Finding needles in haystacks: linking scientific names, reference specimens and molecular data for Fungi

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Tyck till om SwePub Sök här!

Sökning: WFRF:(Powell J) > Naturhistoriska riksmuseet > Finding needles in ...

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Schoch, Conrad L. (författare)

Finding needles in haystacks: linking scientific names, reference specimens and molecular data for Fungi

Artikel/kapitelEngelska2014

Förlag, utgivningsår, omfång ...

2014-06-30
Oxford University Press (OUP),2014
electronicrdacarrier

Nummerbeteckningar

LIBRIS-ID:oai:gup.ub.gu.se/200027
https://gup.ub.gu.se/publication/200027URI
https://doi.org/10.1093/database/bau061DOI
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:nrm:diva-1107URI

Kompletterande språkuppgifter

Språk:engelska

Ingår i deldatabas

SwePubSwePub

Klassifikation

Ämneskategori:ref swepub-contenttype
Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

DNA phylogenetic comparisons have shown that morphology-based species recognition often underestimates fungal diversity. Therefore, the need for accurate DNA sequence data, tied to both correct taxonomic names and clearly annotated specimen data, has never been greater. Furthermore, the growing number of molecular ecology and microbiome projects using high-throughput sequencing require fast and effective methods for en masse species assignments. In this article, we focus on selecting and re-annotating a set of marker reference sequences that represent each currently accepted order of Fungi. The particular focus is on sequences from the internal transcribed spacer region in the nuclear ribosomal cistron, derived from type specimens and/or ex-type cultures. Re-annotated and verified sequences were deposited in a curated public database at the National Center for Biotechnology Information (NCBI), namely the RefSeq Targeted Loci (RTL) database, and will be visible during routine sequence similarity searches with NR_prefixed accession numbers. A set of standards and protocols is proposed to improve the data quality of new sequences, and we suggest how type and other reference sequences can be used to improve identification of Fungi.

Ämnesord och genrebeteckningar

LANTBRUKSVETENSKAPER Lantbruksvetenskap, skogsbruk och fiske Markvetenskap hsv//swe
AGRICULTURAL SCIENCES Agriculture, Forestry and Fisheries Soil Science hsv//eng
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper Mikrobiologi inom det medicinska området hsv//swe
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES Basic Medicine Microbiology in the medical area hsv//eng
NATURVETENSKAP Biologi Biologisk systematik hsv//swe
NATURAL SCIENCES Biological Sciences Biological Systematics hsv//eng
NATURVETENSKAP Biologi Ekologi hsv//swe
NATURAL SCIENCES Biological Sciences Ecology hsv//eng
NATURVETENSKAP Biologi Bioinformatik och systembiologi hsv//swe
NATURAL SCIENCES Biological Sciences Bioinformatics and Systems Biology hsv//eng
NATURVETENSKAP Biologi Botanik hsv//swe
NATURAL SCIENCES Biological Sciences Botany hsv//eng
NATURVETENSKAP Biologi Mikrobiologi hsv//swe
NATURAL SCIENCES Biological Sciences Microbiology hsv//eng
NATURVETENSKAP Data- och informationsvetenskap Systemvetenskap, informationssystem och informatik hsv//swe
NATURAL SCIENCES Computer and Information Sciences Information Systems hsv//eng
NATURVETENSKAP Data- och informationsvetenskap Datavetenskap hsv//swe
NATURAL SCIENCES Computer and Information Sciences Computer Sciences hsv//eng
Diversity of life

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

Robbertse, Barbara (författare)
Robert, Vincent (författare)
Vu, Duong (författare)
Cardinali, Gianluigi (författare)
Irinyi, Laszlo (författare)
Meyer, Wieland (författare)
Nilsson, R. Henrik,1976Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biologi och miljövetenskap,Department of Biological and Environmental Sciences(Swepub:gu)xnihen (författare)
Hughes, Karen (författare)
Miller, Andrew N. (författare)
Kirk, Paul M. (författare)
Abarenkov, Kessy (författare)
Aime, M. Catherine (författare)
Ariyawansa, Hiran A. (författare)
Bidartondo, Martin (författare)
Boekhout, Teun (författare)
Buyck, Bart (författare)
Cai, Qing (författare)
Chen, Jie (författare)
Crespo, Ana (författare)
Crous, Pedro W. (författare)
Damm, Ulrike (författare)
Beer, Z. Wilhelm De (författare)
Dentinger, Bryn T. M. (författare)
Divakar, Pradeep K. (författare)
Dueñas, Margarita (författare)
Feau, Nicolas (författare)
Fliegerova, Katerina (författare)
García, Miguel A. (författare)
Ge, Zai-Wei (författare)
Griffith, Gareth W. (författare)
Groenewald, Johannes Z. (författare)
Groenewald, Marizeth (författare)
Grube, Martin (författare)
Gryzenhout, Marieka (författare)
Gueidan, Cécile (författare)
Guo, Liangdong (författare)
Hambleton, Sarah (författare)
Hamelin, Richard (författare)
Hansen, KarenNaturhistoriska riksmuseet,Enheten för botanik(Swepub:nrm)karehans (författare)
Hofstetter, Valérie (författare)
Hong, Seung-Beom (författare)
Houbraken, Jos (författare)
Hyde, Kevin D. (författare)
Inderbitzin, Patrik (författare)
Johnston, Peter R. (författare)
Karunarathna, Samantha C. (författare)
Kõljalg, Urmas (författare)
Kovács, Gábor M. (författare)
Kraichak, Ekaphan (författare)
Krizsan, Krisztina (författare)
Kurtzman, Cletus P. (författare)
Larsson, Karl-Henrik,1948 (författare)
Leavitt, Steven (författare)
Letcher, Peter M. (författare)
Liimatainen, Kare (författare)
Liu, Jian-Kui (författare)
Lodge, D. Jean (författare)
Luangsaard, Janet Jennifer (författare)
Lumbsch, H. Thorsten (författare)
Maharachchikumbura, Sajeewa S.N. (författare)
Manamgoda, Dimuthu (författare)
Martín, María P. (författare)
Minnis, Andrew M. (författare)
Moncalvo, Jean-Marc (författare)
Mulè, Giuseppina (författare)
Nakasone, Karen K. (författare)
Niskanen, Tuula (författare)
Olariaga, Ibai (författare)
Papp, Tamás (författare)
Petkovits, Tamás (författare)
Pino-Bodas, Raquel (författare)
Powell, Martha J. (författare)
Raja, Huzefa A. (författare)
Redecker, Dirk (författare)
Sarmiento-Ramirez, J. M. (författare)
Seifert, Keith A. (författare)
Shrestha, Bhushan (författare)
Stenroos, Soili (författare)
Stielow, Benjamin (författare)
Suh, Sung-Oui (författare)
Tanaka, Kazuaki (författare)
Tedersoo, Leho (författare)
Telleria, M. Teresa (författare)
Udayanga, Dhanushka (författare)
Untereiner, Wendy A. (författare)
Uribeondo, Javier Diéguez (författare)
Subbarao, Krishna V. (författare)
Vágvölgyi, Csaba (författare)
Visagie, Cobus (författare)
Voigt, Kerstin (författare)
Walker, Donald M. (författare)
Weir, Bevan S. (författare)
Weiß, Michael (författare)
Wijayawardene, Nalin N. (författare)
Wingfield, Michael J. (författare)
Xu, J. P. (författare)
Yang, Zhu L. (författare)
Zhang, Ning (författare)
Zhuang, Wen-ying (författare)
Federhen, Scott (författare)
Göteborgs universitetInstitutionen för biologi och miljövetenskap (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

Ingår i:Database: The Journal of Biological Databases and Curation: Oxford University Press (OUP)2014:bau061, s. 1-211758-0463

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Database: The Journal of Biological Databases and Curation (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Schoch, Conrad L ...; Robbertse, Barba ...; Robert, Vincent; Vu, Duong; Cardinali, Gianl ...; Irinyi, Laszlo; visa fler...; Meyer, Wieland; Nilsson, R. Henr ...; Hughes, Karen; Miller, Andrew N ...; Kirk, Paul M.; Abarenkov, Kessy; Aime, M. Catheri ...; Ariyawansa, Hira ...; Bidartondo, Mart ...; Boekhout, Teun; Buyck, Bart; Cai, Qing; Chen, Jie; Crespo, Ana; Crous, Pedro W.; Damm, Ulrike; Beer, Z. Wilhelm ...; Dentinger, Bryn ...; Divakar, Pradeep ...; Dueñas, Margarit ...; Feau, Nicolas; Fliegerova, Kate ...; García, Miguel A ...; Ge, Zai-Wei; Griffith, Gareth ...; Groenewald, Joha ...; Groenewald, Mari ...; Grube, Martin; Gryzenhout, Mari ...; Gueidan, Cécile; Guo, Liangdong; Hambleton, Sarah; Hamelin, Richard; Hansen, Karen; Hofstetter, Valé ...; Hong, Seung-Beom; Houbraken, Jos; Hyde, Kevin D.; Inderbitzin, Pat ...; Johnston, Peter ...; Karunarathna, Sa ...; Kõljalg, Urmas; Kovács, Gábor M.; Kraichak, Ekapha ...; Krizsan, Kriszti ...; Kurtzman, Cletus ...; Larsson, Karl-He ...; Leavitt, Steven; Letcher, Peter M ...; Liimatainen, Kar ...; Liu, Jian-Kui; Lodge, D. Jean; Luangsaard, Jane ...; Lumbsch, H. Thor ...; Maharachchikumbu ...; Manamgoda, Dimut ...; Martín, María P.; Minnis, Andrew M ...; Moncalvo, Jean-M ...; Mulè, Giuseppina; Nakasone, Karen ...; Niskanen, Tuula; Olariaga, Ibai; Papp, Tamás; Petkovits, Tamás; Pino-Bodas, Raqu ...; Powell, Martha J ...; Raja, Huzefa A.; Redecker, Dirk; Sarmiento-Ramire ...; Seifert, Keith A ...; Shrestha, Bhusha ...; Stenroos, Soili; Stielow, Benjami ...; Suh, Sung-Oui; Tanaka, Kazuaki; Tedersoo, Leho; Telleria, M. Ter ...; Udayanga, Dhanus ...; Untereiner, Wend ...; Uribeondo, Javie ...; Subbarao, Krishn ...; Vágvölgyi, Csaba; Visagie, Cobus; Voigt, Kerstin; Walker, Donald M ...; Weir, Bevan S.; Weiß, Michael; Wijayawardene, N ...; Wingfield, Micha ...; Xu, J. P.; Yang, Zhu L.; Zhang, Ning; Zhuang, Wen-ying; Federhen, Scott; visa färre...

Om ämnet

LANTBRUKSVETENSKAPER: LANTBRUKSVETENSK ...; och Lantbruksvetensk ...; och Markvetenskap

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP: MEDICIN OCH HÄLS ...; och Medicinska och f ...; och Mikrobiologi ino ...

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Biologisk system ...

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Ekologi

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Bioinformatik oc ...

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Botanik

visa fler...

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Mikrobiologi

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Data och informa ...; och Systemvetenskap ...

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Data och informa ...; och Datavetenskap

visa färre...

Artiklar i publikationen: Database: The Jo ...

Av lärosätet: Göteborgs universitet; Naturhistoriska riksmuseet

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se