LBH Gene Transcription Regulation by the Interplay of an Enhancer Risk Allele and DNA Methylation in Rheumatoid Arthritis

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Sökning: WFRF:(Ekwall Anna Karin H) > (2015-2019) > LBH Gene Transcript...

3 av 3
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Hammaker, D. (författare)

LBH Gene Transcription Regulation by the Interplay of an Enhancer Risk Allele and DNA Methylation in Rheumatoid Arthritis

Artikel/kapitelEngelska2016

Förlag, utgivningsår, omfång ...

2016-10-27
Wiley,2016

Nummerbeteckningar

LIBRIS-ID:oai:gup.ub.gu.se/246142
https://gup.ub.gu.se/publication/246142URI
https://doi.org/10.1002/art.39746DOI

Kompletterande språkuppgifter

Språk:engelska

Ingår i deldatabas

SwePubSwePub

Klassifikation

Ämneskategori:ref swepub-contenttype
Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

ObjectiveTo identify nonobvious therapeutic targets for rheumatoid arthritis (RA), we performed an integrative analysis incorporating multiple omics data and the Encyclopedia of DNA Elements (ENCODE) database for potential regulatory regions. This analysis identified the limb bud and heart development (LBH) gene, which has risk alleles associated with RA/celiac disease and lupus, and can regulate cell proliferation in RA. We identified a novel LBH transcription enhancer with an RA risk allele (rs906868 G [Ref]/T) 6 kb upstream of the LBH gene with a differentially methylated locus. The confluence of 3 regulatory elements, rs906868, an RA differentially methylated locus, and a putative enhancer, led us to investigate their effects on LBH regulation in fibroblast-like synoviocytes (FLS). MethodsWe cloned the 1.4-kb putative enhancer with either the rs906868 Ref allele or single-nucleotide polymorphism (SNP) variant into reporter constructs. The constructs were methylated in vitro and transfected into cultured FLS by nucleofection. ResultsWe found that both variants increased transcription, thereby confirming the region's enhancer function. Unexpectedly, the transcriptional activity of the Ref risk allele was significantly lower than that of the SNP variant and is consistent with low LBH levels as a risk factor for aggressive FLS behavior. Using RA FLS lines with a homozygous Ref or SNP allele, we confirmed that homozygous Ref lines expressed lower LBH messenger RNA levels than did the SNP lines. Methylation significantly reduced enhancer activity for both alleles, indicating that enhancer function is dependent on its methylation status. ConclusionThis study shows how the interplay between genetics and epigenetics can affect expression of LBH in RA.

Ämnesord och genrebeteckningar

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP Klinisk medicin Reumatologi och inflammation hsv//swe
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES Clinical Medicine Rheumatology and Autoimmunity hsv//eng
epigenome-wide association
synovial fibroblasts
methylome signature
genome
variants
disease
expression
pcr
Rheumatology

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

Whitaker, J. W. (författare)
Maeshima, K. (författare)
Boyle, D. L. (författare)
Ekwall, Anna-Karin HGothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för medicin, avdelningen för reumatologi och inflammationsforskning,Institute of Medicine, Department of Rheumatology and Inflammation Research(Swepub:gu)xhannp (författare)
Wang, W. (författare)
Firestein, G. S. (författare)
Göteborgs universitetInstitutionen för medicin, avdelningen för reumatologi och inflammationsforskning (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

Ingår i:Arthritis & Rheumatology: Wiley68:11, s. 2637-26452326-5191

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Arthritis & Rheumatology (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

3 av 3
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Hammaker, D.; Whitaker, J. W.; Maeshima, K.; Boyle, D. L.; Ekwall, Anna-Kar ...; Wang, W.; visa fler...; Firestein, G. S.; visa färre...

Om ämnet

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP: MEDICIN OCH HÄLS ...; och Klinisk medicin; och Reumatologi och ...

Artiklar i publikationen: Arthritis & Rheu ...

Av lärosätet: Göteborgs universitet

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se