Metagenomic Sequencing of Marine Periphyton: Taxonomic and Functional Insights into Biofilm Communities

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Sökning: WFRF:(Sanli Kemal) > (2015) > Metagenomic Sequenc...

2 av 2
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Sanli, KemalGothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biologi och miljövetenskap,Department of Biological and Environmental Sciences,University of Gothenburg (författare)

Metagenomic Sequencing of Marine Periphyton: Taxonomic and Functional Insights into Biofilm Communities

Artikel/kapitelEngelska2015

Förlag, utgivningsår, omfång ...

2015-10-30
Frontiers Media SA,2015

Nummerbeteckningar

LIBRIS-ID:oai:gup.ub.gu.se/224888
https://gup.ub.gu.se/publication/224888URI
https://doi.org/10.3389/fmicb.2015.01192DOI
https://research.chalmers.se/publication/224888URI

Kompletterande språkuppgifter

Språk:engelska

Ingår i deldatabas

SwePubSwePub

Klassifikation

Ämneskategori:ref swepub-contenttype
Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

Periphyton communities are complex phototrophic, multispecies biofilms that develop on surfaces in aquatic environments. These communities harbor a large diversity of organisms comprising viruses, bacteria, algae, fungi, protozoans and metazoans. However, thus far the total biodiversity of periphyton has not been described. In this study, we use metagenomics to characterize periphyton communities from the marine environment of the Swedish west coast. Although we found approximately ten times more eukaryotic rRNA marker gene sequences compared to prokaryotic, the whole metagenome-based similarity searches showed that bacteria constitute the most abundant phyla in these biofilms. We show that marine periphyton encompass a range of heterotrophic and phototrophic organisms. Heterotrophic bacteria, including the majority of proteobacterial clades and Bacteroidetes, and eukaryotic macro-invertebrates were found to dominate periphyton. The phototrophic groups comprise Cyanobacteria and the alpha-proteobacterial genus Roseobacter, followed by different micro- and macro-algae. We also assess the metabolic pathways that predispose these communities to an attached lifestyle. Functional indicators of the biofilm form of life in periphyton involve genes coding for enzymes that catalyze the production and degradation of extracellular polymeric substances, mainly in the form of complex sugars such as starch and glycogen-like meshes together with chitin. Genes for 278 different transporter proteins were detected in the metagenome, constituting the most abundant protein complexes. Finally, genes encoding enzymes that participate in anaerobic pathways, such as denitrification and methanogenesis, were detected suggesting the presence of anaerobic or low-oxygen micro-zones within the biofilms.

Ämnesord och genrebeteckningar

LANTBRUKSVETENSKAPER Bioteknologi med applikationer på växter och djur hsv//swe
AGRICULTURAL SCIENCES Agricultural Biotechnology hsv//eng
TEKNIK OCH TEKNOLOGIER Miljöbioteknik hsv//swe
ENGINEERING AND TECHNOLOGY Environmental Biotechnology hsv//eng
LANTBRUKSVETENSKAPER Lantbruksvetenskap, skogsbruk och fiske Fisk- och akvakulturforskning hsv//swe
AGRICULTURAL SCIENCES Agriculture, Forestry and Fisheries Fish and Aquacultural Science hsv//eng
NATURVETENSKAP Annan naturvetenskap hsv//swe
NATURAL SCIENCES Other Natural Sciences hsv//eng
TEKNIK OCH TEKNOLOGIER Maskinteknik Farkostteknik hsv//swe
ENGINEERING AND TECHNOLOGY Mechanical Engineering Vehicle Engineering hsv//eng
NATURVETENSKAP Geovetenskap och miljövetenskap Oceanografi, hydrologi och vattenresurser hsv//swe
NATURAL SCIENCES Earth and Related Environmental Sciences Oceanography, Hydrology and Water Resources hsv//eng
NATURVETENSKAP Biologi Annan biologi hsv//swe
NATURAL SCIENCES Biological Sciences Other Biological Topics hsv//eng
NATURVETENSKAP Biologi Biologisk systematik hsv//swe
NATURAL SCIENCES Biological Sciences Biological Systematics hsv//eng
NATURVETENSKAP Biologi Ekologi hsv//swe
NATURAL SCIENCES Biological Sciences Ecology hsv//eng
NATURVETENSKAP Biologi Bioinformatik och systembiologi hsv//swe
NATURAL SCIENCES Biological Sciences Bioinformatics and Systems Biology hsv//eng
NATURVETENSKAP Biologi Mikrobiologi hsv//swe
NATURAL SCIENCES Biological Sciences Microbiology hsv//eng
NATURVETENSKAP Biologi Zoologi hsv//swe
NATURAL SCIENCES Biological Sciences Zoology hsv//eng
NATURVETENSKAP Biologi Botanik hsv//swe
NATURAL SCIENCES Biological Sciences Botany hsv//eng
NATURVETENSKAP Biologi Cellbiologi hsv//swe
NATURAL SCIENCES Biological Sciences Cell Biology hsv//eng
NATURVETENSKAP Biologi Biokemi och molekylärbiologi hsv//swe
NATURAL SCIENCES Biological Sciences Biochemistry and Molecular Biology hsv//eng
NATURVETENSKAP Geovetenskap och miljövetenskap Miljövetenskap hsv//swe
NATURAL SCIENCES Earth and Related Environmental Sciences Environmental Sciences hsv//eng
NATURVETENSKAP Data- och informationsvetenskap Bioinformatik hsv//swe
NATURAL SCIENCES Computer and Information Sciences Bioinformatics hsv//eng
NATURVETENSKAP Data- och informationsvetenskap Datavetenskap hsv//swe
NATURAL SCIENCES Computer and Information Sciences Computer Sciences hsv//eng
Shotgun metagenomics
microbial ecology
Marine biofilms
Biofouling
next generation sequencing
Shotgun sequencing
Biodiversity
pathway analysis
Biodiversity

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

Bengtsson-Palme, Johan,1985Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biomedicin, avdelningen för infektionssjukdomar,Institute of Biomedicine, Department of Infectious Medicine,University of Gothenburg(Swepub:gu)xbengg (författare)
Nilsson, R. Henrik,1976Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biologi och miljövetenskap,Department of Biological and Environmental Sciences,University of Gothenburg(Swepub:gu)xnihen (författare)
Kristiansson, Erik,1978Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för matematiska vetenskaper, matematisk statistik,Department of Mathematical Sciences, Mathematical Statistics,University of Gothenburg,Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology(Swepub:cth)erikkr (författare)
Alm Rosenblad, Magnus,1957Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för kemi och molekylärbiologi,Institutionen för marina vetenskaper,Department of Chemistry and Molecular Biology,Department of marine sciences,University of Gothenburg(Swepub:gu)xalmma (författare)
Blanck, Hans,1950Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biologi och miljövetenskap,Department of Biological and Environmental Sciences,University of Gothenburg(Swepub:gu)xblaha (författare)
Eriksson, Martin,1970Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology(Swepub:cth)marte (författare)
Göteborgs universitetInstitutionen för biologi och miljövetenskap (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

Ingår i:Frontiers in Microbiology: Frontiers Media SA6:11921664-302X

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Frontiers in Microbiology (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

2 av 2
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Sanli, Kemal; Bengtsson-Palme, ...; Nilsson, R. Henr ...; Kristiansson, Er ...; Alm Rosenblad, M ...; Blanck, Hans, 19 ...; visa fler...; Eriksson, Martin ...; visa färre...

Om ämnet

LANTBRUKSVETENSKAPER: LANTBRUKSVETENSK ...; och Bioteknologi med ...

TEKNIK OCH TEKNOLOGIER: TEKNIK OCH TEKNO ...; och Miljöbioteknik

LANTBRUKSVETENSKAPER: LANTBRUKSVETENSK ...; och Lantbruksvetensk ...; och Fisk och akvakul ...

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Annan naturveten ...

TEKNIK OCH TEKNOLOGIER: TEKNIK OCH TEKNO ...; och Maskinteknik; och Farkostteknik

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Geovetenskap och ...; och Oceanografi hydr ...

visa fler...

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Annan biologi

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Biologisk system ...

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Ekologi

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Bioinformatik oc ...

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Mikrobiologi

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Zoologi

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Botanik

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Cellbiologi

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Biologi; och Biokemi och mole ...

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Geovetenskap och ...; och Miljövetenskap

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Data och informa ...; och Bioinformatik

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Data och informa ...; och Datavetenskap

visa färre...

Artiklar i publikationen: Frontiers in Mic ...

Av lärosätet: Göteborgs universitet; Chalmers tekniska högskola

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se