- 2013-03-28
- 2013
- Engelska.
-
Ingår i: New Phytologist. - : Wiley. - 0028-646X .- 1469-8137. ; 199:1, s. 288-299
- Relaterad länk:
-
https://nph.onlineli...
-
visa fler...
-
https://pub.epsilon.... (primary) (Raw object) (free)
-
https://gup.ub.gu.se...
-
https://doi.org/10.1...
-
https://res.slu.se/i...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- * Novel high-throughput sequencing methods outperform earlier approaches in terms of resolution and magnitude. They enable identification and relative quantification of community members and offer new insights into fungal community ecology. These methods are currently taking over as the primary tool to assess fungal communities of plant-associated endophytes, pathogens, and mycorrhizal symbionts, as well as free-living saprotrophs. * Taking advantage of the collective experience of six research groups, we here review the different stages involved in fungal community analysis, from field sampling via laboratory procedures to bioinformatics and data interpretation. We discuss potential pitfalls, alternatives, and solutions. * Highlighted topics are challenges involved in: obtaining representative DNA/RNA samples and replicates that encompass the targeted variation in community composition, selection of marker regions and primers, options for amplification and multiplexing, handling of sequencing errors, and taxonomic identification. * Without awareness of methodological biases, limitations of markers, and bioinformatics challenges, large-scale sequencing projects risk yielding artificial results and misleading conclusions.
Ämnesord
- LANTBRUKSVETENSKAPER -- Lantbruksvetenskap, skogsbruk och fiske -- Markvetenskap (hsv//swe)
- AGRICULTURAL SCIENCES -- Agriculture, Forestry and Fisheries -- Soil Science (hsv//eng)
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Mikrobiologi inom det medicinska området (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Basic Medicine -- Microbiology in the medical area (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Biologisk systematik (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Biological Systematics (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Ekologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Ecology (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Bioinformatik och systembiologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Bioinformatics and Systems Biology (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Botanik (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Botany (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Mikrobiologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Microbiology (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Biokemi och molekylärbiologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Biochemistry and Molecular Biology (hsv//eng)
Nyckelord
- 454-pyrosequencing; bioinformatics; barcoding; environmental sequencing; internal transcribed spacer (ITS) region; PCR
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- for (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Lindahl, Björn
-
Nilsson, R. Henr ...
-
Tedersoo, Leho
-
Abarenkov, Kessy
-
Carlsen, Tor
-
Kjøller, Rasmus
-
visa fler...
-
Kõljalg, Urmas
-
Pennanen, Taina
-
Rosendahl, Søren
-
Stenlid, Jan
-
Kauserud, Håvard
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- LANTBRUKSVETENSKAPER
-
LANTBRUKSVETENSK ...
-
och Lantbruksvetensk ...
-
och Markvetenskap
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Medicinska och f ...
-
och Mikrobiologi ino ...
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Biologisk system ...
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Ekologi
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Bioinformatik oc ...
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Botanik
-
visa fler...
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Mikrobiologi
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Biokemi och mole ...
-
visa färre...
- Artiklar i publikationen
-
New Phytologist
- Av lärosätet
-
Göteborgs universitet
-
Sveriges Lantbruksuniversitet