The Impact of Interchain Hydrogen Bonding on b-Hairpin Stability is Readily Predicted by Molecular Dynamics Simulation

Niebling, StephanGothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för kemi och molekylärbiologi,Department of Chemistry and Molecular Biology (författare)

Peptides are frequently used model systems for protein folding. They are also gaining increased importance as therapeutics. Here, the ability of molecular dynamics (MD) simulation for describing the structure and dynamics of β-hairpin peptides was investigated, with special attention given to the impact of a single interstrand sidechain to sidechain interaction. The MD trajectories were compared to structural information gained from solution NMR. By assigning frames from restraint-free MD simulations to an intuitive hydrogen bond on/off pattern, folding ratios and folding pathways were predicted. The computed molecular model successfully reproduces the folding ratios determined by NMR, indicating that MD simulation may be straightforwardly used as a screening tool in β-hairpin design.

Danelius, EmmaGothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för kemi och molekylärbiologi,Department of Chemistry and Molecular Biology (författare)
Brath, UlrikaGothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för kemi och molekylärbiologi,Department of Chemistry and Molecular Biology(Swepub:gu)xbraul (författare)
Westenhoff, Sebastian,1978Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för kemi och molekylärbiologi,Department of Chemistry and Molecular Biology(Swepub:gu)xwests (författare)
Erdelyi, Mate,1975Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för kemi och molekylärbiologi,Department of Chemistry and Molecular Biology,organisk kemi(Swepub:uu)mateerde (författare)
Göteborgs universitetInstitutionen för kemi och molekylärbiologi (creator_code:org_t)

Av författaren/redakt...: Niebling, Stepha ...; Danelius, Emma; Brath, Ulrika; Westenhoff, Seba ...; Erdelyi, Mate, 1 ...

Om ämnet

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP: MEDICIN OCH HÄLS ...; och Medicinska och f ...; och Andra medicinska ...

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP: MEDICIN OCH HÄLS ...; och Medicinska och f ...; och Läkemedelskemi

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.