Sökning: WFRF:(Jonasson Emma) >
Characterization of...
Characterization of cell-free breast cancer patient-derived scaffolds using liquid chromatography-mass spectrometry/mass spectrometry data and RNA sequencing data
-
- Landberg, Göran, 1963 (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biomedicin, avdelningen för laboratoriemedicin,Department of Laboratory Medicine,University of Gothenburg, Sweden
-
- Jonasson, Emma, 1987 (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biomedicin, avdelningen för laboratoriemedicin,Sahlgrenska Centrum för Cancerforskning (SCCR),Department of Laboratory Medicine,Sahlgrenska Center for Cancer Research (SCCR),University of Gothenburg, Sweden
-
- Gustafsson, Anna (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biomedicin, avdelningen för laboratoriemedicin,Department of Laboratory Medicine,University of Gothenburg, Sweden
-
visa fler...
-
- Fitzpatrick, Paul A. (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biomedicin, avdelningen för laboratoriemedicin,Department of Laboratory Medicine,University of Gothenburg, Sweden
-
- Isakson, Pauline (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biomedicin, avdelningen för laboratoriemedicin,Department of Laboratory Medicine,University of Gothenburg, Sweden
-
- Karlsson, Joakim (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biomedicin, avdelningen för medicinsk kemi och cellbiologi,Institute of Biomedicine, Department of Medical Biochemistry and Cell Biology,University of Gothenburg, Sweden
-
- Larsson, Erik, 1975 (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för medicin, avdelningen för molekylär och klinisk medicin,Institute of Medicine, Department of Molecular and Clinical Medicine,University of Gothenburg, Sweden
-
- Svanström, Andreas (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biomedicin, avdelningen för laboratoriemedicin,Department of Laboratory Medicine,University of Gothenburg, Sweden
-
- Rafnsdottir, Svanheidur (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biomedicin, avdelningen för laboratoriemedicin,Department of Laboratory Medicine,University of Gothenburg, Sweden
-
- Persson, Emma, 1989 (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biomedicin, avdelningen för laboratoriemedicin,Department of Laboratory Medicine
-
- Andersson, Daniel, 1979 (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biomedicin, avdelningen för laboratoriemedicin,Sahlgrenska Centrum för Cancerforskning (SCCR),Department of Laboratory Medicine,Sahlgrenska Center for Cancer Research (SCCR),University of Gothenburg, Sweden
-
- Rosendahl, Jennifer (författare)
- RISE,Kemi, biomaterial och textil
-
- Petronis, Sarunas (författare)
- RISE,Kemi, biomaterial och textil
-
- Ranji, Parmida (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Sahlgrenska Centrum för Cancerforskning (SCCR),Institutionen för biomedicin, avdelningen för laboratoriemedicin,Sahlgrenska Center for Cancer Research (SCCR),Department of Laboratory Medicine,University of Gothenburg, Sweden
-
- Gregersson, Pernilla (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biomedicin, avdelningen för laboratoriemedicin,Department of Laboratory Medicine,University of Gothenburg, Sweden
-
- Magnusson, Ylva, 1967 (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biomedicin, avdelningen för laboratoriemedicin,Department of Laboratory Medicine,University of Gothenburg, Sweden
-
- Håkansson, Joakim (författare)
- RISE,Kemi, biomaterial och textil
-
- Ståhlberg, Anders, 1975 (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Sahlgrenska Centrum för Cancerforskning (SCCR),Wallenberg Centre for Molecular and Translational Medicine,Institutionen för biomedicin, avdelningen för laboratoriemedicin,Sahlgrenska Center for Cancer Research (SCCR),Department of Laboratory Medicine,University of Gothenburg, Sweden; Sahlgrenska University Hospital, Sweden
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- Elsevier BV, 2020
- 2020
- Engelska.
-
Ingår i: Data in Brief. - : Elsevier BV. - 2352-3409. ; 31
- Relaterad länk:
-
https://doi.org/10.1...
-
visa fler...
-
https://doi.org/10.1...
-
https://gup.ub.gu.se...
-
https://doi.org/10.1...
-
https://urn.kb.se/re...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Patient-derived scaffolds (PDSs) generated from primary breast cancer tumors can be used to model the tumor microenvironment in vitro . Patient-derived scaffolds are generated by repeated detergent washing, removing all cells. Here, we analyzed the protein composition of 15 decellularized PDSs using liquid chromatography-mass spectrometry/mass spectrometry. One hundred forty-three proteins were detected and their relative abundance was calculated using a reference sample generated from all PDSs. We performed heatmap analysis of all the detected proteins to display their expression patterns across different PDSs together with pathway enrichment analysis to reveal which processes that were connected to PDS protein composition. This protein dataset together with clinical information is useful to investigators studying the microenvironment of breast cancers. Further, after repopulating PDSs with either MCF7 or MDA-MB-231 cells, we quantified their gene expression profiles using RNA sequencing. These data were also compared to cells cultured in conventional 2D conditions, as well as to cells cultured as xenografts in immune-deficient mice. We investigated the overlap of genes regulated between these different culture conditions and performed pathway enrichment analysis of genes regulated by both PDS and xenograft cultures compared to 2D in both cell lines to describe common processes associated with both culture conditions. Apart from our described analyses of these systems, these data are useful when comparing different experimental model systems. Downstream data analyses and interpretations can be found in the research article "Patient-derived scaffolds uncover breast cancer promoting properties of the microenvironment" [1] . (C) 2020 The Authors. Published by Elsevier Inc.
Ämnesord
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Klinisk medicin -- Cancer och onkologi (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Clinical Medicine -- Cancer and Oncology (hsv//eng)
Nyckelord
- Breast cancer
- Patient-derived scaffolds
- Extracellular matrix
- Liquid
- chromatography-mass
- spectrometry
- mass spectrometry
- RNA sequencing
- 3d
- cell culture
- Science & Technology - Other Topics
- 3d cell culture
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Landberg, Göran, ...
-
Jonasson, Emma, ...
-
Gustafsson, Anna
-
Fitzpatrick, Pau ...
-
Isakson, Pauline
-
Karlsson, Joakim
-
visa fler...
-
Larsson, Erik, 1 ...
-
Svanström, Andre ...
-
Rafnsdottir, Sva ...
-
Persson, Emma, 1 ...
-
Andersson, Danie ...
-
Rosendahl, Jenni ...
-
Petronis, Saruna ...
-
Ranji, Parmida
-
Gregersson, Pern ...
-
Magnusson, Ylva, ...
-
Håkansson, Joaki ...
-
Ståhlberg, Ander ...
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Klinisk medicin
-
och Cancer och onkol ...
- Artiklar i publikationen
-
Data in Brief
- Av lärosätet
-
Göteborgs universitet
-
RISE