SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

WFRF:(Biermann Jana)
 

Sökning: WFRF:(Biermann Jana) > (2018) > Genome-wide multi-o...

  • Parris, Toshima Z,1978Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för kliniska vetenskaper, Avdelningen för onkologi,Institute of Clinical Sciences, Department of Oncology (författare)

Genome-wide multi-omics profiling of the 8p11-p12 amplicon in breast carcinoma.

  • Artikel/kapitelEngelska2018

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • 2018-05-08
  • Impact Journals, LLC,2018

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:gup.ub.gu.se/268169
  • https://gup.ub.gu.se/publication/268169URI
  • https://doi.org/10.18632/oncotarget.25329DOI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype
  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

  • Genomic instability contributes to the neoplastic phenotype by deregulating key cancer-related genes, which in turn can have a detrimental effect on patient outcome. DNA amplification of the 8p11-p12 genomic region has clinical and biological implications in multiple malignancies, including breast carcinoma where the amplicon has been associated with tumor progression and poor prognosis. However, oncogenes driving increased cancer-related death and recurrent genetic features associated with the 8p11-p12 amplicon remain to be identified. In this study, DNA copy number and transcriptome profiling data for 229 primary invasive breast carcinomas (corresponding to 185 patients) were evaluated in conjunction with clinicopathological features to identify putative oncogenes in 8p11-p12 amplified samples. Illumina paired-end whole transcriptome sequencing and whole-genome SNP genotyping were subsequently performed on 23 samples showing high-level regional 8p11-p12 amplification to characterize recurrent genetic variants (SNPs and indels), expressed gene fusions, gene expression profiles and allelic imbalances. We now show previously undescribed chromothripsis-like patterns spanning the 8p11-p12 genomic region and allele-specific DNA amplification events. In addition, recurrent amplification-specific genetic features were identified, including genetic variants in the HIST1H1E and UQCRHL genes and fusion transcripts containing MALAT1 non-coding RNA, which is known to be a prognostic indicator for breast cancer and stimulated by estrogen. In summary, these findings highlight novel candidate targets for improved treatment of 8p11-p12 amplified breast carcinomas.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Werner Rönnerman, Elisabeth,1970Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för kliniska vetenskaper, Avdelningen för onkologi,Institute of Clinical Sciences, Department of Oncology(Swepub:gu)xwerel (författare)
  • Engqvist, Hanna,1985Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för kliniska vetenskaper, Avdelningen för onkologi,Institute of Clinical Sciences, Department of Oncology(Swepub:gu)xengha (författare)
  • Biermann, JanaGothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för kliniska vetenskaper, Avdelningen för onkologi,Institute of Clinical Sciences, Department of Oncology(Swepub:gu)xbieja (författare)
  • Truvé, KatarinaGothenburg University,Göteborgs universitet,Core Facilities, Bioinformatics,Core Facilities, Bioinformatics(Swepub:gu)xtruka (författare)
  • Nemes, Szilard,1977Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för kliniska vetenskaper, Avdelningen för ortopedi,Institute of Clinical Sciences, Department of Orthopaedics(Swepub:gu)xnemsz (författare)
  • Forssell-Aronsson, Eva,1961Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för kliniska vetenskaper, Avdelningen för radiofysik,Institute of Clinical Sciences, Department of Radiation Physics(Swepub:gu)xforev (författare)
  • Solinas, GiovanniGothenburg University,Göteborgs universitet,Wallenberglaboratoriet,Wallenberg Laboratory(Swepub:gu)xsolgi (författare)
  • Kovács, Anikó (författare)
  • Karlsson, Per,1963Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för kliniska vetenskaper, Avdelningen för onkologi,Institute of Clinical Sciences, Department of Oncology(Swepub:gu)xkperd (författare)
  • Helou, Khalil,1966Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för kliniska vetenskaper, Avdelningen för onkologi,Institute of Clinical Sciences, Department of Oncology(Swepub:gu)xhelkh (författare)
  • Göteborgs universitetInstitutionen för kliniska vetenskaper, Avdelningen för onkologi (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:Oncotarget: Impact Journals, LLC9:35, s. 24140-241541949-2553

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy