Fungal community analysis by high-throughput sequencing of amplified markers – a user's guide

Lindahl, BjörnSwedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för skoglig mykologi och patologi,Department of Forest Mycology and Pathology (författare)

* Novel high-throughput sequencing methods outperform earlier approaches in terms of resolution and magnitude. They enable identification and relative quantification of community members and offer new insights into fungal community ecology. These methods are currently taking over as the primary tool to assess fungal communities of plant-associated endophytes, pathogens, and mycorrhizal symbionts, as well as free-living saprotrophs. * Taking advantage of the collective experience of six research groups, we here review the different stages involved in fungal community analysis, from field sampling via laboratory procedures to bioinformatics and data interpretation. We discuss potential pitfalls, alternatives, and solutions. * Highlighted topics are challenges involved in: obtaining representative DNA/RNA samples and replicates that encompass the targeted variation in community composition, selection of marker regions and primers, options for amplification and multiplexing, handling of sequencing errors, and taxonomic identification. * Without awareness of methodological biases, limitations of markers, and bioinformatics challenges, large-scale sequencing projects risk yielding artificial results and misleading conclusions.

Nilsson, R. Henrik,1976Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biologi och miljövetenskap,Department of Biological and Environmental Sciences(Swepub:gu)xnihen (författare)
Tedersoo, Leho (författare)
Abarenkov, Kessy (författare)
Carlsen, Tor (författare)
Kjøller, Rasmus (författare)
Kõljalg, Urmas (författare)
Pennanen, Taina (författare)
Rosendahl, Søren (författare)
Stenlid, JanSwedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Department of Forest Mycology and Plant Pathology(Swepub:slu)46689 (författare)
Kauserud, Håvard (författare)
Sveriges lantbruksuniversitetInstitutionen för skoglig mykologi och patologi (creator_code:org_t)
Sveriges lantbruksuniversitet

Av författaren/redakt...: Lindahl, Björn; Nilsson, R. Henr ...; Tedersoo, Leho; Abarenkov, Kessy; Carlsen, Tor; Kjøller, Rasmus; visa fler...; Kõljalg, Urmas; Pennanen, Taina; Rosendahl, Søren; Stenlid, Jan; Kauserud, Håvard; visa färre...

Om ämnet

LANTBRUKSVETENSKAPER: LANTBRUKSVETENSK ...; och Lantbruksvetensk ...; och Markvetenskap

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP: MEDICIN OCH HÄLS ...; och Medicinska och f ...; och Mikrobiologi ino ...

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.