SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

WFRF:(Karlsson Johan 1984)
 

Sökning: WFRF:(Karlsson Johan 1984) > Strategies to impro...

  • Bengtsson-Palme, Johan,1985Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biomedicin, avdelningen för infektionssjukdomar,Institute of Biomedicine, Department of Infectious Medicine,University of Gothenburg (författare)

Strategies to improve usability and preserve accuracy in biological sequence databases

  • Artikel/kapitelEngelska2016

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • 2016-09-19
  • Wiley,2016

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:gup.ub.gu.se/240559
  • https://gup.ub.gu.se/publication/240559URI
  • https://doi.org/10.1002/pmic.201600034DOI
  • https://research.chalmers.se/publication/240559URI
  • http://kipublications.ki.se/Default.aspx?queryparsed=id:134431133URI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype
  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

  • Biology is increasingly dependent on large-scale analysis, such as proteomics, creating a requirement for efficient bioinformatics. Bioinformatic predictions of biological functions rely upon correctly annotated database sequences, and the presence of inaccurately annotated or otherwise poorly described sequences introduces noise and bias to biological analyses. Accurate annotations are, for example, pivotal for correct identifications of polypeptide fragments. However, standards for how sequence databases are organized and presented are currently insufficient. Here, we propose five strategies to address fundamental issues in the annotation of sequence databases: (i) to clearly separate experimentally verified and unverified sequence entries; (ii) to enable a system for tracing the origins of annotations; (iii) to separate entries with high-quality, informative annotation from less useful ones; (iv) to integrate automated quality-control software whenever such tools exist; and (v) to facilitate post-submission editing of annotations and metadata associated with sequences. We believe that implementation of these strategies, for example as requirements for publication of database papers, would enable biology to better take advantage of large-scale data.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Boulund, Fredrik,1985Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för matematiska vetenskaper, matematisk statistik,Institutionen för biomedicin,Department of Mathematical Sciences, Mathematical Statistics,Institute of Biomedicine,Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology,University of Gothenburg(Swepub:cth)boulund (författare)
  • Edström, Robert,1987Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology(Swepub:cth)edstromr (författare)
  • Feizi, Amir,1980Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology(Swepub:cth)feizi (författare)
  • Johnning, Anna,1985Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för matematiska vetenskaper,Institutionen för biomedicin,Department of Mathematical Sciences,Institute of Biomedicine,Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology,University of Gothenburg(Swepub:cth)johnning (författare)
  • Jonsson, Viktor,1987Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för matematiska vetenskaper,Department of Mathematical Sciences,University of Gothenburg,Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology(Swepub:cth)jonssonv (författare)
  • Karlsson, Fredrik,1984Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology(Swepub:cth)frekar (författare)
  • Pal, ChandanGothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biomedicin, avdelningen för infektionssjukdomar,Institute of Biomedicine, Department of Infectious Medicine,University of Gothenburg(Swepub:gu)xpalch (författare)
  • Buongermino Pereira, Mariana,1982Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för matematiska vetenskaper, matematisk statistik,Institutionen för biomedicin,Department of Mathematical Sciences, Mathematical Statistics,Institute of Biomedicine,Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology,University of Gothenburg(Swepub:cth)marbuo (författare)
  • Rehammar, Anna,1978Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för matematiska vetenskaper, matematisk statistik,Department of Mathematical Sciences, Mathematical Statistics,University of Gothenburg,Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology(Swepub:cth)kb00laan (författare)
  • Sánchez, José,1979Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för matematiska vetenskaper,Core Facilities, Bioinformatics,Department of Mathematical Sciences,Core Facilities, Bioinformatics,Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology,University of Gothenburg(Swepub:cth)sanchezj (författare)
  • Sanli, KemalGothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biologi och miljövetenskap,Department of Biological and Environmental Sciences,University of Gothenburg(Swepub:cth)sanli (författare)
  • Thorell, Kaisa,1983Karolinska Institutet(Swepub:cth)thorellk (författare)
  • Göteborgs universitetInstitutionen för biomedicin, avdelningen för infektionssjukdomar (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:Proteomics: Wiley16:18, s. 2454-24601615-98531615-9861

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy