Assignment of homoeologues to parental genomes in allopolyploids for species tree inference, with an example from Fumaria (Papaveraceae)

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Sökning: WFRF:(Sousa Filipe de 1982) > Assignment of homoe...

Bertrand, YannGothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biologi och miljövetenskap,Department of Biological and Environmental Sciences (författare)

Assignment of homoeologues to parental genomes in allopolyploids for species tree inference, with an example from Fumaria (Papaveraceae)

Artikel/kapitelEngelska2015

Förlag, utgivningsår, omfång ...

2015-01-20
Oxford University Press (OUP),2015

Nummerbeteckningar

LIBRIS-ID:oai:gup.ub.gu.se/211555
https://gup.ub.gu.se/publication/211555URI
https://doi.org/10.1093/sysbio/syv004DOI

Kompletterande språkuppgifter

Språk:engelska

Ingår i deldatabas

SwePubSwePub

Klassifikation

Ämneskategori:ref swepub-contenttype
Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

There is a rising awareness that species trees are best inferred from multiple loci while taking into account processes affecting individual gene trees, such as substitution model error (failure of the model to account for the complexity of the data) and coalescent stochasticity (presence of incomplete lineage sorting). Although most studies have been carried out in the context of dichotomous species trees, these processes operate also in more complex evolutionary histories involving multiple hybridizations and polyploidy. Recently, methods have been developed that accurately handle incomplete lineage sorting in allopolyploids, but they are thus far restricted to networks of diploids and tetraploids. We propose a procedure that improves on this limitation by designing a workflow that assigns homoeologues to hypothetical diploid ancestral genomes prior to genome tree construction. Conflicting assignment hypotheses are evaluated against substitution model error and coalescent stochasticity. Incongruence that cannot be explained by stochastic mechanisms needs to be explained by other processes (e.g., homoploid hybridization or paralogy). The data can then be filtered to build multilabeled genome phylogenies using inference methods that can recover species trees, either in the face of substitution model error and coalescent stochasticity alone, or while simultaneously accounting for hybridization. Methods are already available for folding the resulting multilabeled genome phylogeny into a network. We apply the workflow to the reconstruction of the reticulate phylogeny of the plant genus Fumaria (Papaveraceae) with ploidal levels ranging from 2x to 14x. We describe the challenges in recovering nuclear NRPB2 homoeologues in high ploidy species while combining in vivo cloning and direct sequencing techniques. Using parametric bootstrapping simulations we assign nuclear homoeologues and chloroplast sequences (four concatenated loci) to their common hypothetical diploid ancestral genomes. As these assignments hinge on effective population size assumptions, we investigate how varying these assumptions impacts the recovered multilabeled genome phylogeny.

Ämnesord och genrebeteckningar

NATURVETENSKAP Biologi Biologisk systematik hsv//swe
NATURAL SCIENCES Biological Sciences Biological Systematics hsv//eng
NATURVETENSKAP Biologi Botanik hsv//swe
NATURAL SCIENCES Biological Sciences Botany hsv//eng
llopolyploidy
homoeologue assignments
genome tree
substitution model error
coalescent stochasticity
coalescent simulation
incomplete lineage sorting
species phylogeny
NRDP2
Papaveraceae
Fumaria

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

Scheen, Anne-Cathrine,1972Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biologi och miljövetenskap,Department of Biological and Environmental Sciences(Swepub:gu)xschea (författare)
Marcussen, Thomas,1971Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biologi och miljövetenskap,Department of Biological and Environmental Sciences(Swepub:gu)xmarct (författare)
Pfeil, Bernard E.,1975Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biologi och miljövetenskap,Department of Biological and Environmental Sciences(Swepub:gu)xpfebe (författare)
Sousa, Filipe de,1982Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biologi och miljövetenskap,Department of Biological and Environmental Sciences(Swepub:gu)xdesfi (författare)
Oxelman, Bengt,1958Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biologi och miljövetenskap,Department of Biological and Environmental Sciences(Swepub:gu)xoxebe (författare)
Göteborgs universitetInstitutionen för biologi och miljövetenskap (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

Ingår i:Systematic Biology: Oxford University Press (OUP)64:3, s. 448-4711063-51571076-836X

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Systematic Biology (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Bertrand, Yann; Scheen, Anne-Cat ...; Marcussen, Thoma ...; Pfeil, Bernard E ...; Sousa, Filipe de ...; Oxelman, Bengt, ...

Om ämnet

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Biologisk system ...

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Botanik

Artiklar i publikationen: Systematic Biolo ...

Av lärosätet: Göteborgs universitet

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se