The challenges of designing a benchmark strategy for bioinformatics pipelines in the identification of antimicrobial resistance determinants using next generation sequencing technologies

Next-Generation Sequencing (NGS) technologies are expected to play a crucial role in the surveillance of infectious diseases, with their unprecedented capabilities for the characterisation of genetic information underlying the virulence and antimicrobial resistance (AMR) properties of microorganisms. In the implementation of any novel technology for regulatory purposes, important considerations such as harmonisation, validation and quality assurance need to be addressed. NGS technologies pose unique challenges in these regards, in part due to their reliance on bioinformatics for the processing and proper interpretation of the data produced. Well-designed benchmark resources are thus needed to evaluate, validate and ensure continued quality control over the bioinformatics component of the process. This concept was explored as part of a workshop on "Next-generation sequencing technologies and antimicrobial resistance" held October 4-5 2017. Challenges involved in the development of such a benchmark resource, with a specific focus on identifying the molecular determinants of AMR, were identified. For each of the challenges, sets of unsolved questions that will need to be tackled for them to be properly addressed were compiled. These take into consideration the requirement for monitoring of AMR bacteria in humans, animals, food and the environment, which is aligned with the principles of a "One Health" approach.

Petrillo, M. (författare)
Bengtsson-Palme, Johan,1985Gothenburg University,Göteborgs universitet,CARe - Centrum för antibiotikaresistensforskning,Institutionen för biomedicin, avdelningen för infektionssjukdomar,Centre for antibiotic resistance research, CARe,Institute of Biomedicine, Department of Infectious Medicine(Swepub:gu)xbengg (författare)
Berendonk, T. (författare)
Blais, B. (författare)
Chan, K. G. (författare)
Coque, T. M. (författare)
Hammer, P. (författare)
Heß, S. (författare)
Kagkli, D. M. (författare)
Krumbiegel, C. (författare)
Lanza, V. F. (författare)
Madec, J. Y. (författare)
Naas, T. (författare)
O'Grady, J. (författare)
Paracchini, V. (författare)
Rossen, J. W. A. (författare)
Ruppé, E. (författare)
Vamathevan, J. (författare)
Venturi, V. (författare)
Van den Eede, G. (författare)
Göteborgs universitetCARe - Centrum för antibiotikaresistensforskning (creator_code:org_t)

Om ämnet

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP: MEDICIN OCH HÄLS ...; och Klinisk medicin; och Infektionsmedici ...

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.