SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

WFRF:(Ahuja Gaurav)
 

Sökning: WFRF:(Ahuja Gaurav) > (2015-2019) > Detection of RNA-DN...

Detection of RNA-DNA binding sites in long noncoding RNAs.

Kuo, Chao-Chung (författare)
Hänzelmann, Sonja (författare)
Sentürk Cetin, Nevcin (författare)
visa fler...
Frank, Stefan (författare)
Zajzon, Barna (författare)
Derks, Jens-Peter (författare)
Akhade, Vijay Suresh (författare)
Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biomedicin, avdelningen för medicinsk kemi och cellbiologi,Institute of Biomedicine, Department of Medical Biochemistry and Cell Biology
Ahuja, Gaurav (författare)
Kanduri, Chandrasekhar, 1967 (författare)
Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biomedicin, avdelningen för medicinsk kemi och cellbiologi,Institute of Biomedicine, Department of Medical Biochemistry and Cell Biology
Grummt, Ingrid (författare)
Kurian, Leo (författare)
Costa, Ivan G (författare)
visa färre...
 (creator_code:org_t)
2019-01-30
2019
Engelska.
Ingår i: Nucleic acids research. - : Oxford University Press (OUP). - 1362-4962 .- 0305-1048. ; 47:6
  • Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract Ämnesord
Stäng  
  • Long non-coding RNAs (lncRNAs) can act as scaffolds that promote the interaction of proteins, RNA, and DNA. There is increasing evidence of sequence-specific interactions of lncRNAs with DNA via triple-helix (triplex) formation. This process allows lncRNAs to recruit protein complexes to specific genomic regions and regulate gene expression. Here we propose a computational method called Triplex Domain Finder (TDF) to detect triplexes and characterize DNA-binding domains and DNA targets statistically. Case studies showed that this approach can detect the known domains of lncRNAs Fendrr, HOTAIR and MEG3. Moreover, we validated a novel DNA-binding domain in MEG3 by a genome-wide sequencing method. We used TDF to perform a systematic analysis of the triplex-forming potential of lncRNAs relevant to human cardiac differentiation. We demonstrated that the lncRNA with the highest triplex-forming potential, GATA6-AS, forms triple helices in the promoter of genes relevant to cardiac development. Moreover, down-regulation of GATA6-AS impairs GATA6 expression and cardiac development. These data indicate the unique ability of our computational tool to identify novel triplex-forming lncRNAs and their target genes.

Ämnesord

NATURVETENSKAP  -- Biologi -- Biokemi och molekylärbiologi (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES  -- Biological Sciences -- Biochemistry and Molecular Biology (hsv//eng)

Publikations- och innehållstyp

ref (ämneskategori)
art (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy