Sökning: WFRF:(Magnusson Malin) >
A validated single-...
-
Gawel, DanutaLinköpings universitet,Avdelningen för barns och kvinnors hälsa,Medicinska fakulteten
(författare)
A validated single-cell-based strategy to identify diagnostic and therapeutic targets in complex diseases
- Artikel/kapitelEngelska2019
Förlag, utgivningsår, omfång ...
-
2019-07-30
-
Springer Science and Business Media LLC,2019
Nummerbeteckningar
-
LIBRIS-ID:oai:gup.ub.gu.se/285601
-
https://gup.ub.gu.se/publication/285601URI
-
https://doi.org/10.1186/s13073-019-0657-3DOI
-
http://kipublications.ki.se/Default.aspx?queryparsed=id:141458002URI
-
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:liu:diva-159568URI
Kompletterande språkuppgifter
Ingår i deldatabas
Klassifikation
-
Ämneskategori:ref swepub-contenttype
-
Ämneskategori:art swepub-publicationtype
Anmärkningar
-
Funding Agencies|Swedish Cancer Foundation [17 0542, 15 0532]; European Commission [305033]; Swedish Research Council [2015-02575, 2015-03495, 2015-03807]; Clinical Cancer Research, Jonkoping, Sweden; Torsten Soderberg Foundation; East Gothia Regional Funding
-
Background: Genomic medicine has paved the way for identifying biomarkers and therapeutically actionable targets for complex diseases, but is complicated by the involvement of thousands of variably expressed genes across multiple cell types. Single-cell RNA-sequencing study (scRNA-seq) allows the characterization of such complex changes in whole organs. Methods: The study is based on applying network tools to organize and analyze scRNA-seq data from a mouse model of arthritis and human rheumatoid arthritis, in order to find diagnostic biomarkers and therapeutic targets. Diagnostic validation studies were performed using expression profiling data and potential protein biomarkers from prospective clinical studies of 13 diseases. A candidate drug was examined by a treatment study of a mouse model of arthritis, using phenotypic, immunohistochemical, and cellular analyses as read-outs. Results: We performed the first systematic analysis of pathways, potential biomarkers, and drug targets in scRNA-seq data from a complex disease, starting with inflamed joints and lymph nodes from a mouse model of arthritis. We found the involvement of hundreds of pathways, biomarkers, and drug targets that differed greatly between cell types. Analyses of scRNA-seq and GWAS data from human rheumatoid arthritis (RA) supported a similar dispersion of pathogenic mechanisms in different cell types. Thus, systems-level approaches to prioritize biomarkers and drugs are needed. Here, we present a prioritization strategy that is based on constructing network models of disease-associated cell types and interactions using scRNA-seq data from our mouse model of arthritis, as well as human RA, which we term multicellular disease models (MCDMs). We find that the network centrality of MCDM cell types correlates with the enrichment of genes harboring genetic variants associated with RA and thus could potentially be used to prioritize cell types and genes for diagnostics and therapeutics. We validated this hypothesis in a large-scale study of patients with 13 different autoimmune, allergic, infectious, malignant, endocrine, metabolic, and cardiovascular diseases, as well as a therapeutic study of the mouse arthritis model. Conclusions: Overall, our results support that our strategy has the potential to help prioritize diagnostic and therapeutic targets in human disease.
Ämnesord och genrebeteckningar
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
-
Serra-Musach, JordiLinköpings universitet,Avdelningen för barns och kvinnors hälsa,Medicinska fakulteten(Swepub:liu)jorse51
(författare)
-
Lilja, SandraLinköpings universitet,Avdelningen för barns och kvinnors hälsa,Medicinska fakulteten(Swepub:liu)sanli71
(författare)
-
Aagesen, JesperReg Jonkoping Cty, Sweden
(författare)
-
Arenas, AlexKarolinska Institutet,Univ Rovira and Virgili, Spain
(författare)
-
Asking, BengtReg Jonkoping Cty, Sweden
(författare)
-
Bengnér, MalinReg Jonkoping Cty, Sweden
(författare)
-
Björkander, JanneReg Jonkoping Cty, Sweden
(författare)
-
Biggs, SophieLinköpings universitet,Avdelningen för neuro- och inflammationsvetenskap,Medicinska fakulteten(Swepub:liu)sopbi13
(författare)
-
Ernerudh, JanLinköpings universitet,Avdelningen för neuro- och inflammationsvetenskap,Medicinska fakulteten,Region Östergötland, Klinisk immunologi och transfusionsmedicin(Swepub:liu)janer15
(författare)
-
Hjortswang, HenrikLinköpings universitet,Medicinska fakulteten,Avdelningen för neuro- och inflammationsvetenskap,Region Östergötland, Magtarmmedicinska kliniken(Swepub:liu)henhj44
(författare)
-
Karlsson, Jan-ErikLinköpings universitet,Avdelningen för kardiovaskulär medicin,Medicinska fakulteten,Reg Jonkoping Cty, Sweden(Swepub:liu)janka97
(författare)
-
Köpsén, MattiasLinköpings universitet,Bioinformatik,Tekniska fakulteten(Swepub:liu)n/a
(författare)
-
Jung Lee, Eun JungLinköpings universitet,Avdelningen för barns och kvinnors hälsa,Medicinska fakulteten,Yonsei Univ, South Korea(Swepub:liu)eunle80
(författare)
-
Lentini, AntonioLinköpings universitet,Avdelningen för barns och kvinnors hälsa,Medicinska fakulteten(Swepub:liu)antle32
(författare)
-
Li, XinxiuLinköpings universitet,Avdelningen för barns och kvinnors hälsa,Medicinska fakulteten(Swepub:liu)xinli70
(författare)
-
Magnusson, MattiasLinköpings universitet,Karolinska Institutet,Avdelningen för neuro- och inflammationsvetenskap,Medicinska fakulteten(Swepub:liu)matma88
(författare)
-
Martinez, DavidLinköpings universitet,Bioinformatik,Tekniska fakulteten(Swepub:liu)davma27
(författare)
-
Matussek, AndreasReg Jonkoping Cty, Sweden; Karolinska Inst, Sweden; Karolinska Univ Hosp, Sweden
(författare)
-
Nestor, ColmLinköpings universitet,Avdelningen för barns och kvinnors hälsa,Medicinska fakulteten(Swepub:liu)colne37
(författare)
-
Schäfer, SamuelLinköpings universitet,Medicinska fakulteten,Avdelningen för barns och kvinnors hälsa(Swepub:liu)samsc76
(författare)
-
Seifert, OliverLinköpings universitet,Avdelningen för cellbiologi,Medicinska fakulteten,Reg Jonkoping Cty, Sweden(Swepub:liu)olise96
(författare)
-
Sonmez, CeylanLinköpings universitet,Avdelningen för läkemedelsforskning,Medicinska fakulteten(Swepub:liu)ceyso17
(författare)
-
Stjernman, HenrikReg Jonkoping Cty, Sweden
(författare)
-
Tjärnberg, AndreasLinköpings universitet,Bioinformatik,Tekniska fakulteten(Swepub:liu)andtj33
(författare)
-
Wu, SimonLinköpings universitet,Bioinformatik,Tekniska fakulteten(Swepub:liu)n/a
(författare)
-
Åkesson, KarinLinköpings universitet,Avdelningen för barns och kvinnors hälsa,Medicinska fakulteten,Reg Jonkoping Cty, Sweden(Swepub:liu)karak14
(författare)
-
Shalek, Alex K.MIT, MA 02139 USA; Broad Inst MIT and Harvard, MA 02142 USA; Ragon Inst MGH MIT and Harvard, MA USA
(författare)
-
Stenmarker, Margaretha,1960Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för kliniska vetenskaper, Avdelningen för pediatrik,Institute of Clinical Sciences, Department of Pediatrics,Reg Jonkoping Cty, Sweden; Inst Clin Sci, Sweden(Swepub:gu)xstemp
(författare)
-
Zhang, HuanLinköpings universitet,Avdelningen för barns och kvinnors hälsa,Medicinska fakulteten(Swepub:liu)huazh47
(författare)
-
Gustafsson, MikaLinköpings universitet,Bioinformatik,Tekniska fakulteten(Swepub:liu)mikgu75
(författare)
-
Benson, MikaelLinköpings universitet,Avdelningen för barns och kvinnors hälsa,Medicinska fakulteten,Region Östergötland, H.K.H. Kronprinsessan Victorias barn- och ungdomssjukhus(Swepub:liu)mikbe05
(författare)
-
Linköpings universitetAvdelningen för barns och kvinnors hälsa
(creator_code:org_t)
Sammanhörande titlar
-
Ingår i:Genome Medicine: Springer Science and Business Media LLC111756-994X
Internetlänk
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Gawel, Danuta
-
Serra-Musach, Jo ...
-
Lilja, Sandra
-
Aagesen, Jesper
-
Arenas, Alex
-
Asking, Bengt
-
visa fler...
-
Bengnér, Malin
-
Björkander, Jann ...
-
Biggs, Sophie
-
Ernerudh, Jan
-
Hjortswang, Henr ...
-
Karlsson, Jan-Er ...
-
Köpsén, Mattias
-
Jung Lee, Eun Ju ...
-
Lentini, Antonio
-
Li, Xinxiu
-
Magnusson, Matti ...
-
Martinez, David
-
Matussek, Andrea ...
-
Nestor, Colm
-
Schäfer, Samuel
-
Seifert, Oliver
-
Sonmez, Ceylan
-
Stjernman, Henri ...
-
Tjärnberg, Andre ...
-
Wu, Simon
-
Åkesson, Karin
-
Shalek, Alex K.
-
Stenmarker, Marg ...
-
Zhang, Huan
-
Gustafsson, Mika
-
Benson, Mikael
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Medicinska och f ...
-
och Medicinsk geneti ...
- Artiklar i publikationen
-
Genome Medicine
- Av lärosätet
-
Göteborgs universitet
-
Karolinska Institutet
-
Linköpings universitet