A validated single-cell-based strategy to identify diagnostic and therapeutic targets in complex diseases

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Sökning: WFRF:(Åkesson Mattias) > A validated single-...

1 av 517
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

A validated single-cell-based strategy to identify diagnostic and therapeutic targets in complex diseases

Gawel, Danuta (författare): Linköpings universitet,Avdelningen för barns och kvinnors hälsa,Medicinska fakulteten

Serra-Musach, Jordi (författare): Linköpings universitet,Avdelningen för barns och kvinnors hälsa,Medicinska fakulteten

Lilja, Sandra (författare): Linköpings universitet,Avdelningen för barns och kvinnors hälsa,Medicinska fakulteten

visa fler...

Aagesen, Jesper (författare): Reg Jonkoping Cty, Sweden

Arenas, Alex (författare): Karolinska Institutet,Univ Rovira and Virgili, Spain

Asking, Bengt (författare): Reg Jonkoping Cty, Sweden

Bengnér, Malin (författare): Reg Jonkoping Cty, Sweden

Björkander, Janne (författare): Reg Jonkoping Cty, Sweden

Biggs, Sophie (författare): Linköpings universitet,Avdelningen för neuro- och inflammationsvetenskap,Medicinska fakulteten

Ernerudh, Jan (författare): Linköpings universitet,Avdelningen för neuro- och inflammationsvetenskap,Medicinska fakulteten,Region Östergötland, Klinisk immunologi och transfusionsmedicin

Hjortswang, Henrik (författare): Linköpings universitet,Medicinska fakulteten,Avdelningen för neuro- och inflammationsvetenskap,Region Östergötland, Magtarmmedicinska kliniken

Karlsson, Jan-Erik (författare): Linköpings universitet,Avdelningen för kardiovaskulär medicin,Medicinska fakulteten,Reg Jonkoping Cty, Sweden

Köpsén, Mattias (författare): Linköpings universitet,Bioinformatik,Tekniska fakulteten

Jung Lee, Eun Jung (författare): Linköpings universitet,Avdelningen för barns och kvinnors hälsa,Medicinska fakulteten,Yonsei Univ, South Korea

Lentini, Antonio (författare): Linköpings universitet,Avdelningen för barns och kvinnors hälsa,Medicinska fakulteten

Li, Xinxiu (författare): Linköpings universitet,Avdelningen för barns och kvinnors hälsa,Medicinska fakulteten

Magnusson, Mattias (författare): Linköpings universitet,Karolinska Institutet,Avdelningen för neuro- och inflammationsvetenskap,Medicinska fakulteten

Martinez, David (författare): Linköpings universitet,Bioinformatik,Tekniska fakulteten

Matussek, Andreas (författare): Reg Jonkoping Cty, Sweden; Karolinska Inst, Sweden; Karolinska Univ Hosp, Sweden

Nestor, Colm (författare): Linköpings universitet,Avdelningen för barns och kvinnors hälsa,Medicinska fakulteten

Schäfer, Samuel (författare): Linköpings universitet,Medicinska fakulteten,Avdelningen för barns och kvinnors hälsa

Seifert, Oliver (författare): Linköpings universitet,Avdelningen för cellbiologi,Medicinska fakulteten,Reg Jonkoping Cty, Sweden

Sonmez, Ceylan (författare): Linköpings universitet,Avdelningen för läkemedelsforskning,Medicinska fakulteten

Stjernman, Henrik (författare): Reg Jonkoping Cty, Sweden

Tjärnberg, Andreas (författare): Linköpings universitet,Bioinformatik,Tekniska fakulteten

Wu, Simon (författare): Linköpings universitet,Bioinformatik,Tekniska fakulteten

Åkesson, Karin (författare): Linköpings universitet,Avdelningen för barns och kvinnors hälsa,Medicinska fakulteten,Reg Jonkoping Cty, Sweden

Shalek, Alex K. (författare): MIT, MA 02139 USA; Broad Inst MIT and Harvard, MA 02142 USA; Ragon Inst MGH MIT and Harvard, MA USA

Stenmarker, Margaretha, 1960 (författare): Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för kliniska vetenskaper, Avdelningen för pediatrik,Institute of Clinical Sciences, Department of Pediatrics,Reg Jonkoping Cty, Sweden; Inst Clin Sci, Sweden

Zhang, Huan (författare): Linköpings universitet,Avdelningen för barns och kvinnors hälsa,Medicinska fakulteten

Gustafsson, Mika (författare): Linköpings universitet,Bioinformatik,Tekniska fakulteten

Benson, Mikael (författare): Linköpings universitet,Avdelningen för barns och kvinnors hälsa,Medicinska fakulteten,Region Östergötland, H.K.H. Kronprinsessan Victorias barn- och ungdomssjukhus

visa färre...

(creator_code:org_t)

2019-07-30
2019
Engelska.
Ingår i: Genome Medicine. - : Springer Science and Business Media LLC. - 1756-994X. ; 11

Relaterad länk:: https://genomemedici...; visa fler...; https://doi.org/10.1...; http://urn.kb.se/res...; https://liu.diva-por... (primary) (Raw object); https://gup.ub.gu.se...; https://doi.org/10.1...; http://kipublication...; https://urn.kb.se/re...; visa färre...

Tidskriftsartikel (refereegranskat)

Abstract Ämnesord

Stäng

Background: Genomic medicine has paved the way for identifying biomarkers and therapeutically actionable targets for complex diseases, but is complicated by the involvement of thousands of variably expressed genes across multiple cell types. Single-cell RNA-sequencing study (scRNA-seq) allows the characterization of such complex changes in whole organs. Methods: The study is based on applying network tools to organize and analyze scRNA-seq data from a mouse model of arthritis and human rheumatoid arthritis, in order to find diagnostic biomarkers and therapeutic targets. Diagnostic validation studies were performed using expression profiling data and potential protein biomarkers from prospective clinical studies of 13 diseases. A candidate drug was examined by a treatment study of a mouse model of arthritis, using phenotypic, immunohistochemical, and cellular analyses as read-outs. Results: We performed the first systematic analysis of pathways, potential biomarkers, and drug targets in scRNA-seq data from a complex disease, starting with inflamed joints and lymph nodes from a mouse model of arthritis. We found the involvement of hundreds of pathways, biomarkers, and drug targets that differed greatly between cell types. Analyses of scRNA-seq and GWAS data from human rheumatoid arthritis (RA) supported a similar dispersion of pathogenic mechanisms in different cell types. Thus, systems-level approaches to prioritize biomarkers and drugs are needed. Here, we present a prioritization strategy that is based on constructing network models of disease-associated cell types and interactions using scRNA-seq data from our mouse model of arthritis, as well as human RA, which we term multicellular disease models (MCDMs). We find that the network centrality of MCDM cell types correlates with the enrichment of genes harboring genetic variants associated with RA and thus could potentially be used to prioritize cell types and genes for diagnostics and therapeutics. We validated this hypothesis in a large-scale study of patients with 13 different autoimmune, allergic, infectious, malignant, endocrine, metabolic, and cardiovascular diseases, as well as a therapeutic study of the mouse arthritis model. Conclusions: Overall, our results support that our strategy has the potential to help prioritize diagnostic and therapeutic targets in human disease.

Hitta via bibliotek

Genome Medicine (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

1 av 517
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Hitta mer i SwePub

Om ämnet

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP: MEDICIN OCH HÄLS ...; och Medicinska och f ...; och Medicinsk geneti ...

Artiklar i publikationen: Genome Medicine

Av lärosätet: Göteborgs universitet; Karolinska Institutet; Linköpings universitet

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se

A validated single-cell-based strategy to identify diagnostic and therapeutic targets in complex diseases

Ämnesord

Nyckelord

Publikations- och innehållstyp

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Hitta mer i SwePub

Sök utanför SwePub