SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

WFRF:(Gonzales Siles Lucia)
 

Sökning: WFRF:(Gonzales Siles Lucia) > (2020) > Discovery of Specie...

  • Karlsson, Roger,1975Gothenburg University,Göteborgs universitet,CARe - Centrum för antibiotikaresistensforskning,Institutionen för biomedicin, avdelningen för infektionssjukdomar,Centre for antibiotic resistance research, CARe,Institute of Biomedicine, Department of Infectious Medicine,University of Gothenburg (författare)

Discovery of Species-unique Peptide Biomarkers of Bacterial Pathogens by Tandem Mass Spectrometry-based Proteotyping

  • Artikel/kapitelEngelska2020

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • 2020

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:gup.ub.gu.se/292674
  • https://gup.ub.gu.se/publication/292674URI
  • https://doi.org/10.1074/mcp.RA119.001667DOI
  • https://research.chalmers.se/publication/516157URI
  • https://research.chalmers.se/publication/516173URI
  • http://kipublications.ki.se/Default.aspx?queryparsed=id:143190033URI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype
  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

  • Mass spectrometry (MS) and proteomics offer comprehensive characterization and identification of microorganisms and discovery of protein biomarkers that are applicable for diagnostics of infectious diseases. The use of biomarkers for diagnostics is widely applied in the clinic and the use of peptide biomarkers is increasingly being investigated for applications in the clinical laboratory. Respiratory-tract infections are a predominant cause for medical treatment, although, clinical assessments and standard clinical laboratory protocols are time-consuming and often inadequate for reliable diagnoses. Novel methods, preferably applied directly to clinical samples, excluding cultivation steps, are needed to improve diagnostics of infectious diseases, provide adequate treatment and reduce the use of antibiotics and associated development of antibiotic resistance. This study applied nano-liquid chromatography (LC) coupled with tandem MS, with a bioinformatics pipeline and an in-house database of curated high-quality reference genome sequences to identify species-unique peptides as potential biomarkers for four bacterial pathogens commonly found in respiratory tract infections (RTIs): Staphylococcus aureus; Moraxella catarrhalis; Haemophilus influenzae and Streptococcus pneumoniae. The species-unique peptides were initially identified in pure cultures of bacterial reference strains, reflecting the genomic variation in the four species and, furthermore, in clinical respiratory tract samples, without prior cultivation, elucidating proteins expressed in clinical conditions of infection. For each of the four bacterial pathogens, the peptide biomarker candidates most predominantly found in clinical samples, are presented. Data are available via ProteomeXchange with identifier PXD014522. As proof-of-principle, the most promising species-unique peptides were applied in targeted tandem MS-analyses of clinical samples and their relevance for identifications of the pathogens, i.e. proteotyping, was validated, thus demonstrating their potential as peptide biomarker candidates for diagnostics of infectious diseases.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Thorsell, Annika,1973Gothenburg University,Göteborgs universitet,Core Facilities, Proteomics,Core Facilities, Proteomics,University of Gothenburg(Swepub:gu)xdannm (författare)
  • Gomila, M.Universitat de les Illes Balears,University of the Balearic Islands (författare)
  • Salvà-Serra, Francisco,1989Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biomedicin, avdelningen för infektionssjukdomar,CARe - Centrum för antibiotikaresistensforskning,Institute of Biomedicine, Department of Infectious Medicine,Centre for antibiotic resistance research, CARe,Universitat de les Illes Balears,University of the Balearic Islands,University of Gothenburg(Swepub:gu)xsalfr (författare)
  • Jakobsson, Hedvig EGothenburg University,Göteborgs universitet,CARe - Centrum för antibiotikaresistensforskning,Centre for antibiotic resistance research, CARe,University of Gothenburg(Swepub:gu)xenhed (författare)
  • Gonzales-Siles, LuciaGothenburg University,Göteborgs universitet,CARe - Centrum för antibiotikaresistensforskning,Institutionen för biomedicin, avdelningen för infektionssjukdomar,Centre for antibiotic resistance research, CARe,Institute of Biomedicine, Department of Infectious Medicine,University of Gothenburg(Swepub:gu)xgonlu (författare)
  • Jaen-Luchoro, DanielGothenburg University,Göteborgs universitet,CARe - Centrum för antibiotikaresistensforskning,Institutionen för biomedicin, avdelningen för infektionssjukdomar,Centre for antibiotic resistance research, CARe,Institute of Biomedicine, Department of Infectious Medicine,University of Gothenburg (författare)
  • Skovbjerg, Susann,1973Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biomedicin, avdelningen för infektionssjukdomar,CARe - Centrum för antibiotikaresistensforskning,Institute of Biomedicine, Department of Infectious Medicine,Centre for antibiotic resistance research, CARe,University of Gothenburg(Swepub:gu)xjsusm (författare)
  • Fuchs, JohannesGothenburg University,Göteborgs universitet,Core Facilities, Proteomics,Core Facilities, Proteomics,University of Gothenburg(Swepub:gu)xfujoh (författare)
  • Karlsson, A. (författare)
  • Boulund, Fredrik,1985Karolinska Institutet(Swepub:cth)boulund (författare)
  • Johnning, Anna,1985Gothenburg University,Göteborgs universitet,CARe - Centrum för antibiotikaresistensforskning,Centre for antibiotic resistance research, CARe,Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology,University of Gothenburg,Stiftelsen Fraunhofer-Chalmers Centrum för Industrimatematik (FCC),Fraunhofer-Chalmers Research Centre for Industrial Mathematics (FCC)(Swepub:cth)johnning (författare)
  • Kristiansson, Erik,1978Gothenburg University,Göteborgs universitet,CARe - Centrum för antibiotikaresistensforskning,Centre for antibiotic resistance research, CARe,University of Gothenburg,Chalmers tekniska högskola,Chalmers University of Technology(Swepub:cth)erikkr (författare)
  • Moore, Edward R.B.1954Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biomedicin, avdelningen för infektionssjukdomar,CARe - Centrum för antibiotikaresistensforskning,Institute of Biomedicine, Department of Infectious Medicine,Centre for antibiotic resistance research, CARe,University of Gothenburg(Swepub:gu)xmooed (författare)
  • Göteborgs universitetCARe - Centrum för antibiotikaresistensforskning (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:Molecular & Cellular Proteomics19:3, s. 518-5281535-94761535-9484

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy